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- PDB-6cu3: Crystal structure of a protein arginine N-methyltransferase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cu3
タイトルCrystal structure of a protein arginine N-methyltransferase from Naegleria fowleri
要素protein arginine N-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / NIAID / structural genomics / SAM / SAH / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-arginine N-methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / methylation / nucleus
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase domain / Methyltransferase domain / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / : / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Methyltransferase domain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Distorted Sandwich ...Methyltransferase domain / Methyltransferase domain / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / : / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Methyltransferase domain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Distorted Sandwich / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein arginine N-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a protein arginine N-methyltransferase from Naegleria fowleri
著者: Edwards, T.E. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S.
履歴
登録2018年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein arginine N-methyltransferase
B: protein arginine N-methyltransferase
C: protein arginine N-methyltransferase
D: protein arginine N-methyltransferase
E: protein arginine N-methyltransferase
F: protein arginine N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,29924
ポリマ－232,1826
非ポリマー1,11718
水8,233457
1
A: protein arginine N-methyltransferase
ヘテロ分子

A: protein arginine N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,01512
ポリマ－77,3942
非ポリマー62110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area27030 Å2
手法PISA
2
B: protein arginine N-methyltransferase
E: protein arginine N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,13914
ポリマ－77,3942
非ポリマー74512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5360 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area27140 Å2
手法PISA
3
C: protein arginine N-methyltransferase
F: protein arginine N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4563
ポリマ－77,3942
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area27670 Å2
手法PISA
4
D: protein arginine N-methyltransferase

D: protein arginine N-methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3942
ポリマ－77,3942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area27040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)249.630, 101.460, 105.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 21 or (resid 22 through 23...
21(chain B and (resid 21 or (resid 22 through 23...
31(chain C and (resid 21 or (resid 22 through 23...
41(chain D and (resid 21 through 22 or (resid 23...
51(chain E and (resid 21 or (resid 22 through 23...
61(chain F and (resid 21 through 26 or resid 28...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 21 or (resid 22 through 23...A21
121(chain A and (resid 21 or (resid 22 through 23...A22 - 23
131(chain A and (resid 21 or (resid 22 through 23...A18 - 328
141(chain A and (resid 21 or (resid 22 through 23...A18 - 328
151(chain A and (resid 21 or (resid 22 through 23...A18 - 328
161(chain A and (resid 21 or (resid 22 through 23...A18 - 328
211(chain B and (resid 21 or (resid 22 through 23...B21
221(chain B and (resid 21 or (resid 22 through 23...B22 - 23
231(chain B and (resid 21 or (resid 22 through 23...B17 - 328
241(chain B and (resid 21 or (resid 22 through 23...B17 - 328
251(chain B and (resid 21 or (resid 22 through 23...B17 - 328
261(chain B and (resid 21 or (resid 22 through 23...B17 - 328
311(chain C and (resid 21 or (resid 22 through 23...C21
321(chain C and (resid 21 or (resid 22 through 23...C22 - 23
331(chain C and (resid 21 or (resid 22 through 23...C19 - 328
341(chain C and (resid 21 or (resid 22 through 23...C19 - 328
351(chain C and (resid 21 or (resid 22 through 23...C19 - 328
361(chain C and (resid 21 or (resid 22 through 23...C19 - 328
411(chain D and (resid 21 through 22 or (resid 23...D21 - 22
421(chain D and (resid 21 through 22 or (resid 23...D23
431(chain D and (resid 21 through 22 or (resid 23...D18 - 328
441(chain D and (resid 21 through 22 or (resid 23...D18 - 328
451(chain D and (resid 21 through 22 or (resid 23...D18 - 328
461(chain D and (resid 21 through 22 or (resid 23...D18 - 328
511(chain E and (resid 21 or (resid 22 through 23...E21
521(chain E and (resid 21 or (resid 22 through 23...E22 - 23
531(chain E and (resid 21 or (resid 22 through 23...E20 - 328
541(chain E and (resid 21 or (resid 22 through 23...E20 - 328
551(chain E and (resid 21 or (resid 22 through 23...E20 - 328
561(chain E and (resid 21 or (resid 22 through 23...E20 - 328
611(chain F and (resid 21 through 26 or resid 28...F21 - 26
621(chain F and (resid 21 through 26 or resid 28...F28 - 46
631(chain F and (resid 21 through 26 or resid 28...F48 - 49
641(chain F and (resid 21 through 26 or resid 28...F51 - 130
651(chain F and (resid 21 through 26 or resid 28...F20 - 328
661(chain F and (resid 21 through 26 or resid 28...F0
671(chain F and (resid 21 through 26 or resid 28...F171
681(chain F and (resid 21 through 26 or resid 28...F20 - 328
691(chain F and (resid 21 through 26 or resid 28...F20 - 328
6101(chain F and (resid 21 through 26 or resid 28...F20 - 328
6111(chain F and (resid 21 through 26 or resid 28...F20 - 328
6121(chain F and (resid 21 through 26 or resid 28...F20 - 328

