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万見
- PDB-6d2x: Crystal structure of the GH26 domain from PbGH26-GH5A endo-beta-m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d2x
タイトルCrystal structure of the GH26 domain from PbGH26-GH5A endo-beta-mannanase/endo-beta-glucanase from Prevotella bryantii
要素Aryl-phospho-beta-D-glucosidase BglC, GH1 family
キーワードHYDROLASE / glycosyl hydrolase family 26 / glycosyl hydrolase family 5 / GH26 / GH5 / mannanase / glucanase / polysaccharide utilization locus / Prevotella bryantii
機能・相同性
機能・相同性情報


: / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 26 / Glycosyl hydrolase family 26 domain / Glycosyl hydrolases family 26 (GH26) domain profile. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PE3 / Aryl-phospho-beta-D-glucosidase BglC, GH1 family
類似検索 - 構成要素
生物種Prevotella bryantii B14 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / McGregor, N. / Di Leo, R. / Brumer, H. / Savchenko, A.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)Industrial Biocatalysis Network カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the GH26 domain from PbGH26-GH5A endo-beta-mannanase/endo-beta-glucanase from Prevotella bryantii
著者: McGregor, N.
履歴
登録2018年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aryl-phospho-beta-D-glucosidase BglC, GH1 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,70210
ポリマ－38,1481
非ポリマー3,5549
水9,854547
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area14320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.577, 73.577, 105.086
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-987-

HOH

21A-990-

HOH

31A-1020-

HOH

41A-1140-

HOH

51A-1146-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Aryl-phospho-beta-D-glucosidase BglC, GH1 family / B-1 / 4-endoglucanase


分子量: 38148.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Prevotella bryantii B14 (バクテリア)
遺伝子: PBR_0368, SAMN05444375_1266 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Gold / 参照: UniProt: D8DY19
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-トリデカオキサヘンテトラコンタン-1,41-ジ(以下略)


分子量: 634.751 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O15
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 547 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2 M ammonium sulfate, 2% (w/v) PEG200, 15 mg/mL protein

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→30 Å / Num. obs: 35561 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 36.3
反射 シェル解像度: 1.72→1.75 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.142 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / Num. unique all: 1761 / CC1/2: 0.607 / Rpim(I) all: 0.492 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3092: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6D2W

6d2w


解像度: 1.72→27.243 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1956 1782 5.02 %RANDOM
Rwork0.1526 ---
obs0.1547 35526 99.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→27.243 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2688 0 62 547 3297
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9923893
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.413998
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062392
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007496
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7197-1.76620.31061340.26892520X-RAY DIFFRACTION99
1.7662-1.81820.25241340.23012570X-RAY DIFFRACTION100
1.8182-1.87690.26281370.22382582X-RAY DIFFRACTION100
1.8769-1.94390.26191360.20112568X-RAY DIFFRACTION100
1.9439-2.02170.23781330.16772541X-RAY DIFFRACTION100
2.0217-2.11370.20071360.16192588X-RAY DIFFRACTION100
2.1137-2.22510.18351330.16382585X-RAY DIFFRACTION100
2.2251-2.36440.21651360.15562591X-RAY DIFFRACTION100
2.3644-2.54690.21771380.16052587X-RAY DIFFRACTION100
2.5469-2.80290.19541390.15722591X-RAY DIFFRACTION100
2.8029-3.2080.1961410.14122631X-RAY DIFFRACTION100
3.208-4.03960.16271380.12492634X-RAY DIFFRACTION100
4.0396-27.24620.17321470.1372756X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8861-0.18410.82511.7141-0.00842.01660.03320.1308-0.0758-0.21710.0883-0.1685-0.00990.0978-0.10870.2057-0.01210.0210.1195-0.02230.1668-28.3673-10.6149-15.1194
23.5326-2.47973.2675.98690.98275.5650.0344-0.2213-0.43670.60420.11860.50240.5616-0.4971-0.0930.216-0.05460.0160.18680.02730.2038-27.4256-8.38287.0911
31.1391.02931.1043.68952.71523.2548-0.0288-0.0061-0.05080.03280.1839-0.2463-0.07340.2796-0.15730.167-0.00820.00720.18970.00550.1768-20.8914-0.29642.7329
40.92310.16860.50381.02970.02541.8917-0.06680.09690.127-0.10520.0481-0.1312-0.41620.17480.02040.2711-0.03240.04420.1889-0.00310.1981-23.53086.1832-15.1203
53.58810.4235-0.32632.3008-0.39113.75870.04980.0916-0.2015-0.21860.0471-0.00910.0932-0.1901-0.08020.2097-0.0147-0.02310.13920.01730.1525-37.9961-6.8137-18.7387
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 92 through 151 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 152 through 171 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 172 through 248 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 249 through 389 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 390 through 427 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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