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- PDB-6crm: Crystal Structure of RecQ catalytic core from C. sakazakii bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6crm
タイトルCrystal Structure of RecQ catalytic core from C. sakazakii bound to an unfolded G-quadruplex
要素
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*TP*CP*GP*GP*TP*GP*CP*CP*TP*TP*A)-3')
  • RecQ
キーワードHYDROLASE/DNA / G-quadruplex / Helicase / HYDROLASE / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial nucleoid / SOS response / replisome / DNA 3'-5' helicase / isomerase activity / DNA recombination / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity ...bacterial nucleoid / SOS response / replisome / DNA 3'-5' helicase / isomerase activity / DNA recombination / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / DNA replication / hydrolase activity / DNA repair / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type, bacterial / RQC domain / RQC / RQC domain / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding ...DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type, bacterial / RQC domain / RQC / RQC domain / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / HRDC domain superfamily / HRDC-like superfamily / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA helicase RecQ
類似検索 - 構成要素
生物種Cronobacter sakazakii (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19286241172 Å
データ登録者Voter, A.F. / Keck, J.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM098885 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: A guanine-flipping and sequestration mechanism for G-quadruplex unwinding by RecQ helicases.
著者: Voter, A.F. / Qiu, Y. / Tippana, R. / Myong, S. / Keck, J.L.
履歴
登録2018年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RecQ
B: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*TP*CP*GP*GP*TP*GP*CP*CP*TP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0813
ポリマ－72,0162
非ポリマー651
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area25450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.468, 94.670, 98.906
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-800-

HOH

21A-824-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 RecQ


分子量: 60445.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Exact C-terminus not defined, the HRDC domain was removed with thrombin
由来: (組換発現) Cronobacter sakazakii (strain ATCC BAA-894) (バクテリア)
株: ATCC BAA-894 / 遺伝子: ESA_03738 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7MQK9
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*TP*CP*GP*GP*TP*GP*CP*CP*TP*TP*A)-3')


分子量: 11570.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9 / 詳細: 70 mM NaOAc, 10% PEG 4000, 30% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 1.127231 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127231 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.192→43.833 Å / Num. obs: 38101 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 53.3012096157 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1507 / Rpim(I) all: 0.04362 / Rrim(I) all: 0.1571 / Net I/σ(I): 11.35
反射 シェル解像度: 2.194→2.272 Å / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 2.887 / Mean I/σ(I) obs: 0.76 / Num. unique obs: 3473 / Rpim(I) all: 0.8546 / Rrim(I) all: 3.018 / % possible all: 92.63

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TMU

4tmu


解像度: 2.19286241172→43.832890357 Å / SU ML: 0.42920099339 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.32758362296 / 位相誤差: 33.8956660332
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239823580985 1992 5.23287887146 %
Rwork0.205005626627 --
obs0.206815513409 38067 98.9910284748 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19286241172→43.832890357 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4017 290 1 142 4450
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00370516094914436
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6667828560716067
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0443443602806671
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00466282409479753
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.67805235511692
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1929-2.24770.5681820632311240.5215997478772260X-RAY DIFFRACTION88.1005173688
2.2477-2.30850.4517322997911480.4036764321072539X-RAY DIFFRACTION99.8513563731
2.3085-2.37640.3925304493951280.3659421844612568X-RAY DIFFRACTION99.7410284869
2.3764-2.45310.3767066266021540.3301881958082553X-RAY DIFFRACTION99.7420781135
2.4531-2.54080.3449323308391320.3021031206682585X-RAY DIFFRACTION99.8897058824
2.5408-2.64250.3409762955881490.2984122168972541X-RAY DIFFRACTION99.8886000743
2.6425-2.76270.3579682439691430.2817623810732566X-RAY DIFFRACTION99.7790055249
2.7627-2.90830.2872812224531410.2221967045262615X-RAY DIFFRACTION99.9274836838
2.9083-3.09050.2818884661871460.2088472739152585X-RAY DIFFRACTION99.8902706657
3.0905-3.32910.2329490043411410.1943538425842593X-RAY DIFFRACTION99.9634369287
3.3291-3.66390.2181338313531430.1798474944012615X-RAY DIFFRACTION99.9275362319
3.6639-4.19370.2120042288341460.1611548817252624X-RAY DIFFRACTION100
4.1937-5.28220.1691966398881430.1515608892272670X-RAY DIFFRACTION99.7517730496
5.2822-43.84160.1924645451971540.1851902786232761X-RAY DIFFRACTION99.2847411444
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9323240264-0.6625111523130.7753893265951.87069317258-0.09313653872661.865770730020.0223719062552-0.234458535117-0.04066064222020.0628797888461-0.0049070780220.04903365547770.0326312158876-0.0384737987928-0.01287097978610.416168856321-0.02056468328920.0164607188460.401284191767-0.008756492860080.83558658290114.149007592811.372070292457.9596178832
22.98226881470.174482667341-0.5634384745911.91318164961-0.2979954352742.285261934070.03129831294550.214747037368-0.0621191171392-0.241278643604-0.0371612041565-0.2894775205460.0815823858450.1942390219170.0001958073825030.3427275673260.008318534020460.03810261961260.396211680463-0.02713556652920.7829705644178.5811734713524.07769443233.9675292565
33.660037169871.003523095522.460660809013.966981464031.687029110158.16343765488-0.09664205660371.357029159680.286751165381-0.8884190066030.006590128841880.07830235710760.126640550881-0.04135569435110.06830315032430.6182220978530.02807605667950.03328919804051.093690439020.03744853671950.796340043685-10.882991862929.264635883711.3584541695
45.226393738422.38475053566-1.697657165176.768129169381.99860898682.00198669390.2825660829390.3947361437930.00801764306118-0.8012056806650.3323653638290.3706199689830.792196063807-0.536254140812-0.3062971128950.5827298175620.08631934574040.04683201606840.501304237126-0.1371485030130.83844961109312.14861748636.9434431304829.80202829
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 196 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 197 through 400 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 401 through 516 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 19 through 32 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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