PDB-6cl5: Structure of P. aeruginosa R1 pyocin fiber PALES_06171 comprising...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cl5

タイトル

Structure of P. aeruginosa R1 pyocin fiber PALES_06171 comprising C-terminal residues 323-701

要素

Tail fiber protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / R-type pyocin / Pseudomonas aeruginosa / contractile injection system / receptor-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.324 Å

データ登録者

Buth, S.A. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G.

資金援助

スイス, 2件

引用

ジャーナル: Viruses / 年: 2018
タイトル: Structure and Analysis of R1 and R2 Pyocin Receptor-Binding Fibers.
著者: Buth, S.A. / Shneider, M.M. / Scholl, D. / Leiman, P.G.

履歴

登録	2018年3月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cl5.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cl5.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cl5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/6cl5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/6cl5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6cl6SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cl6-2 6cl6-1 4otb-d 4pib-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tail fiber protein

B: Tail fiber protein

C: Tail fiber protein

D: Tail fiber protein

E: Tail fiber protein

F: Tail fiber protein

ヘテロ分子

245 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tail fiber protein

B: Tail fiber protein

C: Tail fiber protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
122 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Tail fiber protein

E: Tail fiber protein

F: Tail fiber protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
122 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	144.504, 155.031, 200.481
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Tail fiber protein / Tail fiber protein 分子量: 40745.281 Da / 分子数: 6 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 323-701) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: LESB58 / 遺伝子: HR1, CRX60_29890 / プラスミド: pTSL (pET23 derivative) 詳細 (発現宿主): pET23 with cloned SlyD gene, N-terminal His-tag and a TEV recognition site 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9KW03
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2028 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.22 % / 解説: blocks
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 500 mM sodium malonate, 100 mM HEPES, pH 6.0 / PH範囲: 6.0-7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: vaporized nitrogen stream
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月30日 / 詳細: Dynamically bendable mirror and KB mirror pair
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.324→50 Å / Num. obs: 371962 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.45 % / B_iso Wilson estimate: 47 Å² / R_rim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 2.324→2.46 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Num. unique obs: 58288 / R_rim(I) all: 0.614 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_3042: ???)	精密化
XDS	December 31, 2011	データ削減
XDS	December 31, 2011	データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6CL6

6cl6

解像度: 2.324→47.69 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2056	18500	4.98 %
R_work	0.1688	-	-
obs	0.1706	371336	99.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.324→47.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16848	0	10	2028	18886

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	17328
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6	23766
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.63	9936
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	2604
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3108

