PDB-6cgu: mouse cadherin-6 EC1-2 adhesive fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cgu

タイトル

mouse cadherin-6 EC1-2 adhesive fragment

要素

Cadherin-6

キーワード

CELL ADHESION / Cadherin EC domain Dimer Extracellular

機能・相同性

機能・相同性情報

Adherens junctions interactions / synaptic membrane adhesion / cell-cell adhesion mediated by cadherin / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / catenin complex / cell-cell junction assembly / adherens junction organization / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / Notch signaling pathway / adherens junction ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Brasch, J. / Harrison, O.J. / Shapiro, L.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Homophilic and Heterophilic Interactions of Type II Cadherins Identify Specificity Groups Underlying Cell-Adhesive Behavior.
著者: Brasch, J. / Katsamba, P.S. / Harrison, O.J. / Ahlsen, G. / Troyanovsky, R.B. / Indra, I. / Kaczynska, A. / Kaeser, B. / Troyanovsky, S. / Honig, B. / Shapiro, L.

履歴

登録	2018年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cgu.cif.gz	509.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cgu.ent.gz	425.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cgu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6cgu_validation.pdf.gz	445.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cgu_full_validation.pdf.gz	450.4 KB	表示
XML形式データ	6cgu_validation.xml.gz	43.6 KB	表示
CIF形式データ	6cgu_validation.cif.gz	66.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/6cgu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/6cgu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6cg6C 6cg7C 6cgbC 6cgsC 3lndS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6cg6-1 6cg7-d 2a4e-1 3v7e-1 2mqv-d 2h7v-1 4gh7-2 6kvg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Cadherin-6

B: Cadherin-6

C: Cadherin-6

D: Cadherin-6

ヘテロ分子

93.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cadherin-6

D: Cadherin-6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
46.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cadherin-6

C: Cadherin-6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.348, 141.647, 142.195
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Cadherin-6 / Kidney cadherin / K-cadherin 分子量: 23140.623 Da / 分子数: 4 / 断片: EC1-2 (UNP residues 54-260) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdh6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P97326
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.45 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 18.5% (w/v) PEG 3350 0.2M sodium acetate 30% ethylene glycol (cryoprotectant)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月17日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 90099 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 23.8
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / R_merge(I) obs: 0.553 / Num. unique obs: 8705

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3LND

3lnd

解像度: 1.9→19.93 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.63

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.201	4519	5.02 %
R_work	0.161	-	-
obs	0.163	90099	99.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6508	0	14	1186	7708

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6755
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.652	9196
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.676	4070
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1028
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1218

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9017-1.9233	0.2804	158	0.2506	2520	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9233-1.9459	0.2598	161	0.2258	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9459-1.9696	0.2677	144	0.2106	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9696-1.9945	0.2295	136	0.205	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9945-2.0207	0.2475	157	0.2034	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0207-2.0484	0.2421	151	0.1985	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0484-2.0776	0.2419	145	0.1891	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0776-2.1086	0.2232	157	0.1912	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1086-2.1415	0.2253	168	0.1861	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1415-2.1766	0.2704	143	0.184	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1766-2.214	0.2119	157	0.1791	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
2.214-2.2542	0.2505	142	0.1826	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2542-2.2975	0.2298	145	0.1778	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2975-2.3444	0.1853	154	0.1719	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3444-2.3953	0.2124	165	0.1672	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3953-2.4509	0.1998	147	0.1713	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4509-2.5121	0.2307	137	0.1702	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5121-2.5798	0.201	159	0.1667	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5798-2.6556	0.2066	149	0.1602	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6556-2.7411	0.2095	139	0.1748	2866	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7411-2.8388	0.2323	152	0.1643	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8388-2.9521	0.2238	165	0.1677	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9521-3.086	0.231	138	0.1692	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
3.086-3.2481	0.2219	144	0.167	2889	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2481-3.4506	0.2188	147	0.1625	2883	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4506-3.7154	0.1747	166	0.1503	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7154-4.0864	0.1869	133	0.1389	2919	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0864-4.6711	0.1655	154	0.1237	2917	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6711-5.8601	0.1432	143	0.1314	2937	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8601-19.927	0.1641	163	0.1561	3034	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1496	-0.8468	0.7784	2.6669	-0.2032	1.4112	0.1134	-0.0533	-0.0149	-0.4965	-0.1425	0.1802	-0.0564	-0.1963	0.0448	0.3076	0.056	-0.0358	0.4004	0.0899	0.3308	-47.0641	14.3754	13.9853
2	2.6965	-0.5446	0.4233	2.818	0.1481	1.9909	0.2205	0.2504	-0.0356	-0.2007	-0.1448	-0.2484	0.2033	0.2627	-0.0376	0.2294	0.0476	-0.0105	0.2057	0.0095	0.2143	7.0355	-9.6758	8.1998
3	2.1748	0.0152	-1.9001	1.4083	0.6405	3.1297	0.1973	-0.1293	0.1727	0.1727	-0.0354	0.0559	-0.2128	-0.0321	-0.1149	0.322	0.043	0.0389	0.276	0.0156	0.2475	-30.777	23.7376	52.1547
4	1.2359	-0.2559	0.1846	1.6062	-0.7703	0.9538	0.8833	1.3234	-0.7926	-0.6379	-0.6942	-0.1108	0.8835	0.6	0.0609	0.5815	0.3782	-0.1352	0.637	-0.1714	0.4883	1.2384	-23.4013	46.582
5	0.3997	0.8171	-0.922	2.5659	-1.4981	2.041	0.028	-0.068	-0.0226	0.047	-0.0024	0.0576	0.2654	-0.0676	-0.0124	0.3154	-0.0366	-0.016	0.34	0.1027	0.3288	-38.9909	-15.1465	48.2399
6	1.7252	-0.0106	-0.0412	0.9087	0.0048	1.4134	0.004	-0.0209	0.0259	-0.0671	0.0624	0.1424	-0.1546	-0.1699	-0.0709	0.2635	0.0519	0.0311	0.2408	0.0481	0.2647	-26.9444	21.3504	12.1275
7	1.5048	0.3698	-0.7606	1.1143	-0.413	2.6304	0.0481	-0.0509	-0.0368	-0.0099	-0.0478	-0.0936	-0.2195	0.2649	0.0078	0.2867	0.0128	0.0689	0.2065	0.0157	0.283	-8.8937	27.811	11.7131
8	1.5509	-0.3885	-0.1987	1.9432	0.5336	1.4649	0.1327	-0.1296	0.1715	0.1499	-0.0941	0.1315	-0.0052	-0.1841	-0.0327	0.2478	0.0141	0.0339	0.3766	0.0677	0.2903	-35.5719	3.6649	50.7498

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND RESID 100:207
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B AND RESID 100:207
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C AND RESID 100:207
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D AND RESID 100:207
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND RESID 1:99
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND RESID 1:99
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN C AND RESID 1:99
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN D AND RESID 1:99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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