+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6cc0 | |||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of QscR bound to C12-homoserine lactone | |||||||||||||||||||||
Components | LuxR family transcriptional regulator | |||||||||||||||||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / LuxR-type AHL receptor / Pseudomonas aeruginosa QscR | |||||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of secondary metabolite biosynthetic process / quorum sensing / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | |||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | |||||||||||||||||||||
Authors | Churchill, M.E.A. / Wysoczynski-Horita, C.L. | |||||||||||||||||||||
Funding support | United States, 6items
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Citation | Journal: Mol. Microbiol. / Year: 2018 Title: Mechanism of agonism and antagonism of the Pseudomonas aeruginosa quorum sensing regulator QscR with non-native ligands. Authors: Wysoczynski-Horita, C.L. / Boursier, M.E. / Hill, R. / Hansen, K. / Blackwell, H.E. / Churchill, M.E.A. | |||||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6cc0.cif.gz | 202.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6cc0.ent.gz | 162.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6cc0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/6cc0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/6cc0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6cbqC 3sztS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27285.148 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Chain A N-terminal MHD not visible Chain B N-terminal MHDE not visible Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) Gene: phzR, qscR, sdiA_2, CAZ03_14830, CAZ10_26210, DC19_16645, HQ52_16845, PAERUG_E15_London_28_01_14_06284, PAMH19_5306 Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9RMS5 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 278 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M sodium formate, 20 w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 4.2.2 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: RDI CMOS_8M / Detector: CMOS / Date: Jul 1, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.35→48.802 Å / Num. obs: 20134 / % possible obs: 94.9 % / Redundancy: 4 % / Net I/σ(I): 11.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.48→2.63 Å / Redundancy: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2797 / CC1/2: 0.807 / % possible all: 96.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3szt Resolution: 2.5→48.802 Å / SU ML: 0.46 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.18 / Phase error: 29.28
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→48.802 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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