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- PDB-6cfn: Crystal Structure of the DNA-free Glucocorticoid Receptor DNA Bin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cfn
タイトルCrystal Structure of the DNA-free Glucocorticoid Receptor DNA Binding Domain
要素Glucocorticoid receptor
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA binding domain / nuclear receptor / glucocorticoid receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / glucocorticoid metabolic process / microglia differentiation / mammary gland duct morphogenesis / maternal behavior ...Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / glucocorticoid metabolic process / microglia differentiation / mammary gland duct morphogenesis / maternal behavior / astrocyte differentiation / cellular response to glucocorticoid stimulus / motor behavior / regulation of gluconeogenesis / adrenal gland development / cellular response to steroid hormone stimulus / estrogen response element binding / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / core promoter sequence-specific DNA binding / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / TBP-class protein binding / steroid binding / cellular response to dexamethasone stimulus / synaptic transmission, glutamatergic / chromosome segregation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Hsp90 protein binding / SUMOylation of intracellular receptors / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of miRNA transcription / Nuclear Receptor transcription pathway / spindle / Regulation of RUNX2 expression and activity / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of neuron apoptotic process / Circadian Clock / chromatin organization / gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Potential therapeutics for SARS / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / mitochondrial matrix / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / apoptotic process / synapse / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glucocorticoid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Frank, F. / Okafor, C.D. / Ortlund, E.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
W. M. Keck Foundation 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: The first crystal structure of a DNA-free nuclear receptor DNA binding domain sheds light on DNA-driven allostery in the glucocorticoid receptor.
著者: Frank, F. / Okafor, C.D. / Ortlund, E.A.
履歴
登録2018年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucocorticoid receptor
B: Glucocorticoid receptor
C: Glucocorticoid receptor
D: Glucocorticoid receptor
E: Glucocorticoid receptor
F: Glucocorticoid receptor
G: Glucocorticoid receptor
H: Glucocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,09324
ポリマ－80,0478
非ポリマー1,04716
水46826
1
A: Glucocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1373
ポリマ－10,0061
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glucocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1373
ポリマ－10,0061
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Glucocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1373
ポリマ－10,0061
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Glucocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1373
ポリマ－10,0061
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Glucocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1373
ポリマ－10,0061
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Glucocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1373
ポリマ－10,0061
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Glucocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1373
ポリマ－10,0061
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Glucocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1373
ポリマ－10,0061
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.803, 65.432, 72.659
Angle α, β, γ (deg.)71.27, 84.96, 68.44
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Glucocorticoid receptor / GR / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 1


分子量: 10005.842 Da / 分子数: 8 / 変異: UNP Residues 418-506 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR3C1, GRL / プラスミド: pSmt3 / 詳細 (発現宿主): His6-SUMO-tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04150
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG3350, 50 mM Tris pH8.5, and 200 mM di-sodium tartrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→36 Å / Num. obs: 33141 / % possible obs: 89.5 % / 冗長度: 2.4 % / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.18 / Χ2: 53.6 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2095 / CC1/2: 0.56 / Rpim(I) all: 0.46 / Rrim(I) all: 0.65 / % possible all: 56.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HN5

4hn5


