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万見
- PDB-6csz: TFE-induced NMR structure of a novel bioactive peptide (PaDBS1R3)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6csz
タイトルTFE-induced NMR structure of a novel bioactive peptide (PaDBS1R3) derived from a Pyrobaculum aerophilum ribosomal protein (L39e)
要素PaDBS1R3
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Antimicrobial Peptide / Antibiotics / Bacterial Resistance / Cationic Peptide
機能・相同性Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / cytosolic large ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / translation / Large ribosomal subunit protein eL39
機能・相同性情報
生物種Pyrobaculum aerophilum (古細菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Cardoso, M.H. / Chan, L.Y. / Candido, E.S. / Torres, M.T. / Oshiro, K.G.N. / Silva, I.C. / Goncalves, S. / Buccini, D.F. / Lu, T. / Santos, N.C. ...Cardoso, M.H. / Chan, L.Y. / Candido, E.S. / Torres, M.T. / Oshiro, K.G.N. / Silva, I.C. / Goncalves, S. / Buccini, D.F. / Lu, T. / Santos, N.C. / de la Fuente-Nunez, C. / Craik, D.J. / Franco, O.L.
資金援助 オーストラリア, ブラジル, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)FL150100146 オーストラリア
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)141518/2015-4 ブラジル
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2022
タイトル: An N-capping asparagine-lysine-proline (NKP) motif contributes to a hybrid flexible/stable multifunctional peptide scaffold
著者: Cardoso, M.H. / Chan, L.Y. / Candido, E.S. / Buccini, D.F. / Rezende, S.B. / Torres, M.D.T. / Oshiro, K.G.N. / Silva, I.C. / Goncalves, S. / Lu, T.K. / Santos, N.C. / de la Fuente-Nunez, C. / ...著者: Cardoso, M.H. / Chan, L.Y. / Candido, E.S. / Buccini, D.F. / Rezende, S.B. / Torres, M.D.T. / Oshiro, K.G.N. / Silva, I.C. / Goncalves, S. / Lu, T.K. / Santos, N.C. / de la Fuente-Nunez, C. / Craik, D.J. / Franco, O.L.
履歴
登録2018年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32022年9月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PaDBS1R3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,1441
ポリマ－2,1441
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area2180 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PaDBS1R3 / 50S ribosomal protein L39e


分子量: 2143.807 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-18 / 変異: synthetic construct / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pyrobaculum aerophilum (古細菌) / 参照: UniProt: Q8ZTX6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic12D 1H-1H TOCSY
121anisotropic12D 1H-1H NOESY
131anisotropic12D 1H-15N HSQC
141anisotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM na PaDBS1R3, 30 % na TFE, 60 % na H2O, 10 % na D2O, 10 % na DSS, trifluoroethanol/water
詳細: Synthetic peptide in water/TFE mixture / Label: PaDBS1R3 / 溶媒系: trifluoroethanol/water
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMPaDBS1R3na1
30 %TFEna1
60 %H2Ona1
10 %D2Ona1
10 %DSSna1
試料状態詳細: Synthetic peptide in water/TFE mixture / イオン強度: 0 Not defined / Label: PaDBS1R3_TFE / pH: 4.3 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CcpNMRCCPNchemical shift assignment
CcpNMRCCPNpeak picking
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 6 / 詳細: with simulated annealing; refinement in water
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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