-
要素

#1: タンパク質
protein arginine N-methyltransferase


分子量: 38696.926 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A384E135*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 5.5 mg/mL NafoA.01523.a.B1.PW37976 against JCSG+ screen condition A3 (0.2 M ammonium citrate, 25% PEG3350), cryoprotectant: 20% ethylene glycol, crystal tracking ID 286783a3, unique puck ID rmz3-7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月18日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→46.997 Å / Num. obs: 93675 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.39 % / Biso Wilson estimate: 40.86 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 1.043 / Net I/σ(I): 16.18 / Num. measured all: 504864 / Scaling rejects: 12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.5-2.565.4850.5583.1137484683768340.8870.616100
2.56-2.645.4850.443.8736735670266970.9330.48699.9
2.64-2.715.4740.3684.6735589650365010.9490.407100
2.71-2.85.4920.3135.4934786633663340.960.345100
2.8-2.895.4760.2576.6833372609960940.9720.28399.9
2.89-2.995.4810.2048.1232602595059480.9820.225100
2.99-3.15.4680.1729.5631189570757040.9870.1999.9
3.1-3.235.4410.12412.6130208555355520.9930.136100
3.23-3.375.4430.115.4328846530253000.9950.11100
3.37-3.545.4090.07918.4527481508650810.9960.08799.9
3.54-3.735.4050.06521.8926116483548320.9980.07199.9
3.73-3.955.350.05525.1424464457745730.9980.0699.9
3.95-4.235.3150.04729.0723068434443400.9990.05299.9
4.23-4.565.2820.04231.6521248402540230.9990.046100
4.56-55.2330.03833.1119488372637240.9990.04399.9
5-5.595.2250.03833.3217760339933990.9990.042100
5.59-6.455.2480.04130.2615748300530010.9990.04699.9
6.45-7.915.2110.03433.9713341256825600.9990.03799.7
7.91-11.184.9970.02639.42101542039203210.02899.7
11.18-46.9974.5240.02340.075185119411460.9990.02696

