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- PDB-6cza: The arsenate respiratory reductase (Arr) complex from Shewanella ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cza
タイトルThe arsenate respiratory reductase (Arr) complex from Shewanella sp. ANA-3 bound to phosphate
要素
  • 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein
  • ArrA
キーワードOXIDOREDUCTASE / arsenate / molybdoprotein / molybdopterin / phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


arsenate reductase (donor) / molybdopterin cofactor binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tetrathionate reductase subunit A, MopB domain / : / : / : / 4Fe-4S binding domain / : / 4Fe-4S dicluster domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain ...Tetrathionate reductase subunit A, MopB domain / : / : / : / 4Fe-4S binding domain / : / 4Fe-4S dicluster domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Chem-MGD / MOLYBDENUM ATOM / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / PHOSPHATE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / Arsenate respiratory reductase iron-sulfur subunit ArrB / Arsenate respiratory reductase molybdopterin-containing subunit ArrA
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Glasser, N.R. / Newman, D.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)5R01HL117328-03 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structural and mechanistic analysis of the arsenate respiratory reductase provides insight into environmental arsenic transformations.
著者: Glasser, N.R. / Oyala, P.H. / Osborne, T.H. / Santini, J.M. / Newman, D.K.
履歴
登録2018年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.42019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.72024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ArrA
B: 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein
C: ArrA
D: 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,51833
ポリマ－233,8264
非ポリマー7,69129
水42,8402378
1
A: ArrA
B: 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,66015
ポリマ－116,9132
非ポリマー3,74713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12190 Å2
ΔGint-177 kcal/mol
Surface area33010 Å2
手法PISA
2
C: ArrA
D: 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,85818
ポリマ－116,9132
非ポリマー3,94516
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12600 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area32320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)232.397, 86.366, 147.429
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.61, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1666-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 ArrA


分子量: 91143.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella sp. (strain ANA-3) (バクテリア)
株: ANA-3 / 遺伝子: arrA, Shewana3_2341 / 発現宿主: Shewanella sp. ANA-3 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7WTU0
#2: タンパク質 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein / ArrB


分子量: 25769.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella sp. (strain ANA-3) (バクテリア)
株: ANA-3 / 遺伝子: arrB, Shewana3_2340 / 発現宿主: Shewanella sp. ANA-3 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7WTT9

-
非ポリマー , 8種, 2407分子

#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物
ChemComp-MGD / 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE / MOLYBDOPTERIN GUANOSINE DINUCLEOTIDE


分子量: 740.557 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N10O13P2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MO / MOLYBDENUM ATOM / モリブデン


分子量: 95.940 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#7: 化合物 ChemComp-PG5 / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / トリグライム


分子量: 178.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O4
#8: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6
詳細: 10 mg/ml protein, 15% PEG 2000 MME, 150 mM KSCN, 50 mM HEPES (adjusted to pH 7.5 with NaOH), 5 mM disodium phosphate, microseeded; cryo protected in 30% PEG 2000 MME, 100 mM KSCN, 1 M sodium ...詳細: 10 mg/ml protein, 15% PEG 2000 MME, 150 mM KSCN, 50 mM HEPES (adjusted to pH 7.5 with NaOH), 5 mM disodium phosphate, microseeded; cryo protected in 30% PEG 2000 MME, 100 mM KSCN, 1 M sodium formate, 50 mM MES (pH 6.0), 5 mM disodium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→37.7 Å / Num. obs: 245023 / % possible obs: 98.33 % / 冗長度: 6.9 % / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 15.71
反射 シェル解像度: 1.71→1.771 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique obs: 23784 / Rpim(I) all: 0.311 / % possible all: 95.72

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1000233067

解像度: 1.71→37.7 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1535 3109 1.25 %
Rwork0.1317 --
obs0.132 245002 98.33 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→37.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16315 0 335 2378 19028

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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