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万見
- PDB-6cku: Solution structure of the zebrafish granulin AaE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cku
タイトルSolution structure of the zebrafish granulin AaE
要素Granulin-AaE
キーワードSIGNALING PROTEIN / granulin/epithelin module / beta-hairpin stack / progranulins
機能・相同性
機能・相同性情報


posterior lateral line neuromast development / skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / negative regulation of microglial cell activation / spinal cord motor neuron differentiation / retina layer formation / eye photoreceptor cell development / swimming behavior / axon extension / positive regulation of neurogenesis / positive regulation of oligodendrocyte differentiation ...posterior lateral line neuromast development / skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / negative regulation of microglial cell activation / spinal cord motor neuron differentiation / retina layer formation / eye photoreceptor cell development / swimming behavior / axon extension / positive regulation of neurogenesis / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / liver development / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Granulins signature. / Granulin family / Granulin / Granulin superfamily / Granulin / Granulin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Wang, P. / Ni, F.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN 141019-97 カナダ
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: Structure dissection of zebrafish progranulins identifies a well-folded granulin/epithelin module protein with pro-cell survival activities.
著者: Wang, P. / Chitramuthu, B. / Bateman, A. / Bennett, H.P.J. / Xu, P. / Ni, F.
履歴
登録2018年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Granulin-AaE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6981
ポリマ－5,6981
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4260 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)16 / 16target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Granulin-AaE


分子量: 5698.431 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 793-848 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: grna / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8QGN9
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H TOCSY
121isotropic12D 1H-1H COSY
131isotropic22D 1H-1H NOESY
142anisotropic22D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.5 mM zebrafish granulin AaE, 150 mM sodium chloride and 0.2mM EDTA pH 6.8 90%, H2O/10% D2OThe sample was dissolved in 450uL of 10% D2O and 90% NMR Buffer that contains 10mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride and 0.2mM EDTA pH 6.8unlabel_AaE90% H2O/10% D2O
solution20.5 mM [U-15N] zebrafish granulin AaE, 10mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride and 0.2mM EDTA pH 6.8, 90% H2O/10% D2OThe sample was dissolved in 450uL of 10% D2O and 90% NMR Buffer that contains 10mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride and 0.2mM EDTA pH 6.815N_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMzebrafish granulin AaEnatural abundance1
0.5 mMzebrafish granulin AaE[U-15N]2
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.8 / 圧: 760 mmHg / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1Brunger et al.精密化
ARIANilges et al.精密化
NMRViewJohnson et al.chemical shift assignment
NMRViewJohnson et al.peak picking
CNS1Brunger et al.structure calculation
ARIANilges et al.structure calculation
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 16 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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