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3Q7E

3q7e


解像度: 2.5→46.997 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2327 2166 2.31 %
Rwork0.1898 --
obs0.1908 93624 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 151.97 Å2 / Biso mean: 54.925 Å2 / Biso min: 17.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→46.997 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14035 0 72 458 14565
Biso mean--69.56 46.86 -
残基数----1819
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4410X-RAY DIFFRACTION3.916TORSIONAL
12B4410X-RAY DIFFRACTION3.916TORSIONAL
13C4410X-RAY DIFFRACTION3.916TORSIONAL
14D4410X-RAY DIFFRACTION3.916TORSIONAL
15E4410X-RAY DIFFRACTION3.916TORSIONAL
16F4410X-RAY DIFFRACTION3.916TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.55810.26081320.219160296161100
2.5581-2.62210.30741190.216260336152100
2.6221-2.6930.29261390.223860406179100
2.693-2.77220.32421620.226860386200100
2.7722-2.86170.24961540.214260146168100
2.8617-2.96390.31240.204260536177100
2.9639-3.08260.24961440.209360846228100
3.0826-3.22280.2761490.213960256174100
3.2228-3.39270.20211580.196260766234100
3.3927-3.60520.24311530.195860566209100
3.6052-3.88340.23381600.181861086268100
3.8834-4.2740.2081360.160961226258100
4.274-4.89190.18351360.151561766312100
4.8919-6.16110.21211410.177162186359100
6.1611-47.00480.2171590.20116386654599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.11770.69621.11521.73280.64271.11130.08080.2388-0.34010.0638-0.06530.15330.3564-0.131-0.12630.678-0.41730.07511.8417-0.71190.9916-60.088332.5094-100.6258
20.2660.32680.11240.98470.69490.57490.01840.6444-0.4249-0.57030.02350.35720.1291-0.2657-0.02850.7886-0.0934-0.27631.9466-0.43670.6504-57.795751.6378-104.3239
30.097-0.3451-0.02011.64490.35240.20480.00160.4638-0.3611-0.2852-0.0052-0.11510.0013-0.7963-0.01450.471-0.040.03470.9876-0.00450.3105-39.602266.2199-87.1495
40.2529-0.58590.00941.4587-0.23120.74560.06731.3601-0.1322-0.367-0.19280.4423-0.0209-1.02430.05620.48050.0721-0.00671.489-0.01190.5224-52.729964.8636-87.8779
50.9596-0.1059-0.23540.377-0.63361.51080.35011.42190.1025-0.5993-0.2680.1455-0.2576-0.32770.10680.67030.3495-0.03951.90620.31570.6288-50.575671.6309-97.5316
61.37471.80540.67333.79970.03032.6892-0.02530.1596-0.1159-0.12560.10180.09980.17230.1903-0.0590.21260.0456-0.00830.2169-0.03620.3522-23.8141-1.9384-52.9991
72.2541-0.8438-1.24561.19360.22530.75270.0479-0.2219-0.04970.03960.1108-0.13890.08430.1111-0.11750.2641-0.0113-0.02010.2648-0.0270.31523.756515.2824-38.4179
83.80931.12971.74743.84531.17052.4582-0.06480.00120.2481-0.0333-0.08410.1327-0.01780.03220.1570.20920.0464-0.00220.17670.00270.246-10.934519.9898-41.582
92.296-1.47111.09334.2749-0.49212.63140.028-0.433-0.32220.16960.16580.06270.1144-0.3315-0.17550.2324-0.0054-0.00410.25830.05520.2986-17.291248.7357-46.2896
104.05-0.37411.2421.8339-0.41791.1186-0.01520.01930.37580.0014-0.0618-0.0825-0.014-0.04710.06370.24230.01430.04070.1761-0.00420.263-33.962369.2548-59.874
111.7508-0.9719-2.03354.2594-0.51854.62-0.03980.4821-0.0101-0.4202-0.0943-0.3330.0681-0.38610.11340.3958-0.09290.12530.5385-0.01960.3726-15.224859.2064-100.0316
120.4471-0.3067-0.36691.69980.11821.6009-0.59790.5264-0.7153-0.4970.0474-0.26190.5259-0.25210.33570.6635-0.17520.32590.6073-0.2250.6455-26.401134.5774-87.8407
131.1067-0.5479-1.57781.7930.18682.50790.212-0.33290.45340.5935-0.26130.5014-0.184-0.0638-0.02060.6537-0.05680.21710.7809-0.34460.7674-22.81688.50190.4279
142.2156-0.2203-0.7762.71440.30871.4756-0.0607-0.2553-0.040.3756-0.18790.19860.0155-0.2140.26110.4071-0.01210.07580.452-0.05910.2651-12.0762-15.7761-11.2989
152.7259-1.5918-1.21834.49490.28522.5495-0.1258-0.31910.11420.20810.22220.1497-0.03480.2447-0.09290.2213-0.01480.0020.21-0.01210.2926-66.267852.6255-50.3138
163.0311.047-0.72631.79290.14330.7874-0.12840.084-0.4482-0.07290.0798-0.17080.05960.05770.03760.2740.00340.03030.1921-0.00090.3648-47.433632.1743-60.4465
170.33030.12310.41531.8640.91121.6325-0.03720.7046-0.52870.0133-0.00140.150.3129-0.28110.02660.6663-0.4326-0.01511.576-0.63011.034-57.126341.3053-89.9937
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'F' and (resid 37 through 97 )F37 - 97
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'F' and (resid 98 through 142 )F98 - 142
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'F' and (resid 143 through 182 )F143 - 182
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'F' and (resid 183 through 289 )F183 - 289
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'F' and (resid 290 through 328 )F290 - 328
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 18 through 152 )A18 - 152
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 153 through 202 )A153 - 202
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 203 through 328 )A203 - 328
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 17 through 152 )B17 - 152
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 153 through 328 )B153 - 328
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 19 through 152 )C19 - 152
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 153 through 328 )C153 - 328
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 18 through 152 )D18 - 152
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 153 through 328 )D153 - 328
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 20 through 152 )E20 - 152
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 153 through 328 )E153 - 328
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 20 through 36 )F20 - 36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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