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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ct6
タイトルCrystal structure of lactate dehydrogenase from Eimeria maxima with NADH and oxamate
要素Lactate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ancestral Sequence Reconstruction / Dehydrogenase / Apicomplexa / Specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


lactate metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / pyruvate metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Malate dehydrogenase, type 3 / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Malate dehydrogenase, type 3 / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-glucopyranose / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / OXAMIC ACID / L-lactate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Eimeria maxima (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.705 Å
データ登録者Wirth, J.D. / Xu, C. / Theobald, D.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM096053 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Mechanistic, Structural, and Evolutionary Origin of Lactate Dehydrogenase Substrate Specificity in Apicomplexa
著者: Wirth, J.D. / Xu, C. / Boucher, J.I. / Theobald, D.L.
履歴
登録2018年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lactate dehydrogenase
B: Lactate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2076
ポリマ－74,0922
非ポリマー1,1154
水7,314406
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6210 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area27060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.400, 83.400, 227.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Lactate dehydrogenase


分子量: 37046.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Eimeria maxima (真核生物) / 遺伝子: EMWEY_00056130 / プラスミド: pET-24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: U6M598
#2: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#4: 化合物 ChemComp-OXM / OXAMIC ACID / オキサミド酸


分子量: 89.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20mg/mL protein, 2mM NADH, 2mM oxamate; well solution: 0.1M HEPES, 2.0M ammonium formate; dextrose cryoprotectant prior to flash-freezing in liquid nitrogen

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.705→44.636 Å / Num. obs: 100328 / % possible obs: 88.68 % / 冗長度: 1.84 % / Biso Wilson estimate: 30.76 Å2 / Rrim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 6.43
反射 シェル解像度: 1.705→1.7294 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.34 / Num. unique obs: 9532 / Rrim(I) all: 3.66 / % possible all: 98.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T2D

1t2d


解像度: 1.705→44.636 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2183 3413 2 %
Rwork0.2016 --
obs0.2019 92772 88.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 152.35 Å2 / Biso mean: 40.8339 Å2 / Biso min: 19.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.705→44.636 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4958 0 127 406 5491
Biso mean--50.46 42.18 -
残基数----652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035109
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6896903
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049804
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004877
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.6153094
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.705-1.72940.4378180.40941303132116
1.7294-1.75520.4003490.39252462251132
1.7552-1.78260.4154800.39673826390648
1.7826-1.81180.34111020.39384548465058
1.8118-1.84310.47031330.39616434656783
1.8431-1.87660.36791560.38157405756194
1.8766-1.91270.38381640.35767713787798
1.9127-1.95170.3711580.351879518109100
1.9517-1.99420.28941600.308478097969100
1.9942-2.04060.32891560.296178858041100
2.0406-2.09160.33751640.286978518015100
2.0916-2.14810.30461580.262778458003100
2.1481-2.21130.26841580.248878598017100
2.2113-2.28270.28481620.244878478009100
2.2827-2.36430.23141640.223678828046100
2.3643-2.4590.25841560.219778898045100
2.459-2.57090.28061630.215878418004100
2.5709-2.70640.24741620.204978878049100
2.7064-2.87590.21571600.206378968056100
2.8759-3.09790.19931440.193678748018100
3.0979-3.40960.21491620.181478377999100
3.4096-3.90270.1851520.155778798031100
3.9027-4.9160.13051660.130878628028100
4.916-44.65080.16361660.165478658031100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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