PDB-6cys: Crystal structure analysis of the D150G mutant of Superoxide Dism...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cys

タイトル

Crystal structure analysis of the D150G mutant of Superoxide Dismutase from Trichoderma reesei

要素

Superoxide dismutase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / enzymatic activity

機能・相同性

機能・相同性情報

superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Hypocrea jecorina (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Mendoza Rengifo, E. / Garratt, R.C. / Ferreira Jr., J.R.S.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure analysis of the D150G mutant of Superoxide Dismutase from Trichoderma reesei
著者: Mendoza Rengifo, E. / Garratt, R.C. / Ferreira Jr., J.R.S.

履歴

登録	2018年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_audit_support Item: _entity.formula_weight / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cys.cif.gz	484.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cys.ent.gz	404.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cys.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6cys_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cys_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	6cys_validation.xml.gz	40 KB	表示
CIF形式データ	6cys_validation.cif.gz	61.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/6cys ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/6cys	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5tir
類似構造データ	2r72-d 3vp6-d 2gtq-d 2pus-d 4nnz-d 5g5s-d 6u45-1 3qhs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Superoxide dismutase

B: Superoxide dismutase

C: Superoxide dismutase

D: Superoxide dismutase

ヘテロ分子

92.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.040, 82.010, 133.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 4 - 212 / Label seq-ID: 3 - 211

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	A
2	chain B	B	B
3	chain C	C	C
4	chain D	D	D

#1: タンパク質	Superoxide dismutase 分子量: 23071.055 Da / 分子数: 4 / 変異: D150G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hypocrea jecorina (strain QM6a) (菌類) 株: QM6a / 遺伝子: TRIREDRAFT_66345 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RQS7, superoxide dismutase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1044 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 100mM Bis-Tris pH 6.0, 25% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→69.89 Å / Num. obs: 72428 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.5 % / B_iso Wilson estimate: 15.99 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_pim(I) all: 0.063 / R_rim(I) all: 0.106 / R_sym value: 0.084 / Net I/σ(I): 7.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
1.85-1.95	2.4	0.332	10697	0.854	0.033	0.055	0.044	99.4
5.85-69.89	2.6	0.044	2194	0.997	0.027	0.047	0.039	88.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
iMOSFLM		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→51.022 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.18

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1911	3627	5.01 %
R_work	0.1603	-	-
obs	0.1618	72401	96.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.59 Å² / B_iso mean: 22.1019 Å² / B_iso min: 8.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→51.022 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6468	0	4	1044	7516
B_iso mean	-	-	10.85	29.42	-
残基数	-	-	-	-	836

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	6648
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.723	9044
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	972
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1156
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.19	3864

