+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cib | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The structure of YcaO from Methanopyrus kandleri bound with AMPPCP and Mg2+ | ||||||
![]() | YcaO | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / thioamidation / YcaO / ADP / Mg | ||||||
機能・相同性 | Putative methanogenesis marker protein 1 / YcaO-like domain / YcaO cyclodehydratase, ATP-ad Mg2+-binding / YcaO domain profile. / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / OXAMIC ACID / Uncharacterized conserved protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dong, S.-H. / Nair, S.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Enzymatic reconstitution of ribosomal peptide backbone thioamidation. 著者: Mahanta, N. / Liu, A. / Dong, S. / Nair, S.K. / Mitchell, D.A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 468.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 396.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
5 | ![]()
| ||||||||
6 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43055.613 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: AV19 / DSM 6324 / JCM 9639 / NBRC 100938 / 遺伝子: MK0115 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ADP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-OXM / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.25 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 282.1 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M sodium citrate (tribasic), 0.02 M sodium potassium tartrate, 0.02 M sodium oxamate, 0.05 M HEPES pH=7.5, 0.05 M MOPS pH=7.5, 20% glycerol, and 10% PEG 4000 Temp details: 9 C |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen flow |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.07822 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.04→80.7 Å / Num. obs: 200362 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.103 Å |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.05→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 4.417 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.236 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.05→25 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|