PDB-6cjb: Crystal structure of Cystathionine beta-lyase from Legionella pne...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cjb

タイトル

Crystal structure of Cystathionine beta-lyase from Legionella pneumophila Philadelphia 1 covalently bound to Pyridoxal phosphate

要素

Cystathionine beta-lyase

キーワード

LYASE / SSGCID / pyridoxal phosphate / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

cystathionine beta-lyase / cystathionine gamma-synthase activity / cystathionine gamma-lyase activity / cysteine biosynthetic process via cystathionine / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Cystathionine beta-lyase from Legionella pneumophila Philadelphia 1 covalently bound to Pyridoxal phosphate
著者: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2018年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cjb.cif.gz	627.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cjb.ent.gz	514.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cjb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/6cjb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/6cjb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4iy7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6cja-d 5x2x-d 4iy7-d 4iyo-d 6k1m-d 6k1l-d 6nba-d 6le4-1 4ixz-d 6lgo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-LepnA.00906.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cystathionine beta-lyase

B: Cystathionine beta-lyase

C: Cystathionine beta-lyase

D: Cystathionine beta-lyase

ヘテロ分子

173 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.070, 97.060, 176.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cystathionine beta-lyase 分子量: 43286.363 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: metC, lpg0890 / プラスミド: LepnA.00906.a.B1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZX43, cystathionine beta-lyase
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen G7: 10% PEG 4000, 25% Glycerol, 20mM of each N-formate, trisodium citrate, sodium potassium l-tartrate sodium oxamate: 100M MOPS/HEPES-Na pH 7.5: LepnA. ...詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen G7: 10% PEG 4000, 25% Glycerol, 20mM of each N-formate, trisodium citrate, sodium potassium l-tartrate sodium oxamate: 100M MOPS/HEPES-Na pH 7.5: LepnA.00906.a.B1.PS38320 at 18.01mg/ml + 3mM PLP, 3mM Homocysteine, 3mM Pyruvate: cryo: direct: tray 295496 G7: puck MWL3-10

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.7 %

結晶化

温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen G7: 10% PEG 4000, 25% Glycerol, 20mM of each N-formate, trisodium citrate, sodium potassium l-tartrate sodium oxamate: 100M MOPS/HEPES-Na pH 7.5: LepnA. ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→46.8 Å / Num. obs: 166145 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.867 % / B_iso Wilson estimate: 20.53 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.038 / R_rim(I) all: 0.043 / Χ²: 1.037 / Net I/σ(I): 23.82

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.75-1.8	2.894	0.51	2.1	11963	0.74	0.63	98.3
1.8-1.84	2.993	0.39	2.73	11810	0.835	0.478	99.1
1.84-1.9	3.109	0.309	3.58	11524	0.896	0.375	99.7
1.9-1.96	3.239	0.249	4.6	11253	0.939	0.3	99.8
1.96-2.02	3.373	0.186	6.34	10867	0.962	0.222	99.8
2.02-2.09	3.528	0.147	8.36	10545	0.978	0.174	99.8
2.09-2.17	4.228	0.117	12.07	10225	0.988	0.134	99.9
2.17-2.26	4.72	0.095	15.78	9790	0.992	0.107	99.9
2.26-2.36	4.923	0.083	18.41	9434	0.995	0.093	100
2.36-2.47	5.196	0.072	21.22	9031	0.996	0.08	99.9
2.47-2.61	5.541	0.061	25.2	8592	0.998	0.068	100
2.61-2.77	6.142	0.051	31.63	8188	0.998	0.056	100
2.77-2.96	7.231	0.044	39.72	7656	0.999	0.048	100
2.96-3.2	7.364	0.037	46.95	7163	0.999	0.039	100
3.2-3.5	7.355	0.028	57.2	6614	1	0.03	100
3.5-3.91	7.328	0.023	66	6006	1	0.025	100
3.91-4.52	7.298	0.02	72.22	5319	1	0.022	100
4.52-5.53	7.264	0.02	72.67	4536	1	0.021	100
5.53-7.83	7.177	0.022	66.28	3569	1	0.023	100
7.83-46.8	6.65	0.016	80.39	2060	1	0.018	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	(dev_3026)	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
MoRDa		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4iy7 teramer as per Morda

4iy7

解像度: 1.75→46.8 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.23

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.169	1991	1.2 %
R_work	0.1466	-	-
obs	0.1469	166128	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.85 Å² / B_iso mean: 27.3108 Å² / B_iso min: 8.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→46.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11630	0	18	1328	12976
B_iso mean	-	-	35.78	36.99	-
残基数	-	-	-	-	1524

