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- PDB-6ckx: Structure of CDK12/CycK in complex with a small molecule inhibito... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ckx
タイトルStructure of CDK12/CycK in complex with a small molecule inhibitor N-(4-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)phenyl)-N-((1r,4r)-4-(quinazolin-2-ylamino)cyclohexyl)acetamide
要素
  • Cyclin-K
  • Cyclin-dependent kinase 12
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / Kinase / Transferase / Inhibitor / Transferase-Cell Cycle-Inhibitor complex / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin K-CDK12 complex / cyclin K-CDK13 complex / nuclear cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of MAP kinase activity / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / host-mediated suppression of viral genome replication / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / negative regulation of stem cell differentiation / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity ...cyclin K-CDK12 complex / cyclin K-CDK13 complex / nuclear cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of MAP kinase activity / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / host-mediated suppression of viral genome replication / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / negative regulation of stem cell differentiation / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / [RNA-polymerase]-subunit kinase / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / cellular response to estrogen stimulus / regulation of signal transduction / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / negative regulation of MAPK cascade / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / cyclin binding / RNA splicing / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / mRNA processing / transcription by RNA polymerase II / protein kinase activity / nuclear speck / cell division / protein serine kinase activity / DNA damage response / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma ...Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8M1 / Cyclin-K / Cyclin-dependent kinase 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Klein, M.G.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Discovery of 3-Benzyl-1-( trans-4-((5-cyanopyridin-2-yl)amino)cyclohexyl)-1-arylurea Derivatives as Novel and Selective Cyclin-Dependent Kinase 12 (CDK12) Inhibitors.
著者: Ito, M. / Tanaka, T. / Toita, A. / Uchiyama, N. / Kokubo, H. / Morishita, N. / Klein, M.G. / Zou, H. / Murakami, M. / Kondo, M. / Sameshima, T. / Araki, S. / Endo, S. / Kawamoto, T. / Morin, ...著者: Ito, M. / Tanaka, T. / Toita, A. / Uchiyama, N. / Kokubo, H. / Morishita, N. / Klein, M.G. / Zou, H. / Murakami, M. / Kondo, M. / Sameshima, T. / Araki, S. / Endo, S. / Kawamoto, T. / Morin, G.B. / Aparicio, S.A. / Nakanishi, A. / Maezaki, H. / Imaeda, Y.
履歴
登録2018年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 12
B: Cyclin-K
C: Cyclin-dependent kinase 12
D: Cyclin-K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,3429
ポリマ－144,3884
非ポリマー9545
水68538
1
A: Cyclin-dependent kinase 12
B: Cyclin-K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6835
ポリマ－72,1942
非ポリマー4893
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area24740 Å2
手法PISA
2
C: Cyclin-dependent kinase 12
D: Cyclin-K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6594
ポリマ－72,1942
非ポリマー4652
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area24830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.596, 107.530, 138.324
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGGLUGLUAA722 - 102410 - 312
21ARGARGGLUGLUCC722 - 102410 - 312
12PROPROSERSERBB22 - 25923 - 260
22PROPROSERSERDD22 - 25923 - 260

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 12 / Cdc2-related kinase / arginine/serine-rich / CrkRS / Cell division cycle 2-related protein kinase 7 ...Cdc2-related kinase / arginine/serine-rich / CrkRS / Cell division cycle 2-related protein kinase 7 / CDC2-related protein kinase 7 / Cell division protein kinase 12 / hCDK12


分子量: 40764.992 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 713-1062 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK12, CRK7, CRKRS, KIAA0904 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス)
参照: UniProt: Q9NYV4, cyclin-dependent kinase, [RNA-polymerase]-subunit kinase
#2: タンパク質 Cyclin-K


分子量: 31429.172 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-267 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNK, CPR4 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: O75909
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-8M1 / N-[4-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)phenyl]-N-{trans-4-[(quinazolin-2-yl)amino]cyclohexyl}acetamide


分子量: 440.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H28N6O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES (PH 6.5), 18% PEG 3350, 0.2 M MGCL2, AND 1 MM SARCOSINE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 38257 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0025精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→45.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 32.146 / SU ML: 0.279 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.361 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 1813 5 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.21 34375 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 85.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.84 Å20 Å20 Å2
2--4.36 Å20 Å2
3----2.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8613 0 69 38 8720
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0198895
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.028408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3741.97412046
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.925319331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.03351056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.90323.768414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.073151549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5641555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21313
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0219893
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022070
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A180980.08
12C180980.08
21B149230.06
22D149230.06
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 137 -
Rwork0.318 2506 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.80220.052-2.97171.2944-0.88237.1510.055-0.1630.1744-0.00850.14860.0417-0.0609-0.801-0.20360.1062-0.0151-0.0340.2926-0.01140.21322.6083-18.229533.5559
23.67011.1141-1.83113.3435-0.85743.77380.3333-0.21570.4860.156-0.0863-0.2476-0.5597-0.2252-0.2470.11320.03130.04340.0537-0.02340.146541.8432-16.174666.9862
33.23670.0152-1.57161.55560.10286.68610.05730.33890.2946-0.11920.0173-0.1227-0.31970.7989-0.07460.1441-0.0494-0.04640.19370.03420.2191-22.9989-14.464135.6695
45.1136-2.7595-0.30165.55990.18833.23380.10410.3137-0.1587-0.1073-0.06960.3635-0.09790.3699-0.03440.0973-0.050.03510.0898-0.03130.0731-42.627-15.17772.0833
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A722 - 1024
2X-RAY DIFFRACTION1A1101 - 1102
3X-RAY DIFFRACTION2B22 - 259
4X-RAY DIFFRACTION3C722 - 1024
5X-RAY DIFFRACTION3C1101 - 1102
6X-RAY DIFFRACTION4D22 - 259

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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