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4991	X-RAY DIFFRACTION	6.822	TORSIONAL
1	2	B	4991	X-RAY DIFFRACTION	6.822	TORSIONAL
1	3	C	4991	X-RAY DIFFRACTION	6.822	TORSIONAL
1	4	D	4991	X-RAY DIFFRACTION	6.822	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.85-1.8744	0.2552	125	0.2248	2692	2817	99
1.8744-1.9	0.2244	146	0.2113	2673	2819	99
1.9-1.9272	0.2304	136	0.2063	2666	2802	99
1.9272-1.9559	0.2323	133	0.1921	2689	2822	99
1.9559-1.9865	0.2311	128	0.1776	2683	2811	99
1.9865-2.0191	0.2244	163	0.1872	2668	2831	99
2.0191-2.0539	0.2441	142	0.1819	2648	2790	99
2.0539-2.0912	0.228	154	0.1699	2692	2846	99
2.0912-2.1315	0.2147	163	0.1658	2629	2792	99
2.1315-2.175	0.1985	141	0.1727	2665	2806	99
2.175-2.2223	0.1824	134	0.1582	2693	2827	98
2.2223-2.274	0.1819	152	0.1544	2651	2803	98
2.274-2.3308	0.2032	141	0.1559	2658	2799	98
2.3308-2.3939	0.1893	115	0.1583	2669	2784	98
2.3939-2.4643	0.2133	142	0.1546	2659	2801	98
2.4643-2.5438	0.1875	128	0.1504	2668	2796	97
2.5438-2.6347	0.1908	130	0.1523	2643	2773	97
2.6347-2.7402	0.1921	168	0.1549	2625	2793	97
2.7402-2.8649	0.1661	142	0.1551	2621	2763	96
2.8649-3.016	0.1863	125	0.1549	2648	2773	96
3.016-3.2049	0.1891	144	0.1526	2602	2746	95
3.2049-3.4523	0.1894	121	0.1541	2655	2776	95
3.4523-3.7996	0.1693	154	0.1508	2578	2732	94
3.7996-4.3492	0.1491	147	0.1323	2604	2751	93
4.3492-5.4785	0.1735	117	0.1397	2575	2692	91
5.4785-51.0413	0.1877	136	0.1831	2520	2656	86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8613	-0.2688	-0.4428	1.4332	0.4079	1.7756	-0.0478	-0.3183	0.2455	0.2119	0.1696	0.1492	-0.2418	0.1396	-0.0592	0.1937	0.0321	0.0428	0.1973	0.0127	0.1416	-0.2022	-10.7258	-17.7812
2	1.41	-0.0247	0.0606	1.5968	0.2711	1.4284	-0.137	-0.0248	0.1887	0.2212	0.0779	-0.261	-0.1817	0.4046	0.0157	0.1906	-0.0006	-0.0138	0.2108	0.0348	0.1953	9.1294	-9.761	-20.405
3	1.415	-0.0458	-0.346	0.6273	0.2479	1.6232	-0.0375	0.172	-0.0725	-0.0364	0.0134	0.1378	0.0853	-0.0427	0.0146	0.1075	-0.0053	0.0068	0.1074	0.0249	0.1347	0.8379	-22.2457	-39.4772
4	0.1955	-0.1109	-0.5762	0.1459	-0.0517	1.897	-0.0291	-0.1053	-0.1089	-0.0418	-0.0605	-0.0468	0.029	0.3306	-0.0376	0.1404	-0.0029	0.0086	0.1787	0.0464	0.1679	11.5001	-19.3531	-37.2597
5	0.5085	-0.3101	0.2591	0.7196	-0.5503	1.8737	-0.0136	0.0142	-0.0005	-0.0223	0.0244	0.0513	0.0175	0.0104	-0.0124	0.0984	0.0043	0.0154	0.1159	0.0266	0.1593	0.0352	-21.8063	-30.4766
6	0.8158	0.2813	0.5772	0.6781	0.6906	2.8722	-0.0664	0.0727	0.2953	-0.0506	-0.0042	0.0079	-0.4206	-0.1823	-0.022	0.1798	-0.0154	-0.0148	0.1801	0.0434	0.2872	4.9129	-3.5357	-32.2952
7	1.7282	0.0324	0.0132	1	-0.2309	0.322	0.0399	0.0518	0.3144	-0.0369	-0.0071	-0.0749	-0.0995	-0.025	-0.0156	0.1388	-0.0164	0.0332	0.0914	-0.0029	0.138	38.6417	-5.0201	-30.5253
8	2.3115	-1.5895	0.5454	2.0898	-0.1131	0.3699	0.0591	-0.0726	0.0393	-0.043	-0.0171	0.2095	-0.0922	-0.0782	-0.0492	0.1412	0.0086	0.0361	0.099	-0.0044	0.1422	29.3303	-6.5789	-28.1573
9	0.7115	0.0402	-0.1397	1.0538	-0.7001	0.8462	0.0058	-0.1087	-0.0843	0.0262	-0.0397	-0.0847	0.0982	0.0512	0.0079	0.1332	-0.004	0.0174	0.0988	0.0013	0.1282	38.8438	-27.7267	-21.3578
10	0.3583	0.3996	-0.0584	1.1287	-0.9426	1.0834	-0.0118	0.0114	-0.0701	0.0448	0.0239	0.0487	-0.0317	-0.1264	-0.0343	0.1039	-0.0082	0.0236	0.1015	-0.0109	0.119	34.327	-20.7674	-29.2567
11	1.2882	0.1034	-0.8583	1.1308	-0.703	1.6136	-0.005	-0.0663	-0.2159	-0.022	-0.0997	-0.1699	0.1335	0.1102	0.064	0.0999	-0.0066	0.0141	0.0792	0.0047	0.181	43.187	-24.1866	-22.7001
12	0.6869	-0.059	0.1184	3.3786	-0.9198	1.0106	0.0042	-0.7155	-0.08	0.9593	0.0088	0.0763	-0.5653	-0.7292	-0.0844	0.4054	0.0361	0.0145	0.424	-0.0726	0.2299	32.453	-8.3108	-15.5342
13	0.511	0.0305	0.1119	0.7314	-0.1271	1.5423	-0.1406	0.269	-0.2427	-0.257	0.1259	-0.2793	0.0712	0.1095	-0.0098	0.1608	-0.0343	0.0541	0.1719	-0.0621	0.1391	35.6737	-24.0156	-56.9575
14	1.2646	0.5697	-0.4832	2.4801	-0.5466	1.1498	-0.0152	0.1901	-0.2712	0.0801	0.1192	-0.1387	-0.0468	-0.0749	-0.0919	0.108	-0.0029	-0.0028	0.1098	-0.035	0.0931	22.0788	-37.2367	-43.9791
15	0.7173	0.1318	0.0861	1.3558	-0.6266	0.2144	-0.0965	0.2693	-0.0107	-0.1178	0.1659	0.002	-0.0173	-0.1397	-0.0555	0.156	-0.024	0.0163	0.1661	-0.0289	0.1044	23.9482	-22.7681	-52.9884
16	0.6369	0.2088	-0.4742	2.1577	1.3549	3.4279	0.0518	0.476	0.384	-0.2474	0.0806	0.5292	-0.3511	-0.5123	-0.085	0.2755	0.023	-0.041	0.3496	0.1405	0.2646	16.5043	-2.578	-62.5866
17	1.2107	-0.3124	1.0623	1.5767	-1.7518	3.8206	-0.152	0.1846	0.4348	-0.1756	0.0568	-0.1004	-0.4308	-0.0285	0.0411	0.2597	-0.016	0.0244	0.1532	0.044	0.2692	25.0225	-2.3852	-52.482