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.75-1.7938	0.2962	157	0.2457	11386	11543	98
1.7938-1.8423	0.2602	148	0.212	11516	11664	99
1.8423-1.8965	0.2049	118	0.186	11635	11753	100
1.8965-1.9577	0.2152	110	0.1713	11672	11782	100
1.9577-2.0277	0.185	139	0.163	11636	11775	100
2.0277-2.1089	0.1681	122	0.1579	11682	11804	100
2.1089-2.2048	0.2029	151	0.1518	11664	11815	100
2.2048-2.3211	0.1325	131	0.1422	11714	11845	100
2.3211-2.4665	0.1838	159	0.1463	11701	11860	100
2.4665-2.6569	0.1916	135	0.1471	11753	11888	100
2.6569-2.9242	0.1893	153	0.1434	11776	11929	100
2.9242-3.3473	0.1556	170	0.1389	11812	11982	100
3.3473-4.2168	0.1395	143	0.1267	11934	12077	100
4.2168-46.8168	0.1415	155	0.1328	12256	12411	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7395	-0.5134	-0.1105	0.9949	0.2522	0.4707	0.0168	0.1757	0.0452	-0.1011	-0.0202	-0.037	-0.1049	-0.0233	-0.0012	0.1414	-0.0213	-0.0137	0.1819	0.0275	0.1144	6.625	-13.8101	-37.7918
2	1.0553	0.2781	-0.1869	1.5108	0.2819	1.5275	-0.0433	0.0653	-0.2331	0.179	-0.0096	0.0589	0.4553	-0.0669	0.0397	0.2442	-0.0407	0.0064	0.1204	-0.0144	0.1309	-0.2219	-41.3313	-27.7042
3	3.411	1.1408	2.8903	1.2004	1.3667	3.4603	0.0807	0.0005	-0.2669	-0.0158	0.1143	-0.1278	0.1868	-0.0915	-0.1978	0.292	-0.0343	0.0131	0.1793	-0.051	0.1788	9.1066	-46.8252	-34.9106
4	0.446	-0.0518	-0.3212	0.7898	0.2807	0.6497	-0.0195	0.2028	-0.0884	-0.0222	0.0126	0.0276	0.1655	-0.0995	-0.0065	0.1322	-0.0273	-0.0166	0.1479	-0.0225	0.0926	6.0833	-32.164	-33.4671
5	1.3625	-0.3414	0.1336	1.5086	0.1619	1.0269	-0.0639	0.1152	-0.28	0.1453	0.1044	-0.2064	0.3384	0.2028	-0.0195	0.1951	0.0484	-0.0029	0.1607	-0.052	0.1817	24.5705	-38.7956	-30.6473
6	1.5691	-0.6341	-0.0051	2.2677	0.2223	2.2582	-0.1118	-0.1174	-0.308	0.5366	0.1177	-0.017	0.6671	0.0746	0.0183	0.4062	0.0861	-0.0315	0.1775	-0.008	0.2403	24.6269	-41.4406	-16.3516
7	0.9223	-0.077	-0.0926	0.3588	0.0852	0.6854	-0.0265	-0.0595	-0.0103	0.1621	0.029	-0.0525	0.0956	0.0539	0.0008	0.1706	0.0005	-0.0248	0.1039	0.0132	0.0895	7.5027	-19.2384	-8.1481
8	1.7519	0.0549	-0.1914	1.8433	0.158	1.7231	-0.0093	0.0897	-0.0145	0.1866	-0.1171	0.3457	0.1102	-0.4603	0.1107	0.1381	-0.0661	0.0294	0.2702	-0.0423	0.1799	-20.6049	-24.4863	-17.4373
9	0.8196	-0.049	-0.039	0.4191	0.2676	0.5985	-0.0132	-0.0319	-0.0217	0.1634	-0.0171	0.1205	0.128	-0.1691	0.0226	0.1464	-0.0273	0.0217	0.1276	0.0139	0.0959	-9.8955	-17.1305	-10.356
10	2.0279	0.1296	-0.0924	1.1776	0.0587	1.0355	-0.036	0.2478	0.3315	-0.0567	0.0059	0.322	-0.1868	-0.2965	0.0511	0.1388	0.038	-0.0201	0.1832	0.0422	0.2033	-14.0653	0.6364	-21.5974
11	0.9423	-0.0608	-0.2435	0.4258	0.1046	0.9472	-0.0311	-0.0558	0.0678	0.1455	0.0987	-0.2	0.0132	0.2782	-0.057	0.1427	-0.0038	-0.0744	0.2148	-0.0204	0.1953	30.9812	-11.4726	-14.6108
12	2.9304	0.6328	1.1951	1.8131	-0.3332	0.7426	0.1717	0.4817	0.2973	-0.4168	0.2068	-0.6615	-0.3509	0.7733	0.1421	0.2063	-0.2522	0.1356	0.5571	-0.0692	0.5969	47.2489	5.8349	-32.8825
13	0.5572	-0.1307	-0.107	0.9326	0.1892	0.8554	-0.0222	0.0642	0.1084	-0.0176	0.1428	-0.3624	-0.0023	0.4661	-0.0389	0.0883	-0.046	-0.0092	0.3643	-0.0453	0.2779	40.0155	-11.6972	-33.746
14	2.1342	-0.053	-0.6774	2.4437	-0.8112	2.0419	0.0962	0.2549	0.399	-0.1881	0.0171	-0.1779	-0.3439	0.2706	-0.0777	0.2232	-0.0791	0.068	0.3172	0.0344	0.2237	30.7379	-7.9718	-50.9006
