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- PDB-6cwp: X-ray crystal structure of Flavobacterium johnsoniae dimanganese(... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cwp
タイトルX-ray crystal structure of Flavobacterium johnsoniae dimanganese(II) ribonucleotide reductase beta subunit (anaerobic)
要素
  • Ribonucleotide reductase
  • VAL-GLU-TYR-THR-LYS-HIS
キーワードOXIDOREDUCTASE / ribonucleotide reductase / four-helix bundle / dimanganese cluster / oxidoretuctase
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ribonucleoside-diphosphate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Maggiolo, A.O. / Rose, H.R. / Boal, A.K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural Basis for Superoxide Activation of Flavobacterium johnsoniae Class I Ribonucleotide Reductase and for Radical Initiation by Its Dimanganese Cofactor.
著者: Rose, H.R. / Ghosh, M.K. / Maggiolo, A.O. / Pollock, C.J. / Blaesi, E.J. / Hajj, V. / Wei, Y. / Rajakovich, L.J. / Chang, W.C. / Han, Y. / Hajj, M. / Krebs, C. / Silakov, A. / Pandelia, M.E. ...著者: Rose, H.R. / Ghosh, M.K. / Maggiolo, A.O. / Pollock, C.J. / Blaesi, E.J. / Hajj, V. / Wei, Y. / Rajakovich, L.J. / Chang, W.C. / Han, Y. / Hajj, M. / Krebs, C. / Silakov, A. / Pandelia, M.E. / Bollinger, J.M. / Boal, A.K.
履歴
登録2018年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleotide reductase
B: Ribonucleotide reductase
F: VAL-GLU-TYR-THR-LYS-HIS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5197
ポリマ－72,2993
非ポリマー2204
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area25180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.455, 53.455, 220.747
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Ribonucleotide reductase


分子量: 35760.559 Da / 分子数: 2 / 断片: \cf3 \cf0 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: tag removed for crystallization
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (strain ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101) (バクテリア)
株: ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101 / 遺伝子: Fjoh_4066 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5FCJ5
#2: タンパク質・ペプチド VAL-GLU-TYR-THR-LYS-HIS


分子量: 777.864 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.16 % / Mosaicity: 0.369 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M magnesium acetate, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 53468 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 1.041 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.92-1.953.70.81423360.5470.4290.9270.79288.1
1.95-1.993.90.7326110.6480.3820.830.79794.3
1.99-2.034.30.60226400.7220.3140.6840.82197.9
2.03-2.074.50.4926870.8240.2510.5540.856100
2.07-2.114.70.44427370.8210.2270.5010.869100
2.11-2.164.80.37726480.860.1910.4250.847100
2.16-2.224.80.30527500.9090.1540.3430.85100
2.22-2.284.90.25926510.9380.1290.290.879100
2.28-2.344.80.23527120.9410.1180.2640.87100
2.34-2.424.90.20126950.9590.10.2250.873100
2.42-2.514.90.17626870.9680.0860.1970.89100
2.51-2.6150.15426930.9740.0740.1720.909100
2.61-2.725.10.13227250.9830.0640.1480.963100
2.72-2.875.10.10826530.9860.0510.120.998100
2.87-3.055.10.09627120.9890.0450.1061.087100
3.05-3.285.20.09127100.9870.0430.1011.381100
3.28-3.615.40.07827030.9910.0360.0861.562100
3.61-4.145.70.06627190.9940.030.0721.596100
4.14-5.216.40.05426850.9960.0230.0591.30399.9
5.21-506.60.04727140.9980.0190.0511.10299.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.92→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 4.135 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.171
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2456 2367 5.1 %RANDOM
Rwork0.2057 ---
obs0.2077 44358 86.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 87 Å2 / Biso mean: 24.173 Å2 / Biso min: 6.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20.03 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.92→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5059 0 4 68 5131
Biso mean--11.11 17.29 -
残基数----613
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0195178
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024893
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2461.9437006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.818311260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4865610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.01324.644267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.38315916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2911523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025800
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021235
LS精密化 シェル解像度: 1.919→1.969 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 76 -
Rwork0.258 1362 -
all-1438 -
obs--35.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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