18	1.02	0.1843	0.3115	0.9173	-0.002	1.8971	0.0082	0.2406	0.0077	-0.0616	0.1113	0.127	-0.0784	-0.1185	-0.0758	0.1541	0.0046	-0.0061	0.1578	0.0233	0.1453	21.1278	-12.9606	-49.0295
19	1.7838	-1.0397	1.5268	1.5847	-0.8065	1.8178	-0.1034	-0.0827	0.0669	0.2101	0.2681	0.2933	-0.4434	-0.5439	-0.1282	0.1671	0.0165	0.0356	0.2155	0.0564	0.2167	15.9827	-10.4342	-50.8465
20	0.4139	0.4537	-0.1028	0.8331	0.0433	0.9294	-0.0116	0.0837	0.0572	-0.0229	0.0588	0.0193	-0.0804	-0.0701	-0.046	0.1392	-0.0144	0.0279	0.1212	0.0085	0.1092	28.781	-15.4229	-48.8189
21	1.4053	-0.1374	0.7531	0.491	-0.1684	1.2083	-0.0762	0.2998	0.2671	-0.207	0.0617	0.0183	-0.1683	-0.0132	-0.0289	0.2131	-0.0396	0.0311	0.2145	0.0257	0.1351	27.79	-10.6763	-59.6686
22	0.3619	-0.726	0.5339	3.2528	-2.2366	1.5326	0.0987	0.5053	-0.0838	-0.4642	0.1564	0.4732	0.224	-0.1675	-0.1975	0.2511	-0.0584	-0.0228	0.3516	0.0011	0.2135	14.3168	-25.18	-57.3409
23	1.1566	0.132	0.495	0.9907	-0.6534	1.9707	0.0999	-0.1169	-0.2502	0.0354	0.0617	0.0602	0.1778	-0.1654	-0.1115	0.1205	-0.0154	0.0118	0.1312	0.0466	0.152	4.4514	-41.9949	-9.8432
24	0.2978	-0.0574	-1.4366	0.0536	0.4057	1.8348	0.0329	-0.044	-0.0239	0.0041	-0.004	-0.0072	-0.0412	0.0797	-0.0289	0.1302	0.0288	0.0025	0.1424	0.0107	0.1296	18.5558	-40.0399	-24.3351
25	0.7272	0.0823	0.2349	0.573	-0.3089	0.7836	0.0817	-0.5903	-0.2357	0.2187	-0.046	-0.1503	-0.1393	-0.2025	0.0265	0.2058	-0.0239	0.0291	0.2826	0.0751	0.1303	16.599	-33.7389	7.2441
26	1.4332	-0.5208	1.1988	0.6187	-0.6864	3.9112	-0.2541	-0.4067	0.2747	0.3038	0.1179	-0.0145	-0.3188	-0.36	0.0991	0.2674	0.0427	0.0509	0.1763	-0.0425	0.177	14.1715	-22.0815	0.9493
27	1.4085	-0.1463	0.3088	0.8558	-0.2109	1.2783	0.018	-0.1241	0.0704	0.0978	-0.0325	-0.0176	-0.1144	0.0208	0.0193	0.1212	-0.0019	0.032	0.1227	0.0226	0.1093	13.9435	-30.0964	-5.8751
28	0.2259	0.535	0.9205	0.9766	1.752	3.1868	0.3007	-0.0905	-0.6597	0.1054	0.2866	-0.2016	0.4102	0.6015	-0.4622	0.2594	0.0294	-0.0283	0.4023	0.036	0.4128	25.8935	-42.156	-10.0367

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 57 )	A	4 - 57
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 58 through 83 )	A	58 - 83
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 84 through 137 )	A	84 - 137
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 138 through 147 )	A	138 - 147
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 148 through 197 )	A	148 - 197
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 198 through 212 )	A	198 - 212
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 4 through 57 )	B	4 - 57
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 58 through 83 )	B	58 - 83
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 84 through 137 )	B	84 - 137
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 138 through 176 )	B	138 - 176
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 177 through 198 )	B	177 - 198
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 199 through 212 )	B	199 - 212
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 4 through 33 )	C	4 - 33
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 34 through 57 )	C	34 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 58 through 98 )	C	58 - 98
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 99 through 111 )	C	99 - 111
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 112 through 125 )	C	112 - 125
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 126 through 137 )	C	126 - 137
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 138 through 147 )	C	138 - 147
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 148 through 176 )	C	148 - 176
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 177 through 197 )	C	177 - 197
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 198 through 212 )	C	198 - 212
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 4 through 33 )	D	4 - 33
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 34 through 83 )	D	34 - 83
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 84 through 111 )	D	84 - 111
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 112 through 125 )	D	112 - 125
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 126 through 197 )	D	126 - 197
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 198 through 212 )	D	198 - 212

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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