PDB-6czl: Crystal structure of Medicago truncatula ATP-phosphoribosyltransf...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6czl

タイトル

Crystal structure of Medicago truncatula ATP-phosphoribosyltransferase in relaxed form

要素

ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit

キーワード

TRANSFERASE / ATP-PRT / PRPP / allosteric regulation / histidine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP phosphoribosyltransferase / ATP phosphoribosyltransferase activity / L-histidine biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.92 Å

データ登録者

Ruszkowski, M.

引用

ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Guarding the gateway to histidine biosynthesis in plants:Medicago truncatulaATP-phosphoribosyltransferase in relaxed and tense states.
著者: Ruszkowski, M.

履歴

登録	2018年4月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6czl.cif.gz	772.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6czl.ent.gz	652.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6czl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6czl_validation.pdf.gz	490.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6czl_full_validation.pdf.gz	508.5 KB	表示
XML形式データ	6czl_validation.xml.gz	66.1 KB	表示
CIF形式データ	6czl_validation.cif.gz	88.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/6czl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/6czl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6czmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2gx8-1 30575 21127 2w8h-d 2w8i-d 1xxh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit

B: ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit

C: ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit

D: ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit

E: ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit

F: ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit

ヘテロ分子

232 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.826, 195.621, 100.209
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.85, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit 分子量: 38573.184 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) 遺伝子: 11438625, MTR_4g130680 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: G7JFL4
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.75 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: 2.63 M NaCl, 100 mM Bis-Tris propane pH 6.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月9日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.92→50 Å / Num. obs: 82460 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.067 / R_rim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 2.92→3.09 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 12719 / R_rim(I) all: 1.05 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.92→39.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 37.306 / SU ML: 0.299 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.524 / ESU R Free: 0.321 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25	1237	1.5 %	RANDOM
R_work	0.197	-	-	-
obs	0.198	81223	99.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 100.861 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.02 Å²	0 Å²	0.16 Å²
2-	-	-0.98 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.92→39.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15480	0	36	40	15556

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	15745
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	15600
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.286	1.963	21277
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.914	3	35926
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.07	5	2000
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.253	24.4	650
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.676	15	2864
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.995	15	110
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	2467
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	17646
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3328
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.07	6.36	8036
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.07	6.36	8035
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.731	9.531	10024
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.73	9.531	10025
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.761	6.6	7709
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.761	6.6	7709
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.241	9.788	11254
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.868	48.599	16310
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.867	48.603	16311
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.916→2.991 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.405	82	-
R_work	0.361	5377	-
obs	-	-	89.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7583	0.3158	-0.4819	1.3766	-0.8161	1.953	0.1015	-0.2199	0.2813	0.0917	0.0811	-0.1977	-0.1917	0.2367	-0.1826	0.1036	-0.1335	0.1446	0.3553	-0.1406	0.4925	34.345	113.922	10.672
2	1.1225	0.2152	-0.822	0.5249	0.0004	0.847	-0.1334	0.0914	0.104	-0.3529	-0.0003	0.009	0.0068	-0.0606	0.1337	0.4707	0.0168	0.0979	0.1012	0.1584	0.4577	5.1	123.685	-12.772
3	1.4016	0.7763	-0.4567	1.8476	0.0085	0.824	0.0658	0.103	-0.0983	-0.2905	-0.0159	-0.2557	0.0743	0.1013	-0.05	0.3767	0.0171	0.1817	0.357	-0.0021	0.1295	26.157	91.384	-20.111
4	0.907	0.3965	-0.3383	2.0865	-0.9676	1.4048	-0.0308	-0.1255	0.2271	0.2383	-0.1318	0.2576	-0.0338	-0.1667	0.1626	0.1109	-0.0375	0.1655	0.3256	-0.1235	0.4163	-18.379	104.136	20.937
5	2.3765	1.1889	-0.1309	1.573	-0.0284	0.613	-0.0201	-0.1723	-0.2095	0.2336	-0.0705	-0.178	0.3047	0.1434	0.0905	0.4803	0.0241	0.1183	0.3329	0.0879	0.0859	10.641	80.98	31.427
6	0.863	0.0759	-0.4763	0.7782	-0.2352	0.9506	0.0316	0.2049	-0.0516	-0.1009	-0.0466	0.2798	0.3472	-0.0908	0.015	0.3921	-0.1247	0.1088	0.2001	-0.0435	0.3336	-10.284	72.765	-0.618

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	36 - 373
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	36 - 373
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	36 - 373
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	36 - 373
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	36 - 373
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	36 - 373

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)