解像度: 2.5→36.042 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 31.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2483 1654 5.01 %Random election
Rwork0.1946 ---
obs0.1973 33027 89.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→36.042 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4601 0 16 26 4643
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094663
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1596207
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.8282895
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061663
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005795
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5001-2.57370.3771860.30161613X-RAY DIFFRACTION56
2.5737-2.65670.30491070.27692032X-RAY DIFFRACTION70
2.6567-2.75160.38231260.27042389X-RAY DIFFRACTION81
2.7516-2.86180.29721390.26362643X-RAY DIFFRACTION90
2.8618-2.99190.32851470.26342774X-RAY DIFFRACTION95
2.9919-3.14960.30031500.22932843X-RAY DIFFRACTION97
3.1496-3.34680.27081490.22282830X-RAY DIFFRACTION97
3.3468-3.6050.27421520.20852866X-RAY DIFFRACTION98
3.605-3.96740.2231500.17452862X-RAY DIFFRACTION98
3.9674-4.54050.18241520.14232876X-RAY DIFFRACTION98
4.5405-5.71680.19621500.16182858X-RAY DIFFRACTION98
5.7168-36.04540.25511460.18612787X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5993-3.77211.86346.5898-1.65262.308-0.05060.88311.6007-0.40740.0159-0.1943-0.9490.11460.26260.4397-0.05510.04950.75310.13420.61573.0826-9.1037-20.9016
25.91982.08371.03188.9884-2.38626.0514-0.5107-0.7491-0.7197-0.3185-0.0365-1.51650.11241.43990.42590.40310.06670.16230.6770.1070.61514.6878-16.4782-12.4939
32.00611.5996-0.56837.2452-1.58655.08950.3445-0.4796-0.28070.2397-0.7577-0.2998-0.12160.47890.11310.4663-0.01740.11660.521-0.00360.4791-10.5231-20.7494-11.4248
46.1827-0.1089-1.62538.0624-1.91744.34-0.31530.186-0.3876-0.47980.1528-0.3279-0.06910.15990.16060.2966-0.01930.09430.5165-0.09240.3968-6.1176-14.9201-15.9403
57.2808-3.753-0.29481.96190.29220.3416-0.39220.1459-1.37870.7461-0.49370.43660.17480.85290.70960.82890.11810.37231.16850.3181.055313.0595-24.3639-12.8435
67.21117.39070.3957.8024-0.65018.09040.1959-0.2914-0.09980.62080.0674-0.95750.17750.0962-0.27440.62980.21650.08610.4898-0.11770.73445.5423-43.934-22.2968
74.59764.6703-3.31967.3682-1.09978.477-0.1022-0.9225-0.21180.2388-0.29550.64271.35540.65660.30651.02360.06470.33730.40350.05240.739-4.6371-47.5182-18.0662
82.4912.4546-0.17999.2929-4.00165.2909-0.01430.2693-0.97210.4836-0.32160.9520.86720.29630.05170.88490.19760.15240.46660.09620.6971-14.8898-43.4037-21.561
93.0738-0.7623.38431.2753-1.33753.97561.80741.34521.6688-0.4454-1.25590.0550.83110.6262-0.35150.79040.1380.32980.5110.03810.6831-9.5677-30.8161-28.0815
104.6391-2.88931.75944.16521.35793.4329-0.6187-0.74621.60840.03640.667-0.6964-0.2728-0.1534-0.43470.66490.14120.14260.465-0.02750.5961-2.8361-33.6953-18.4551
118.4068-4.0292-4.07018.6445.77094.10350.97121.6017-0.8592-0.981-1.1950.1285-0.0804-0.28020.06560.73120.14110.07090.4154-0.04090.4702-5.5538-43.8374-26.4868
126.0813-4.2799-0.99444.22173.05214.9051-0.0749-0.41771.35880.21980.42010.5711-1.84260.315-0.35670.72510.06740.23230.5420.08220.897519.3083-51.1648-26.7485
135.22452.36166.10187.535-0.5058.767-1.5438-0.0878-0.88221.03810.29741.5764-0.6544-0.99760.95580.82940.25830.19050.7214-0.12910.723411.2233-52.3663-29.8579
144.27811.87643.58843.12870.71083.48770.08622.7283-0.1036-0.85250.02822.2353-1.0970.2804-0.12950.91590.2044-0.12160.7971-0.1560.794514.5808-57.0521-38.4225
158.80710.73211.02978.40843.40458.06570.1452-0.30620.22590.21470.02630.5238-0.4514-0.9616-0.08010.28060.03360.05090.4250.07070.271522.6637-67.8675-34.2582
166.9827-4.5299-1.90537.74142.22836.94360.1263-0.8031-0.00920.6936-0.13380.7112-0.5240.1120.00720.42610.08460.0930.3631-0.04730.396920.6033-60.8749-31.0949
176.9627-4.40750.64653.18610.66235.17280.29281.2753-1.3266-0.4238-0.34021.37550.17110.66-0.13440.7750.205-0.11711.055-0.34851.0833-0.7856-52.9451-35.386
184.86914.44121.41856.39945.81989.21250.1638-0.04820.7435-0.8555-0.45670.607-0.6186-0.49520.2320.54940.05460.19290.63850.08310.783119.9128-10.4482-25.3482
195.8983-0.08015.15169.2476-2.45727.224-0.34740.2237-1.236-0.2544-0.11691.67131.0998-1.41660.28010.431-0.06330.16570.76990.07310.829215.5829-18.0145-24.2258
203.8957-4.17973.84068.215-4.60733.85950.15771.1053-1.2871-1.2916-0.56910.65531.4331-0.59920.26770.5643-0.10540.10360.651-0.16640.768122.9439-24.1702-29.1595
216.41933.87781.83595.72510.09627.7799-0.1212-0.6722-0.5361-0.5388-0.5393-0.2710.5842-0.43190.56710.42770.04560.10540.4669-0.09320.473136.1624-23.8381-23.023
223.6945-1.0978-4.77932.8298-0.38988.52150.7138-1.64140.9090.54730.08310.5779-1.95110.8014-0.05070.6249-0.06320.21710.7347-0.17330.642333.2732-11.4748-22.4414
