PDB-6ceg: Solution NMR structure of the omega conotoxin MoVIB from Conus moncuri

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ceg

タイトル

Solution NMR structure of the omega conotoxin MoVIB from Conus moncuri

要素

conotoxin MoVIB

キーワード

TOXIN / conotoxin / omega-conotoxin / Ca2+ channel inhbitor

機能・相同性

Conotoxin, omega-type, conserved site / Omega-conotoxin family signature. / ion channel inhibitor activity / : / extracellular region / Conotoxin MoVIB

機能・相同性情報

生物種

Conus (無脊椎動物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Rosengren, K.J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Novel analgesic omega-conotoxins from the vermivorous cone snail Conus moncuri provide new insights into the evolution of conopeptides.
著者: Sousa, S.R. / McArthur, J.R. / Brust, A. / Bhola, R.F. / Rosengren, K.J. / Ragnarsson, L. / Dutertre, S. / Alewood, P.F. / Christie, M.J. / Adams, D.J. / Vetter, I. / Lewis, R.J.

履歴

登録	2018年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_spectrometer Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ceg.cif.gz	182.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ceg.ent.gz	159.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ceg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ceg_validation.pdf.gz	371.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ceg_full_validation.pdf.gz	458.3 KB	表示
XML形式データ	6ceg_validation.xml.gz	11.4 KB	表示
CIF形式データ	6ceg_validation.cif.gz	18.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/6ceg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/6ceg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2it8-d 2n6b-d 6cgw-d 2idh-5 1zfo-d 2mcr-d 2n8b-d 2jtb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30405Solution NMR structure of the omega conotoxin MoVIB from Conus moncuri

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: conotoxin MoVIB

3.51 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	conotoxin MoVIB 分子量: 3506.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus (無脊椎動物) / 参照: UniProt: A0A3S5WI22*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-13C ECOSY
1	4	2	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	5	2	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	6	2	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細

タイプ	Solution-ID	内容	Label	溶媒系
solution	1	2 mg/mL conotoxin MoVIB, 90% H2O/10% D2O	H2O sample	90% H2O/10% D2O
solution	2	2 mg/mL conotoxin MoVIB, 100% D2O	D2O sample	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
2 mg/mL	conotoxin MoVIB	natural abundance	1
2 mg/mL	conotoxin MoVIB	natural abundance	2

試料状態

イオン強度: 0 M / Label: conditions_1 / pH: 5.0 / 圧: ambient atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 900 MHz / 詳細: equipped with cryoprobe

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CARA		Keller and Wuthrich	データ解析
CYANA	3.97	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
CNS	1.2	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化
TALOS		Cornilescu, Delaglio and Bax	データ解析

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
詳細: Structures were calculated using torsion angle dynamics and subsequently refined and energy minimised in explicit water using Cartesian dynamics.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)