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- PDB-6cc0: Crystal structure of QscR bound to C12-homoserine lactone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cc0
タイトルCrystal structure of QscR bound to C12-homoserine lactone
要素LuxR family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / LuxR-type AHL receptor / Pseudomonas aeruginosa QscR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector ...Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Beta-Lactamase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[(3S)-2-oxooxolan-3-yl]dodecanamide / LuxR family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Churchill, M.E.A. / Wysoczynski-Horita, C.L.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM109403 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA046934 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD012033 米国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)UL1TR001082 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD12073 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1121288 米国
引用ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2018
タイトル: Mechanism of agonism and antagonism of the Pseudomonas aeruginosa quorum sensing regulator QscR with non-native ligands.
著者: Wysoczynski-Horita, C.L. / Boursier, M.E. / Hill, R. / Hansen, K. / Blackwell, H.E. / Churchill, M.E.A.
履歴
登録2018年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LuxR family transcriptional regulator
B: LuxR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1374
ポリマ－54,5702
非ポリマー5672
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.591, 91.910, 93.999
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 LuxR family transcriptional regulator / PhzR / Quorum-sensing control repressor / Regulatory protein SdiA


分子量: 27285.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chain A N-terminal MHD not visible Chain B N-terminal MHDE not visible
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: phzR, qscR, sdiA_2, CAZ03_14830, CAZ10_26210, DC19_16645, HQ52_16845, PAERUG_E15_London_28_01_14_06284, PAMH19_5306
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RMS5
#2: 化合物 ChemComp-EWM / N-[(3S)-2-oxooxolan-3-yl]dodecanamide / N-ドデカノイル-L-ホモセリンラクトン


分子量: 283.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H29NO3 / 詳細: C12-L-homoserine lactone / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.04 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium formate, 20 w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2014年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→48.802 Å / Num. obs: 20134 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.48→2.63 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2797 / CC1/2: 0.807 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3szt

3szt


解像度: 2.5→48.802 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.18 / 位相誤差: 29.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2699 840 5 %
Rwork0.2085 --
obs0.2116 16808 94.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.802 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3793 0 40 51 3884
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8655434
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9232353
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05580
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005691
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.65660.39761360.31362629X-RAY DIFFRACTION95
2.6566-2.86180.34571400.28262625X-RAY DIFFRACTION94
2.8618-3.14970.34251380.2542694X-RAY DIFFRACTION96
3.1497-3.60530.31631410.22742647X-RAY DIFFRACTION94
3.6053-4.54180.24521370.17432660X-RAY DIFFRACTION94
4.5418-48.81120.19161480.16522713X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.07120.0087-0.02110.0092-0.03280.22180.0279-0.14480.40720.10850.0843-0.1588-0.1932-0.02180.020.49130.4112-0.09840.325-0.16910.4652-76.76769.571716.5882
20.41780.11280.31650.19090.20270.35460.0302-0.1333-0.14430.21280.0322-0.09380.031-0.41460.00230.00480.0966-0.03650.34220.01510.309-77.0951-10.939415.3987
30.1373-0.1430.0980.228-0.09840.08130.246-0.1171-0.2305-0.0507-0.10840.05940.2118-0.1767-0.01350.1183-0.0941-0.18890.55660.06370.1948-80.1113-14.38543.6143
40.0578-0.0387-0.06830.2086-0.07530.15770.0578-0.0053-0.0680.0075-0.01730.077-0.095-0.09470.32580.08930.0819-0.12080.3396-0.00930.1147-75.4474-3.68787.6264
50.8003-0.0478-0.27410.0041-0.0080.79360.1142-0.05440.287-0.10620.1713-0.0565-0.2808-0.0470.28680.43740.0258-0.0630.10650.02810.2019-71.30983.825910.6855
60.05730.00220.00560.0922-0.1110.29340.0417-0.05950.020.30670.0137-0.1263-0.20080.1442-0.00990.38370.0155-0.09730.12-0.02110.1937-48.8705-8.934128.8921
70.69240.092-0.53390.1844-0.10640.78920.2258-0.10980.00110.2448-0.0302-0.1157-0.37040.00550.330.27950.0304-0.11180.146-0.050.1076-46.5822-15.075531.0332
80.59390.0331-0.33310.72260.16450.5965-0.06540.0070.0425-0.10130.06720.06880.06720.1172-0.00010.08780.02890.03210.10430.04250.1568-48.89436.13445.8823
90.1696-0.0485-0.08280.123-0.02050.1007-0.05460.1578-0.1835-0.05170.0727-0.0031-0.0055-0.202200.161-0.0140.03070.142-0.00490.153-55.1675-26.699116.1549
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 32 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 33 through 83 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 84 through 108 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 109 through 138 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 139 through 168 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 169 through 189 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 190 through 237 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 5 through 168 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 169 through 237 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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