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- PDB-6cib: The structure of YcaO from Methanopyrus kandleri bound with AMPPC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cib
タイトルThe structure of YcaO from Methanopyrus kandleri bound with AMPPCP and Mg2+
要素YcaO
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / thioamidation / YcaO / ADP / Mg
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Double Stranded RNA Binding Domain - #660 / Putative methanogenesis marker protein 1 / YcaO-like domain / YcaO cyclodehydratase, ATP-ad Mg2+-binding / YcaO domain profile. / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / OXAMIC ACID / Uncharacterized conserved protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanopyrus kandleri (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Dong, S.-H. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Enzymatic reconstitution of ribosomal peptide backbone thioamidation.
著者: Mahanta, N. / Liu, A. / Dong, S. / Nair, S.K. / Mitchell, D.A.
履歴
登録2018年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YcaO
B: YcaO
C: YcaO
D: YcaO
E: YcaO
F: YcaO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,57724
ポリマ－258,3346
非ポリマー3,24318
水27,7071538
1
A: YcaO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5964
ポリマ－43,0561
非ポリマー5413
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: YcaO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5964
ポリマ－43,0561
非ポリマー5413
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: YcaO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5964
ポリマ－43,0561
非ポリマー5413
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: YcaO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5964
ポリマ－43,0561
非ポリマー5413
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: YcaO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5964
ポリマ－43,0561
非ポリマー5413
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: YcaO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5964
ポリマ－43,0561
非ポリマー5413
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.232, 105.627, 139.298
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
YcaO


分子量: 43055.613 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanopyrus kandleri (strain AV19 / DSM 6324 / JCM 9639 / NBRC 100938) (古細菌)
株: AV19 / DSM 6324 / JCM 9639 / NBRC 100938 / 遺伝子: MK0115 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TZ25
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-OXM / OXAMIC ACID / オキサミド酸


分子量: 89.050 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.25 %
結晶化温度: 282.1 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M sodium citrate (tribasic), 0.02 M sodium potassium tartrate, 0.02 M sodium oxamate, 0.05 M HEPES pH=7.5, 0.05 M MOPS pH=7.5, 20% glycerol, and 10% PEG 4000
Temp details: 9 C

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen flow
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07822 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07822 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→80.7 Å / Num. obs: 200362 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.05→2.103 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化解像度: 2.05→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 4.417 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23361 9774 5 %RANDOM
Rwork0.19459 ---
obs0.19652 187537 90.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.236 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.28 Å20 Å20.52 Å2
2--0.95 Å20 Å2
3---0.96 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.05→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17352 0 204 1538 19094
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01917907
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3521.99424312
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5852157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.47322.509881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.111152964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.61615240
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.22675
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02113722
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.73.7728670
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.835.63710813
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3834.1349237
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.19652.23527348
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 660 -
Rwork0.293 12693 -
obs--83.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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