15	0.7908	-0.4599	-0.3861	1.1389	0.8695	1.2316	0.0775	0.1732	0.1884	-0.1834	-0.0009	-0.0993	-0.2259	0.041	-0.0892	0.1943	-0.0293	-0.0103	0.166	0.0667	0.1664	12.1408	3.1947	-32.6679
16	1.1959	0.2169	0.273	0.6716	0.1191	1.041	-0.0142	-0.0754	0.4457	0.0731	0.1368	-0.3536	-0.4285	0.3298	-0.0571	0.3398	-0.1502	-0.041	0.2492	-0.0647	0.453	30.8163	18.6703	-14.9092
17	1.2721	0.8129	-0.8118	3.0902	-2.39	1.9109	0.0553	-0.1799	0.4961	-0.0189	0.1113	-0.041	-0.7005	0.2228	0.039	0.5145	-0.1048	-0.0083	0.1017	-0.0447	0.3944	20.5925	25.0107	-8.8094
18	1.0898	0.1332	0.1415	1.194	0.158	0.6899	-0.0259	0.0657	0.4648	-0.1056	0.0309	-0.083	-0.4386	0.1706	-0.0865	0.3148	-0.0808	-0.0208	0.1276	0.0186	0.3275	17.6164	19.3949	-16.1385
19	0.9939	0.0093	-0.2065	0.6841	0.1972	1.11	-0.0033	0.0421	0.263	0.0358	0.0431	-0.0993	-0.2235	0.0648	-0.0397	0.1755	-0.0336	-0.0295	0.0753	0.0101	0.1842	14.6282	7.8867	-14.9485
20	1.0695	0.1006	-0.172	1.5078	-0.3928	1.9649	0.062	-0.2768	0.3802	0.2699	-0.019	-0.0072	-0.4087	-0.0296	-0.0347	0.409	-0.0387	-0.0239	0.203	-0.1028	0.3364	12.3131	19.6339	3.2464
21	1.4508	0.2873	0.5263	1.3084	0.7981	2.6659	-0.0129	-0.2338	0.0939	0.3434	0.0594	-0.1882	0.019	0.2668	-0.0244	0.2629	-0.0182	-0.0802	0.229	-0.0649	0.1905	18.6083	2.9618	6.9307
22	2.7848	0.803	0.611	1.7764	0.5142	1.8258	0.003	-0.1525	0.1251	0.2703	0.0291	-0.3109	-0.2094	0.2835	-0.0521	0.2869	-0.0396	-0.0733	0.2067	-0.0696	0.2283	19.5034	6.6353	5.1171

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 65 )	A	3 - 65
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 66 through 145 )	A	66 - 145
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 146 through 166 )	A	146 - 166
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 167 through 236 )	A	167 - 236
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 237 through 300 )	A	237 - 300
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 301 through 383 )	A	301 - 383
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 3 through 87 )	B	3 - 87
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 88 through 145 )	B	88 - 145
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 146 through 236 )	B	146 - 236
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 237 through 383 )	B	237 - 383
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 3 through 87 )	C	3 - 87
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 88 through 145 )	C	88 - 145
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 146 through 300 )	C	146 - 300
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 301 through 383 )	C	301 - 383
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 3 through 65 )	D	3 - 65
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 66 through 145 )	D	66 - 145
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 146 through 166 )	D	146 - 166
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 167 through 196 )	D	167 - 196
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 197 through 270 )	D	197 - 270
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 271 through 300 )	D	271 - 300
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 301 through 334 )	D	301 - 334
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 335 through 383 )	D	335 - 383

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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