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万見
- PDB-6ch3: Crystal structure of the cytoplasmic domain of FlhA and FliS-FliC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ch3
タイトルCrystal structure of the cytoplasmic domain of FlhA and FliS-FliC complex
要素
  • Flagellar biosynthesis protein FlhA
  • Flagellar secretion chaperone FliS,Flagellin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / flagellar
機能・相同性
機能・相同性情報


TLR5 cascade / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / NFkB and MAPK activation mediated by TRAF6 / The IPAF inflammasome / bacterial-type flagellum / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / protein secretion / structural molecule activity / extracellular region ...TLR5 cascade / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / NFkB and MAPK activation mediated by TRAF6 / The IPAF inflammasome / bacterial-type flagellum / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / protein secretion / structural molecule activity / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Flagellar protein FliS / Flagellar protein FliS superfamily / Flagellar protein FliS / Flagellar biosynthesis protein FlhA / FHIPEP family, domain 1 / : / Flagellin, barrel domain / Flagellin D3 / Flagellin D3 domain / FHIPEP, domain 1 ...Flagellar protein FliS / Flagellar protein FliS superfamily / Flagellar protein FliS / Flagellar biosynthesis protein FlhA / FHIPEP family, domain 1 / : / Flagellin, barrel domain / Flagellin D3 / Flagellin D3 domain / FHIPEP, domain 1 / FHIPEP conserved site / Bacterial export FHIPEP family signature. / Type III secretion system FHIPEP / FHIPEP, domain 3 / FHIPEP, domain 4 / FHIPEP family / Flagellin, C-terminal domain, subdomain 2 / Flagellin, C-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region / Glutaredoxin / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellin / Flagellar secretion chaperone FliS / Flagellar biosynthesis protein FlhA
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Xing, Q. / Shi, K. / Kalodimos, C.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structures of chaperone-substrate complexes docked onto the export gate in a type III secretion system.
著者: Xing, Q. / Shi, K. / Portaliou, A. / Rossi, P. / Economou, A. / Kalodimos, C.G.
履歴
登録2018年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar biosynthesis protein FlhA
B: Flagellar secretion chaperone FliS,Flagellin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4222
ポリマ－57,4222
非ポリマー00
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area23880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.298, 88.623, 117.327
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Flagellar biosynthesis protein FlhA


分子量: 36497.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: flhA, STM1913 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40729
#2: タンパク質 Flagellar secretion chaperone FliS,Flagellin / Phase 1-A flagellin / Phase 1-I flagellin


分子量: 20925.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌), (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720
遺伝子: fliS, STM1961, fliS, t0916, fliC, flaF, hag, STM1959
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26609, UniProt: P06179
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: tascimate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→35 Å / Num. obs: 21804 / % possible obs: 98.69 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.106 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.68→2.78 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 7894 / CC1/2: 0.512 / Rpim(I) all: 0.636 / Rrim(I) all: 1.3 / % possible all: 91.74

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3126: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.68→34.982 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2576 1119 5.13 %
Rwork0.2332 --
obs0.2345 21804 98.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→34.982 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3759 0 0 6 3765
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023811
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4585163
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1322348
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037609
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004676
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.68-2.8020.3791390.37792371X-RAY DIFFRACTION93
2.802-2.94960.42221190.33972566X-RAY DIFFRACTION98
2.9496-3.13430.35011460.30312548X-RAY DIFFRACTION100
3.1343-3.37610.3311400.27952596X-RAY DIFFRACTION100
3.3761-3.71550.2551250.24782610X-RAY DIFFRACTION100
3.7155-4.25240.23621280.2092632X-RAY DIFFRACTION100
4.2524-5.35450.21961420.18852651X-RAY DIFFRACTION100
5.3545-34.9850.21231800.1992711X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3090.9317-1.78331.9307-0.92724.2152-0.0193-0.01290.10220.05690.0184-0.0078-0.0654-0.48620.01240.43060.0726-0.05460.4283-0.05980.437-14.007943.3184.96
22.52650.38840.2183.85391.94655.68740.08480.05370.175-0.21340.0624-0.4123-0.70960.5247-0.00580.7681-0.04510.10120.68520.01470.4781-14.216147.159534.4173
32.427-0.8338-2.15758.41151.60342.0784-0.174-0.2143-0.00570.2947-0.06390.04720.05810.20840.22350.45650.065-0.10750.5218-0.03410.5188-4.926737.61858.1159
42.735-0.334-0.30783.50270.64611.499-0.0450.03810.30870.10430.154-0.2123-0.06660.08320.05510.33960.0137-0.00980.5777-0.03960.43639.976232.07470.4629
55.86760.80090.63233.76950.56741.71460.07390.3057-0.0083-0.11260.052-0.0044-0.0302-0.0802-0.03930.36140.03810.04920.6454-0.05420.339613.487523.9131-5.5459
62.40431.15491.81374.9733-0.57842.1250.625-0.3615-0.2996-0.2851-0.66180.4876-0.4652-0.94370.07680.53890.0432-0.04720.8885-0.18550.41825.532419.0143-13.0223
76.14061.7531.03799.29162.74484.29070.0159-0.089-0.20320.69940.26630.18730.4525-0.2318-0.34720.35940.0195-0.05060.70250.04470.38290.081121.98973.5288
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 360 through 519 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 520 through 690 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 6 through 23 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 24 through 74 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 75 through 123 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 124 through 176 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 177 through 198 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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