PDB-6cib: The structure of YcaO from Methanopyrus kandleri bound with AMPPC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cib

タイトル

The structure of YcaO from Methanopyrus kandleri bound with AMPPCP and Mg2+

要素

YcaO

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / thioamidation / YcaO / ADP / Mg

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanopyrus kandleri (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Dong, S.-H. / Nair, S.K.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Enzymatic reconstitution of ribosomal peptide backbone thioamidation.
著者: Mahanta, N. / Liu, A. / Dong, S. / Nair, S.K. / Mitchell, D.A.

履歴

登録	2018年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cib.cif.gz	473.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cib.ent.gz	387.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cib.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6cib_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cib_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	6cib_validation.xml.gz	108.2 KB	表示
CIF形式データ	6cib_validation.cif.gz	144.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/6cib ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/6cib	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ci7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4k37-2 6ci7-1 6ci7-4 6ci7-5 6ci7-2 6ci7-3 6ci7-6 6peu-2 4k38-1 6w8h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: YcaO

B: YcaO

C: YcaO

D: YcaO

E: YcaO

F: YcaO

ヘテロ分子

262 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: YcaO

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Gel filtration shows YcaO as monomer in solution.
43.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: YcaO

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: YcaO

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: YcaO

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.6 kDa, 1 ポリマー
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5

E: YcaO

ヘテロ分子

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43.6 kDa, 1 ポリマー
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6

F: YcaO

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	123.232, 105.627, 139.298
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.64, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	YcaO 分子量: 43055.613 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanopyrus kandleri (strain AV19 / DSM 6324 / JCM 9639 / NBRC 100938) (古細菌) 株: AV19 / DSM 6324 / JCM 9639 / NBRC 100938 / 遺伝子: MK0115 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TZ25
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-OXM / OXAMIC ACID 分子量: 89.050 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃NO₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.25 %
結晶化	温度: 282.1 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M sodium citrate (tribasic), 0.02 M sodium potassium tartrate, 0.02 M sodium oxamate, 0.05 M HEPES pH=7.5, 0.05 M MOPS pH=7.5, 20% glycerol, and 10% PEG 4000 Temp details: 9 C

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen flow
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07822 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07822 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→80.7 Å / Num. obs: 200362 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 2.05→2.103 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

解像度: 2.05→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 4.417 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23361	9774	5 %	RANDOM
R_work	0.19459	-	-	-
obs	0.19652	187537	90.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.236 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.28 Å²	0 Å²	0.52 Å²
2-	-	0.95 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.05→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17352	0	204	1538	19094

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	17907
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.352	1.994	24312
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.58	5	2157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.473	22.509	881
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.111	15	2964
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.616	15	240
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	2675
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	13722
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.7	3.772	8670
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.83	5.637	10813
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.383	4.134	9237
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.196	52.235	27348
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.312	660	-
R_work	0.293	12693	-
obs	-	-	83.97 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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