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- PDB-6cgi: Structure of Salmonella Effector SseK3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cgi
タイトルStructure of Salmonella Effector SseK3
要素Type III secretion system effector protein
キーワードTRANSFERASE / CELL INVASION / SseK3 / UDP-GlcNAc / glycosyltransferase / arginine-modification / bacterial effectors
機能・相同性SseK/NleB family / transferase activity / nucleotide binding / metal ion binding / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Type III secretion system effector arginine glycosyltransferase
機能・相同性情報
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chung, I.Y.W. / Cygler, M.
引用ジャーナル: Mol.Cell Proteomics / 年: 2019
タイトル: Salmonella Effectors SseK1 and SseK3 Target Death Domain Proteins in the TNF and TRAIL Signaling Pathways.
著者: Newson, J.P.M. / Scott, N.E. / Yeuk Wah Chung, I. / Wong Fok Lung, T. / Giogha, C. / Gan, J. / Wang, N. / Strugnell, R.A. / Brown, N.F. / Cygler, M. / Pearson, J.S. / Hartland, E.L.
履歴
登録2018年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年11月6日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type III secretion system effector protein
B: Type III secretion system effector protein
C: Type III secretion system effector protein
D: Type III secretion system effector protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,7178
ポリマ－142,1014
非ポリマー1,6174
水5,260292
1
A: Type III secretion system effector protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9292
ポリマ－35,5251
非ポリマー4041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Type III secretion system effector protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9292
ポリマ－35,5251
非ポリマー4041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Type III secretion system effector protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9292
ポリマ－35,5251
非ポリマー4041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Type III secretion system effector protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9292
ポリマ－35,5251
非ポリマー4041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.540, 96.170, 90.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質
Type III secretion system effector protein


分子量: 35525.211 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 25-335 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain SL1344) (サルモネラ菌)
株: SL1344 / 遺伝子: sseK3, SL1344_1928 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3NMP8
#2: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.5M NaCl, 0.1M Tris pH8.5, 18% PEG 3350 5%MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.36 Å / Num. obs: 56770 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4 % / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / Num. unique obs: 16899 / Rrim(I) all: 0.595

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→48.36 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2502 2835 5 %
Rwork0.2172 --
obs0.2188 56699 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9649 100 0 292 10041
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049979
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81313498
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.1375908
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521434
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031757
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3001-2.33980.35581430.28642708X-RAY DIFFRACTION100
2.3398-2.38230.36711400.27882659X-RAY DIFFRACTION100
2.3823-2.42810.30151410.27062669X-RAY DIFFRACTION100
2.4281-2.47770.29131420.2652709X-RAY DIFFRACTION100
2.4777-2.53160.32361420.26632683X-RAY DIFFRACTION100
2.5316-2.59040.30171410.26122673X-RAY DIFFRACTION100
2.5904-2.65520.34371410.26132682X-RAY DIFFRACTION100
2.6552-2.7270.29861400.26242661X-RAY DIFFRACTION100
2.727-2.80720.3031420.24942687X-RAY DIFFRACTION100
2.8072-2.89780.28721410.24692687X-RAY DIFFRACTION100
2.8978-3.00140.30191420.23952696X-RAY DIFFRACTION100
3.0014-3.12160.25581430.23412709X-RAY DIFFRACTION100
3.1216-3.26360.29271410.23222674X-RAY DIFFRACTION100
3.2636-3.43560.2691400.21862690X-RAY DIFFRACTION100
3.4356-3.65080.20461410.19622688X-RAY DIFFRACTION100
3.6508-3.93260.19071430.182718X-RAY DIFFRACTION100
3.9326-4.32810.18871420.17062686X-RAY DIFFRACTION100
4.3281-4.95380.18451420.16912707X-RAY DIFFRACTION100
4.9538-6.23920.23671430.21312721X-RAY DIFFRACTION100
6.2392-48.37050.21351450.19072757X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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