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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cy1
タイトルCrystal structure of Signal recognition particle receptor FtsY from Elizabethkingia anophelis
要素Signal recognition particle receptor FtsY
キーワードSIGNALING PROTEIN / Signal recognition particle receptor FtsY / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


signal recognition particle binding / signal-recognition-particle GTPase / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Signal-recognition particle receptor FtsY / SRP54, nucleotide-binding domain / SRP/SRP receptor, N-terminal / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain ...Signal-recognition particle receptor FtsY / SRP54, nucleotide-binding domain / SRP/SRP receptor, N-terminal / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Signal recognition particle receptor FtsY
類似検索 - 構成要素
生物種Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Signal recognition particle receptor FtsY from Elizabethkingia anophelis
著者: Delker, S.L. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Signal recognition particle receptor FtsY
B: Signal recognition particle receptor FtsY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6614
ポリマ－72,5032
非ポリマー1582
水6,557364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area24420 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)70.800, 70.800, 229.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 0 through 17 or (resid 18...
21(chain B and (resid 0 through 10 or (resid 11...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETASPASP(chain A and (resid 0 through 17 or (resid 18...AA0 - 179 - 26
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 0 through 17 or (resid 18...AA1827
13HISHISLYSLYS(chain A and (resid 0 through 17 or (resid 18...AA-3 - 3166 - 325
14HISHISLYSLYS(chain A and (resid 0 through 17 or (resid 18...AA-3 - 3166 - 325
15HISHISLYSLYS(chain A and (resid 0 through 17 or (resid 18...AA-3 - 3166 - 325
16HISHISLYSLYS(chain A and (resid 0 through 17 or (resid 18...AA-3 - 3166 - 325
21METMETLYSLYS(chain B and (resid 0 through 10 or (resid 11...BB0 - 109 - 19
22GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 0 through 10 or (resid 11...BB1120
23METMETLYSLYS(chain B and (resid 0 through 10 or (resid 11...BB0 - 3159 - 324
24METMETLYSLYS(chain B and (resid 0 through 10 or (resid 11...BB0 - 3159 - 324
25METMETLYSLYS(chain B and (resid 0 through 10 or (resid 11...BB0 - 3159 - 324
26METMETLYSLYS(chain B and (resid 0 through 10 or (resid 11...BB0 - 3159 - 324

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要素

#1: タンパク質 Signal recognition particle receptor FtsY / SRP receptor


分子量: 36251.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)
遺伝子: ftsY, BD94_0405 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A077EFA5
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.04 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: tray 291453 B12: JCSG+ : 200 mM Potassium citrate tribasic, 20% (w/v) PEG 3350: Cryo = 20%EG : ElanA.00983.a.B1 at 20 mg/ml, puck drh8-9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→41.85 Å / Num. obs: 51029 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.633 % / Biso Wilson estimate: 29.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 1.008 / Net I/σ(I): 21.02 / Num. measured all: 491587
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.9-1.959.60.564.0136491380138010.9070.591100
1.95-29.6020.4315.2234988364436440.9420.455100
2-2.069.6210.3416.6234241355935590.9630.36100
2.06-2.129.6280.2638.533506348034800.980.277100
2.12-2.199.6470.19911.0832509337033700.9870.21100
2.19-2.279.6520.16213.4431341324732470.9910.171100
2.27-2.369.6440.13515.8930272313931390.9940.142100
2.36-2.459.6750.1217.8229403303930390.9950.127100
2.45-2.569.6690.10819.727759287128710.9950.114100
2.56-2.699.6770.09222.5826717276127610.9970.097100
2.69-2.839.6770.07926.0325829266926690.9970.083100
2.83-39.6690.06630.4323815246324630.9980.07100
3-3.219.6670.05734.3922833236223620.9980.06100
3.21-3.479.6260.05238.420811216221620.9980.055100
3.47-3.89.6490.04741.219404201120110.9990.049100
3.8-4.259.6540.04544.0817571182018200.9990.047100
4.25-4.919.660.04345.7815611161616160.9980.046100
4.91-6.019.5840.04544.5513121136913690.9990.048100
6.01-8.59.5390.04245.1210026105110510.9990.044100
8.5-41.858.9730.04245.553396055950.9990.04498.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→41.85 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1997 2007 3.94 %
Rwork0.1718 --
obs0.173 50922 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 122.52 Å2 / Biso mean: 39.5183 Å2 / Biso min: 14.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→41.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4623 0 9 368 5000
Biso mean--71.69 43.84 -
残基数----621
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2512X-RAY DIFFRACTION8.197TORSIONAL
12B2512X-RAY DIFFRACTION8.197TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.9-1.94750.28341450.219635053650
1.9475-2.00020.29321320.205734803612
2.0002-2.0590.21911420.196534933635
2.059-2.12550.22761320.185435003632
2.1255-2.20140.20071700.179234793649
2.2014-2.28960.22921370.179735003637
2.2896-2.39380.21971190.180634963615
2.3938-2.520.23211520.183934923644
2.52-2.67780.22051580.191434683626
2.6778-2.88450.2041430.192434883631
2.8845-3.17470.23991440.180935073651
3.1747-3.63390.21161380.16934953633
3.6339-4.57740.14581410.142735043645
4.5774-41.86010.171540.15935083662
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1128-0.94460.70981.336-0.31440.91430.0470.049-0.1605-0.02450.0210.32440.059-0.0549-0.06950.18940.00770.01250.2527-0.04140.2074-12.706-18.6587-5.9866
23.34780.1630.00362.2839-0.37351.86370.06120.3680.17470.0308-0.0283-0.2445-0.17390.1461-0.03680.1587-0.0028-0.01250.2574-0.01740.161820.4516-15.35852.9336
32.685-0.44281.21931.5814-0.39521.82-0.0570.05360.09720.0633-0.01580.0163-0.15140.07840.06440.15480.02790.00030.2549-0.03610.1474-0.3167-15.461-1.5997
41.9718-0.00750.47161.3498-0.41841.80830.0755-0.0983-0.2320.45310.1845-1.00310.15040.448-0.18220.5080.0263-0.25830.421-0.19960.749-0.18279.61089.7289
52.8614-0.23821.29393.25380.59011.3910.1002-0.095-0.20810.01390.02440.0583-0.0382-0.0476-0.08950.2341-0.0030.02360.2107-0.05760.2321-25.37812.2696-5.1149
62.9551-1.9274-0.58484.01440.512.91320.24880.11130.0017-0.5441-0.30160.2331-0.0144-0.05910.05680.34160.0011-0.01260.2145-0.05840.2175-26.50110.9194-17.8933
72.5498-0.48851.17623.6066-0.03361.4730.06470.0243-0.19760.13840.2041-0.53390.12580.2084-0.23120.22810.0351-0.05030.2565-0.13850.3351-13.19069.2332-0.715
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -3 through 124 )A-3 - 124
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 125 through 234 )A125 - 234
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 235 through 316 )A235 - 316
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 0 through 81 )B0 - 81
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 82 through 194 )B82 - 194
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 195 through 234 )B195 - 234
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 235 through 315 )B235 - 315

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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