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- PDB-6cn9: Crystal structure of the Kinase domain of WNK1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cn9
タイトルCrystal structure of the Kinase domain of WNK1
要素Serine/threonine-protein kinase WNK1
キーワードTRANSFERASE / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / lymphocyte migration into lymph node / chemokine (C-C motif) ligand 21 signaling pathway / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription / monoatomic cation homeostasis / negative regulation of pancreatic juice secretion / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / positive regulation of mitotic cytokinesis / negative regulation of sodium ion transport / monoatomic ion homeostasis ...negative regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / lymphocyte migration into lymph node / chemokine (C-C motif) ligand 21 signaling pathway / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription / monoatomic cation homeostasis / negative regulation of pancreatic juice secretion / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / positive regulation of mitotic cytokinesis / negative regulation of sodium ion transport / monoatomic ion homeostasis / regulation of mRNA export from nucleus / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / regulation of sodium ion transmembrane transport / intracellular chloride ion homeostasis / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of T cell chemotaxis / positive regulation of systemic arterial blood pressure / non-membrane-bounded organelle assembly / potassium ion homeostasis / cellular response to chemokine / potassium channel inhibitor activity / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / cellular hyperosmotic response / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / cell volume homeostasis / negative regulation of protein localization to plasma membrane / intracellular non-membrane-bounded organelle / protein kinase activator activity / sodium ion transmembrane transport / GABA-ergic synapse / phosphatase binding / monoatomic ion transport / regulation of sodium ion transport / negative regulation of protein ubiquitination / cellular response to calcium ion / negative regulation of autophagy / molecular condensate scaffold activity / modulation of chemical synaptic transmission / mitotic spindle / regulation of blood pressure / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / heart development / T cell receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / magnesium ion binding / signal transduction / protein-containing complex / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase OSR1/WNK, CCT domain / Oxidative-stress-responsive kinase 1 C-terminal domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Serine/threonine-protein kinase OSR1/WNK, CCT domain / Oxidative-stress-responsive kinase 1 C-terminal domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase WNK1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Akella, R. / Goldsmith, E.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK) 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the kinase domain of WNK1, a kinase that causes a hereditary form of hypertension.
著者: Min, X. / Lee, B.H. / Cobb, M.H. / Goldsmith, E.J.
履歴
登録2018年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2019年3月27日ID: 3FPQ
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase WNK1
B: Serine/threonine-protein kinase WNK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,67211
ポリマ－67,8392
非ポリマー8339
水9,386521
1
A: Serine/threonine-protein kinase WNK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1964
ポリマ－33,9201
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase WNK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4767
ポリマ－33,9201
非ポリマー5576
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.308, 57.767, 65.657
Angle α, β, γ (deg.)91.32, 89.99, 90.88
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase WNK1 / Protein kinase lysine-deficient 1 / Protein kinase with no lysine 1


分子量: 33919.543 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain (UNP residues 194-483) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Wnk1, Hsn2, Prkwnk1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9JIH7, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 521 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.26 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 24% PEG2000 MME, 300 mM sodium chloride, 100 mM HEPES, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97937 Å
検出器タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 50614 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/av σ(I): 27.9 / Net I/σ(I): 27.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Num. unique obs: 49555 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.533 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21125 2534 5.1 %RANDOM
Rwork0.16109 ---
obs0.16364 47020 95.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.044 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4369 0 53 521 4943
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0194503
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024337
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9651.9886036
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.099310072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3445543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.9623.571196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.37115811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2291532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2669
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024836
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02924
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4982.4212172
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4982.4182171
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4823.622712
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4823.6232713
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9522.9252331
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8592.9192327
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.7194.173318
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.54230.6765283
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.48530.3895236
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 182 -
Rwork0.187 3268 -
obs--90.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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