PDB-6cqp: High resolution crystal structure of FtsY-NG domain of E. coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cqp

タイトル

High resolution crystal structure of FtsY-NG domain of E. coli

要素

Signal recognition particle receptor FtsY

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / cotranslational delivery SRP

機能・相同性

機能・相同性情報

signal recognition particle binding / signal-recognition-particle GTPase / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / stringent response / protein targeting / cytoplasmic side of plasma membrane / GTPase activity / GTP binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.446 Å

データ登録者

Faoro, C. / Ataide, S.F.

引用

ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: Discovery of fragments that target key interactions in the signal recognition particle (SRP) as potential leads for a new class of antibiotics.
著者: Faoro, C. / Wilkinson-White, L. / Kwan, A.H. / Ataide, S.F.

履歴

登録	2018年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cqp.cif.gz	385.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cqp.ent.gz	318.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cqp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6cqp_validation.pdf.gz	431.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cqp_full_validation.pdf.gz	432.6 KB	表示
XML形式データ	6cqp_validation.xml.gz	29.8 KB	表示
CIF形式データ	6cqp_validation.cif.gz	47.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/6cqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/6cqp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6cs8C 6cvdC 6dlxC 1ftsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6n9b-d 6cs8-d 6n6n-d 6cvd-d 6n5i-d 6nc1-d 6n5j-d 5wwp-2 6dlx-d 2q7f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Signal recognition particle receptor FtsY

B: Signal recognition particle receptor FtsY

ヘテロ分子

66.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.697, 76.105, 108.871
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.64, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Signal recognition particle receptor FtsY / SRP receptor 分子量: 33101.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: ftsY, b3464, JW3429 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P10121
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 792 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.24 %
結晶化	温度: 297.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.2, 28% PEG3350, 165mM NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.953724980354 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953724980354 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4461→38.05 Å / Num. obs: 99964 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.02088 / Net I/σ(I): 20.69
反射シェル	解像度: 1.4461→1.498 Å / 冗長度: 2.73 % / R_merge(I) obs: 0.08924 / Num. unique all: 9458 / CC_1/2: 0.979

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FTS

1fts

解像度: 1.446→44.216 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1772	4812	4.81 %
R_work	0.132	-	-
obs	0.1342	99956	99.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.446→44.216 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4633	0	21	792	5446

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4760
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.611	6411
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.102	1809
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	750
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	831

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4461-1.4625	0.2155	145	0.1493	2659	X-RAY DIFFRACTION	84
1.4625-1.4797	0.2134	165	0.1397	3105	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4797-1.4978	0.2098	176	0.1344	3208	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4978-1.5167	0.1973	171	0.1237	3211	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5167-1.5367	0.1912	158	0.129	3118	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5367-1.5578	0.2033	150	0.122	3211	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5578-1.58	0.1858	145	0.1204	3248	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.6036	0.1811	148	0.1214	3104	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6036-1.6287	0.1734	133	0.1249	3223	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6287-1.6554	0.1702	154	0.125	3232	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6554-1.6839	0.2077	160	0.125	3150	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6839-1.7145	0.17	166	0.1283	3186	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7145-1.7475	0.1883	163	0.1294	3199	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7475-1.7832	0.1719	167	0.129	3156	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7832-1.8219	0.1772	170	0.1313	3222	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8219-1.8643	0.206	156	0.1384	3127	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8643-1.911	0.174	148	0.1368	3253	X-RAY DIFFRACTION	100
1.911-1.9626	0.1778	159	0.1319	3148	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9626-2.0204	0.1955	145	0.1353	3221	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0204-2.0856	0.1917	176	0.1328	3169	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0856-2.1601	0.2083	193	0.1287	3193	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1601-2.2466	0.18	199	0.1227	3145	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2466-2.3489	0.1567	183	0.1271	3160	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3489-2.4727	0.1683	152	0.1281	3235	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4727-2.6276	0.1556	142	0.1261	3210	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6276-2.8304	0.1755	141	0.1347	3211	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8304-3.1152	0.202	174	0.1375	3219	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1152-3.5658	0.1579	157	0.1292	3222	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5658-4.4918	0.1536	178	0.1207	3214	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4918-44.2368	0.1826	138	0.1608	3187	X-RAY DIFFRACTION	96

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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