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3235-2.3499	0.3236	523	0.3241	9853	X-RAY DIFFRACTION	83
2.3499-2.3776	0.3221	626	0.2967	11725	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3776-2.4066	0.3063	623	0.2821	11818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4066-2.437	0.314	619	0.2606	11843	X-RAY DIFFRACTION	100
2.437-2.4691	0.2825	620	0.2468	11807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4691-2.5029	0.2813	626	0.2384	11856	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5029-2.5387	0.292	618	0.2272	11846	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5387-2.5766	0.2513	627	0.2194	11893	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5766-2.6168	0.2722	622	0.2165	11792	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6168-2.6597	0.2574	617	0.2105	11843	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6597-2.7056	0.2622	615	0.2075	11784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7056-2.7548	0.2442	622	0.2002	11869	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7548-2.8078	0.2332	619	0.1907	11812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8078-2.8651	0.2337	623	0.1881	11883	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8651-2.9274	0.2518	617	0.1857	11833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9274-2.9954	0.2331	618	0.1775	11820	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9954-3.0703	0.2079	624	0.1765	11868	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0703-3.1533	0.2285	617	0.1725	11857	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1533-3.2461	0.1942	622	0.1598	11841	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2461-3.3509	0.1996	625	0.168	11819	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3509-3.4706	0.1979	621	0.1624	11802	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4706-3.6095	0.1972	619	0.1548	11857	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6095-3.7737	0.1856	620	0.1508	11863	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7737-3.9726	0.1828	612	0.1424	11814	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9726-4.2213	0.1571	628	0.1303	11894	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2213-4.547	0.1437	619	0.1166	11753	X-RAY DIFFRACTION	99
4.547-5.0042	0.1497	617	0.1099	11864	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0042-5.7272	0.145	630	0.1199	11888	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7272-7.2117	0.2046	614	0.1606	11791	X-RAY DIFFRACTION	99
7.2117-47.7	0.227	597	0.2104	11648	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5115	-0.1663	0.1103	1.1166	-0.2744	0.3149	-0.017	-0.0713	0.0724	0.1017	0.0139	-0.1861	-0.0713	0.0237	-0.0003	0.4411	-0.0127	-0.0135	0.3626	0.0237	0.615	82.9659	57.5877	0.9167
2	1.2682	0.823	0.3258	0.8353	-0.0444	0.2137	0.1003	-0.1288	-0.1474	0.1003	-0.1197	0.0763	-0.0098	-0.0519	-0.0003	0.446	-0.0205	-0.0099	0.3787	0.0199	0.5587	31.2483	47.3137	8.6246
3	0.4191	0.4351	0.2067	1.1109	1.018	1.1198	-0.0933	-0.2592	-0.1887	-0.2543	0.2518	-0.3296	-0.3372	0.0625	-0.3701	0.5208	-0.005	0.2165	1.6034	-0.2722	1.4736	-36.7871	48.7289	23.7593
4	0.4622	-0.1041	0.105	0.439	-0.0892	0.0209	0.1897	-0.083	-0.3298	-0.1072	-0.056	0.0117	-0.0689	0.6634	0.0781	0.4633	0.016	0.207	1.4511	-0.0899	1.0164	-59.7048	46.2228	27.1364
5	0.0668	-0.0757	-0.1903	0.6111	-0.324	1.0016	0.2008	-0.2265	0.178	-0.2805	0.3405	0.1682	0.0051	-0.0387	0.0398	0.4661	-0.0061	0.0965	0.8401	0.1275	0.6675	-87.5158	47.754	29.779
6	0.362	-0.5685	0.1898	0.9124	-0.1894	1.1521	0.1206	-0.1173	0.072	-0.24	0.5036	0.3211	0.2488	-0.3764	0.7926	0.5731	0.0389	0.1088	0.8521	0.231	0.6534	-93.4597	45.4219	31.4855
7	0.1077	0.1803	-0.0126	0.8036	0.1595	0.8827	0.0013	-0.3088	-0.1151	0.1202	0.4628	0.7115	0.0541	-0.2924	0.3302	0.5253	0.1083	0.1336	0.8958	0.2347	0.5681	-96.077	47.5418	35.5979
8	1.3483	-0.374	0.323	0.8373	0.0939	0.2846	-0.0225	0.1159	-0.1365	-0.1638	0.0024	-0.158	0.0383	0.0099	-0	0.4509	-0.0002	-0.0066	0.3765	0.0212	0.5708	80.0901	47.8192	-11.2794
9	0.1516	0.138	-0.1583	0.4639	-0.0206	0.125	0.086	0.3592	0.1891	-0.466	-0.1195	-0.3409	0.0945	0.0434	-0.0001	0.4625	0.0062	-0.0371	0.358	-0.0291	0.4495	39.8234	58.8603	-12.5171
10	0.8644	0.6717	-0.0714	0.1356	-0.1618	0.441	0.0552	0.1387	0.0274	-0.0595	-0.1312	0.4077	-0.157	-0.1803	-0.0819	0.3946	0.021	0.0025	0.3344	-0.1085	0.6691	19.269	52.891	2.5761
11	0.0023	0.0508	-0.0002	-0.0271	0.0178	0.0077	0.1982	-0.4964	0.5714	0.0317	0.2042	-0.306	-0.2556	-0.1403	0.4937	0.3684	-0.0005	0.2285	2.1443	-0.4296	1.3595	-48.4224	51.8378	29.5564
12	0.3821	-0.1234	-0.4622	0.3035	0.1875	0.7173	-0.0844	-0.241	0.1251	0.304	-0.1722	0.0908	0.143	-0.0737	-0.0317	0.8624	0.1299	-0.1025	2.2447	-0.2815	0.6339	-74.0542	45.2093	49.6955
13	0.0387	-0.1326	0.0775	0.5984	-0.116	0.0744	0.1893	-0.9622	0.1197	0.6479	0.3868	-0.2704	-0.1877	0.7314	0.2635	0.6496	0.093	0.127	1.6345	-0.2453	0.7763	-83.6605	50.0463	47.8142
14	0.9919	-0.606	-0.6527	0.5292	0.3161	0.6408	-0.1187	-1.0248	0.3306	0.4709	0.6096	0.015	-0.1694	0.4007	0.5271	0.6847	0.1183	0.2097	1.1915	0.0065	0.6403	-91.6627	46.9165	47.5482
15	0.7254	0.0053	-0.2962	0.5747	0.0829	0.2543	0.0872	0.0711	0.2022	-0.1146	-0.068	-0.1707	-0.0799	-0.0307	-0.0018	0.4635	0.0143	-0.0057	0.3779	0.0704	0.5409	74.0761	63.9213	-9.8712
16	0.5366	-0.135	0.2632	0.5168	0.1471	0.2097	0.1034	-0.1711	0.2245	0.0728	-0.1224	0.2311	-0.1453	-0.0249	0.0001	0.4397	-0.0198	0.0404	0.349	-0.0585	0.4745	26.4138	61.0569	9.9327
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18	1.0379	0.0552	-1.2303	0.0026	-0.0726	1.4546	0.2405	-0.4814	0.36	0.1558	0.2059	-0.2108	0.066	0.2089	0.7097	0.2448	0.0205	0.2062	2.2813	-0.1101	1.0755	-50.8007	44.7682	35.6907
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41	0.0187	0.1467	0.0423	1.0621	0.3662	0.1099	-0.3298	0.1739	0.3262	-0.2508	0.2145	0.6265	-0.6165	0.5034	-0.0296	0.8131	-0.2601	-0.2664	1.2313	0.6474	1.0891	-95.6443	123.1682	-41.926
42	0.0789	-0.2163	0.0756	0.9559	-0.3455	0.1385	-0.4376	0.718	-0.2329	-0.2931	0.0682	0.3035	-0.8376	0.5415	-0.2375	0.6374	-0.324	-0.2388	1.0493	0.2776	0.7865	-83.7768	120.3258	-39.3144

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 328:438)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 439:561)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 562:577)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 578:604)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 605:634)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 635:684)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 685:701)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 328:439)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 440:485)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 486:563)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 564:601)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 602:607)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 608:641)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 642:701)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 328:464)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain C and resid 465:561)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain C and resid 562:577)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain C and resid 578:597)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain C and resid 598:683)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain C and resid 684:688)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain C and resid 689:701)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain D and resid 328:400)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain D and resid 401:421)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain D and resid 422:529)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain D and resid 530:560)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain D and resid 561:604)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain D and resid 605:685)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain D and resid 686:701)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain E and resid 328:442)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain E and resid 443:474)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain E and resid 475:563)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain E and resid 564:601)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain E and resid 602:634)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain E and resid 635:687)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain E and resid 688:701)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain F and resid 328:440)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain F and resid 441:538)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain F and resid 539:596)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain F and resid 597:628)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain F and resid 629:674)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain F and resid 675:690)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain F and resid 691:701)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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