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- PDB-6d0a: Crystal structure of Kynurenine Aminotransferase-II in apo-form, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d0a
タイトルCrystal structure of Kynurenine Aminotransferase-II in apo-form, at 1.47 A resolution
要素Kynurenine/alpha-aminoadipate aminotransferase, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / PLP-dependent / hexahistidine tag / alpha-beta fold
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine transaminase / methionine-glyoxylate transaminase / glycine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / methionine-glyoxylate transaminase activity / 2-aminoadipate transaminase / 2-aminoadipate transaminase activity / kynurenine-glyoxylate transaminase activity / kynurenine-glyoxylate transaminase / alpha-amino acid metabolic process / L-lysine catabolic process to acetyl-CoA via saccharopine ...glycine transaminase / methionine-glyoxylate transaminase / glycine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / methionine-glyoxylate transaminase activity / 2-aminoadipate transaminase / 2-aminoadipate transaminase activity / kynurenine-glyoxylate transaminase activity / kynurenine-glyoxylate transaminase / alpha-amino acid metabolic process / L-lysine catabolic process to acetyl-CoA via saccharopine / kynurenine-oxoglutarate transaminase / kynurenine-oxoglutarate transaminase activity / kynurenine metabolic process / Lysine catabolism / glutamate metabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process / Tryptophan catabolism / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Kynurenine/alpha-aminoadipate aminotransferase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46809418277 Å
データ登録者Jayawickrama, G.S. / Sun, G. / Nematollahi, A. / Church, W.B.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Kynurenine Aminotransferase-II in apo-form
著者: Jayawickrama, G.S. / Sun, G. / Nematollahi, A. / Church, W.B.
履歴
登録2018年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kynurenine/alpha-aminoadipate aminotransferase, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2291
ポリマ－48,2291
非ポリマー00
水8,701483
1
A: Kynurenine/alpha-aminoadipate aminotransferase, mitochondrial

A: Kynurenine/alpha-aminoadipate aminotransferase, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,4592
ポリマ－96,4592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area7830 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area32020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.765, 102.765, 86.498
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-566-

HOH

21A-767-

HOH

31A-796-

HOH

41A-873-

HOH

51A-979-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Kynurenine/alpha-aminoadipate aminotransferase, mitochondrial / KAT/AadAT / 2-aminoadipate aminotransferase / 2-aminoadipate transaminase / Alpha-aminoadipate ...KAT/AadAT / 2-aminoadipate aminotransferase / 2-aminoadipate transaminase / Alpha-aminoadipate aminotransferase / AadAT / Kynurenine aminotransferase II / Kynurenine--oxoglutarate aminotransferase II / Kynurenine--oxoglutarate transaminase 2 / Kynurenine--oxoglutarate transaminase II


分子量: 48229.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: There is a hexahistidine tag on the N-terminal end. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AADAT, KAT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8N5Z0, 2-aminoadipate transaminase, kynurenine-oxoglutarate transaminase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 483 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein 10 mg/mL was mixed with an equal volume of a reservoir solution containing 200 mM NaCl, 0.1 M NaCitrate pH 5.6, 24% PEG4K and equilibrated against 1 mL of a reservoir solution.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.468→45.958 Å / Num. obs: 79172 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 14.4876525592 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05847 / Rpim(I) all: 0.01158 / Rrim(I) all: 0.05963 / Net I/σ(I): 41.07
反射 シェル解像度: 1.468→1.521 Å / Rmerge(I) obs: 0.2693 / Mean I/σ(I) obs: 11.61 / Num. unique obs: 7700 / Rpim(I) all: 0.05284 / Rrim(I) all: 0.2746 / % possible all: 98.97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.refine1.12_2829精密化
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX(1.12-2829:2017)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EUN

5eun


解像度: 1.46809418277→45.9579051416 Å / SU ML: 0.10695018247 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38369573649 / 位相誤差: 17.2883698255
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.187901673544 2000 2.52624133183 %
Rwork0.173515953791 77169 -
obs0.173889680561 79169 99.8914894959 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.030880913 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46809418277→45.9579051416 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3392 0 0 483 3875
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008691714087153480
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9988250401114724
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0762402474895521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00788802967208611
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.60478004691298
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4681-1.50480.1988184626881380.18477428425309X-RAY DIFFRACTION98.5525601592
1.5048-1.54550.1912475689791420.1771922552525476X-RAY DIFFRACTION100
1.5455-1.5910.1802388408731400.1730743526285428X-RAY DIFFRACTION99.9820434548
1.591-1.64230.195801799451420.1758048297615473X-RAY DIFFRACTION100
1.6423-1.7010.1894456252021420.173777580095463X-RAY DIFFRACTION100
1.701-1.76910.1883912090461410.1757641530315470X-RAY DIFFRACTION100
1.7691-1.84970.1735923167161410.1711168083835448X-RAY DIFFRACTION100
1.8497-1.94720.1907572218271430.1751874404545504X-RAY DIFFRACTION100
1.9472-2.06920.2148334800451420.1672228316455490X-RAY DIFFRACTION100
2.0692-2.22890.1835001608241440.1655055071365509X-RAY DIFFRACTION100
2.2289-2.45320.1762108807841430.1670966911095545X-RAY DIFFRACTION100
2.4532-2.80820.2057386024651440.1776962037115560X-RAY DIFFRACTION100
2.8082-3.53780.1833109314631460.1743268472565636X-RAY DIFFRACTION100
3.5378-45.98040.181671632491520.1763427777385858X-RAY DIFFRACTION99.9168744805

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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