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- PDB-6ch0: Structure of the Quorum Quenching lactonase from Alicyclobacillus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ch0
タイトルStructure of the Quorum Quenching lactonase from Alicyclobacillus acidoterrestris bound to a glycerol molecule
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / lactonase / acyl homoserine lactone hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


quorum-quenching N-acyl-homoserine lactonase
類似検索 - 分子機能
Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / quorum-quenching N-acyl-homoserine lactonase
類似検索 - 構成要素
生物種Alicyclobacillus acidoterrestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Bergonzi, C. / Schwab, M. / Naik, T. / Daude, D. / Chabriere, E. / Elias, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
MnDrive 米国
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of AaL, a Quorum Quenching Lactonase with Unusual Kinetic Properties.
著者: Bergonzi, C. / Schwab, M. / Naik, T. / Daude, D. / Chabriere, E. / Elias, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: The quorum-quenching lactonase from Alicyclobacter acidoterrestris: purification, kinetic characterization, crystallization and crystallographic analysis.
著者: Bergonzi, C. / Schwab, M. / Chabriere, E. / Elias, M.
履歴
登録2018年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Beta-lactamase
F: Beta-lactamase
I: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,96019
ポリマ－96,2353
非ポリマー1,72516
水2,288127
1
I: Beta-lactamase
ヘテロ分子

C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,28313
ポリマ－64,1572
非ポリマー1,12711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556-x+1/2,y+1/2,-z+11
Buried area4220 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area23790 Å2
手法PISA
2
F: Beta-lactamase
ヘテロ分子

F: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,35412
ポリマ－64,1572
非ポリマー1,19710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area3620 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area23370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.840, 113.500, 79.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.91, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-414-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 CFI

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 32078.346 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidoterrestris (strain ATCC 49025 / DSM 3922 / CIP 106132 / NCIMB 13137 / GD3B) (バクテリア)
株: ATCC 49025 / DSM 3922 / CIP 106132 / NCIMB 13137 / GD3B
遺伝子: N007_09425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T0BMH6

-
非ポリマー , 5種, 143分子

#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Purified and concentrated AaL samples (10 mg ml) were subjected to crystallization trialsCrystals appeared after 1 d at 292 K in a condition consisting of 0.45M ammonium chloride, 16% ...詳細: Purified and concentrated AaL samples (10 mg ml) were subjected to crystallization trialsCrystals appeared after 1 d at 292 K in a condition consisting of 0.45M ammonium chloride, 16% polyethylene glycol 3350. Seeding was performed as described previously (PMID: 28777091)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03312 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03312 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→74.83 Å / Num. obs: 50025 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.35 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 11.71
反射 シェル解像度: 2.15→2.25 Å / 冗長度: 4.52 % / Num. unique obs: 6321 / Rsym value: 0.69 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.15→74.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 6.68 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22926 2502 5 %RANDOM
Rwork0.18525 ---
obs0.18748 47523 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.483 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.15→74.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6621 0 97 127 6845
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0197035
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026521
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0481.9379517
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.595315056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3715852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.98724.355349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.868151166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1991538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2978
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217992
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021672
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4484.1753372
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4484.1733371
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.9046.2534236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.9036.2544237
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.8044.8063663
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.8044.8063663
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.3046.9535282
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.8333.6427885
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.8333.6467886
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 184 -
Rwork0.344 3488 -
obs--98.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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