239.4427-3.02460.16966.6576-0.95474.46790.55391.57970.2971-0.5877-0.4024-0.1684-0.11080.0455-0.07680.50520.0330.22160.6572-0.03470.530931.3722-12.0604-29.6342
248.8142-1.9485-2.13046.8349-1.30526.396-0.6574-1.3972-1.04120.31140.2480.68350.4088-0.49730.27320.4101-0.04870.16530.51080.0120.525826.4869-20.4621-20.5167
254.2885-5.4485-1.94318.38174.03483.29360.1633-0.2885-0.940.5297-0.1876-0.04951.869-0.1148-0.09541.00060.0860.18430.5027-0.13440.725943.0748-33.1099-42.1209
269.59883.37813.40922.856-1.53456.4979-0.02551.425-1.0003-2.0666-0.2626-0.1072-1.1514-1.35190.23710.91780.08630.02540.66-0.14830.468737.2122-24.298-45.5882
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393.3159-1.6996-1.60693.8787-4.34249.6053-0.3240.1036-0.12440.2462-0.12520.12830.4216-2.12910.07030.5807-0.03640.15810.6671-0.14880.522738.0018-36.8493-77.05
408.916-4.15690.36157.18160.31443.4107-0.6046-0.3162-0.1290.99070.23750.7633-0.1057-0.04530.32360.625-0.07110.16910.5814-0.20640.43743.2385-34.7836-68.705
415.78421.2141.45158.47592.94788.68610.05180.18780.3243-1.2217-0.0020.3972-0.2843-0.58240.04640.8315-0.0310.22570.73830.0870.53836.6896-41.888410.7001
424.03480.8923.45627.9593-1.3883.62650.4316-0.17561.49210.5301-0.6597-0.1018-1.43730.01540.10361.1563-0.09530.33880.6030.07250.881636.262-32.908219.9317
434.9244-3.23394.20012.154-2.72533.65720.00730.35740.04840.1353-1.0457-0.5644-0.30971.18531.25290.74930.02480.15620.7720.12180.705940.825-40.44431.4533
442.91.69790.41947.20260.94985.1181-0.42610.7748-0.76110.20380.2564-0.43010.53680.04930.31840.661-0.03920.26990.5750.08810.571938.1457-44.069822.3766
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 419 through 429 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 430 through 449 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 450 through 464 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 465 through 484 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 485 through 498 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 419 through 438 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 439 through 449 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 450 through 459 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 460 through 464 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 465 through 473 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 474 through 488 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 420 through 429 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 430 through 438 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 439 through 450 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 451 through 465 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 466 through 487 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 488 through 500 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 420 through 429 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 430 through 438 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 439 through 451 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 452 through 461 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 462 through 466 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 467 through 473 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 474 through 487 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 419 through 429 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 430 through 449 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 450 through 464 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 465 through 483 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 484 through 497 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 418 through 449 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 450 through 454 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 455 through 464 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 465 through 484 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 485 through 495 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid 418 through 429 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'G' and (resid 430 through 438 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'G' and (resid 439 through 450 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'G' and (resid 451 through 455 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'G' and (resid 456 through 465 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'G' and (resid 466 through 487 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'H' and (resid 419 through 438 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'H' and (resid 439 through 451 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'H' and (resid 452 through 461 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'H' and (resid 462 through 487 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る