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- PDB-6d3p: Crystal structure of an exoribonuclease-resistant RNA from Sweet ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d3p
タイトルCrystal structure of an exoribonuclease-resistant RNA from Sweet clover necrotic mosaic virus (SCNMV)
要素RNA (45-MER)
キーワードRNA / RNA maturation / exoribonuclease resistance / viral non-coding RNA
機能・相同性IRIDIUM HEXAMMINE ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Sweet clover necrotic mosaic virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Steckelberg, A.-L. / Akiyama, B.M. / Costantino, D.A. / Sit, T.L. / Nix, J.C. / Kieft, J.S.
資金援助 米国, European Union, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118070 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI133348 米国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 611-2015European Union
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM117730 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA046934 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: A folded viral noncoding RNA blocks host cell exoribonucleases through a conformationally dynamic RNA structure.
著者: Steckelberg, A.L. / Akiyama, B.M. / Costantino, D.A. / Sit, T.L. / Nix, J.C. / Kieft, J.S.
履歴
登録2018年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年10月21日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (45-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,48811
ポリマ－14,5441
非ポリマー2,94410
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: RNA (45-MER)
ヘテロ分子

A: RNA (45-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,97522
ポリマ－29,0872
非ポリマー5,88820
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_566x,x-y+1,-z+7/61
Buried area8490 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area15520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.400, 83.400, 94.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: RNA鎖 RNA (45-MER)


分子量: 14543.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: In vitro transcribed with T7 RNA polymerase
由来: (合成) Sweet clover necrotic mosaic virus (ウイルス)
#2: 化合物
ChemComp-IRI / IRIDIUM HEXAMMINE ION


分子量: 294.400 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: H18IrN6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: drop: 1 uL 5 mg/mL RNA in 30 mM HEPES pH 7.5, 20 mM MgCl2, 100 mM KCl + 1 uL 50 mM sodium cacodylate trihydrate (pH 6.5), 0.2 M potassium chloride, 0.1 M magnesium acetate tetrahydrate, 14% ...詳細: drop: 1 uL 5 mg/mL RNA in 30 mM HEPES pH 7.5, 20 mM MgCl2, 100 mM KCl + 1 uL 50 mM sodium cacodylate trihydrate (pH 6.5), 0.2 M potassium chloride, 0.1 M magnesium acetate tetrahydrate, 14% w/v PEG 8000. Crystals were buffer-exchanged into freezing solution (mother liquor containing 20% ethylene glycol and 20 mM Iridium (III) hexammine) and flash-frozen in liquid nitrogen

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.0972 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→39.455 Å / Num. obs: 27657 / % possible obs: 88.6 % / 冗長度: 25.782 % / Biso Wilson estimate: 94.26 Å2 / CC1/2: 0.884 / Rmerge(I) obs: 0.592 / Rrim(I) all: 0.612 / Χ2: 1.754 / Net I/σ(I): 7.14 / Num. measured all: 713044 / Scaling rejects: 1073
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. measured obsNum. possibleNum. unique obs% possible allMean I/σ(I) obsCC1/2Rmerge(I) obsRrim(I) all
1.85-1.91.696919228854223.7
1.9-1.952.57233572236130558.40.15
1.95-2.013.90269102192177180.8
2.01-2.075.0697202126192190.4
2.07-2.146.348122702074193393.2
2.14-2.219.409180471981191896.8
2.21-2.313.761261871925190398.9
2.3-2.3920.202374751857185599.9
2.39-2.527.197481391772177099.9
2.5-2.6237.557636961705169699.50.147
2.62-2.7641.623665131601159899.80.338
2.76-2.9341.56633371530152499.60.670.708
2.93-3.1341.069589341438143599.81.670.8254.084.131
3.13-3.3843.06257617133813381004.420.9711.5121.53
3.38-3.746.612570071223122310010.870.9960.5750.581
3.7-4.1446.959520771109110910020.760.9980.2910.294
4.14-4.7847.024631598598510032.8510.1460.148
4.78-5.8646.8963873682682610053.6510.0830.084
5.86-8.2846.6033019964864810071.8410.0620.063
8.28-39.45543.6671558936335798.381.5510.0540.054

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
AutoSol位相決定
精密化解像度: 2.9→39.455 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2587 816 10.07 %
Rwork0.2415 --
obs0.2434 8106 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 280.9 Å2 / Biso mean: 95.3912 Å2 / Biso min: 52.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→39.455 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 966 70 0 1036
Biso mean--130.39 --
残基数----45
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9002-3.08190.41811320.376812281360100
3.0819-3.31970.31161400.30981199133999
3.3197-3.65360.3551380.280112091347100
3.6536-4.18170.27771340.24241217135199
4.1817-5.26660.25261380.234912161354100
5.2666-39.45910.20361340.206512211355100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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