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万見
- PDB-6ca8: Crystal structure of Plasmodium falciparum topoisomerase II DNA-b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ca8
タイトルCrystal structure of Plasmodium falciparum topoisomerase II DNA-binding, cleavage and re-ligation domain
要素DNA topoisomerase 2
キーワードISOMERASE / Topoisomerase / DNA-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Topoisomerase II; domain 5 / Topoisomerase II, domain 5 / DNA topoisomerase 2, TOPRIM domain / Gyrase A; domain 2 - #40 / C-terminal associated domain of TOPRIM / C-terminal associated domain of TOPRIM / DNA topoisomerase II, eukaryotic-type / : / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily ...Topoisomerase II; domain 5 / Topoisomerase II, domain 5 / DNA topoisomerase 2, TOPRIM domain / Gyrase A; domain 2 - #40 / C-terminal associated domain of TOPRIM / C-terminal associated domain of TOPRIM / DNA topoisomerase II, eukaryotic-type / : / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Gyrase A; domain 2 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA topoisomerase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.331 Å
データ登録者Kumar, S. / Kandavelu, P. / Rathod, P.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI 093380 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Plasmodium falciparum topoisomerase II DNA-binding, cleavage and re-ligation domain
著者: Kumar, S. / Kandavelu, P. / Rathod, P.K.
履歴
登録2018年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,8521
ポリマ－87,8521
非ポリマー00
水9,656536
1
A: DNA topoisomerase 2

A: DNA topoisomerase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,7042
ポリマ－175,7042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area8170 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area63420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.034, 104.482, 114.523
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1580-

HOH

21A-1665-

HOH

31A-1729-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 2


分子量: 87852.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: TopoII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z2D0, EC: 5.99.1.3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.97 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Sodium formate, 19% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 94 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→50 Å / Num. obs: 42437 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 26.4 % / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.33→2.41 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.331→44.218 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 2135 5.04 %
Rwork0.1876 --
obs0.1894 42388 97.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.331→44.218 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5926 0 0 536 6462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056042
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1868141
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8192286
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056889
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061036
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3308-2.3850.28631190.23722347X-RAY DIFFRACTION86
2.385-2.44460.27351240.23092452X-RAY DIFFRACTION91
2.4446-2.51070.25911260.2192563X-RAY DIFFRACTION95
2.5107-2.58460.27781520.22022642X-RAY DIFFRACTION98
2.5846-2.6680.27311280.21942732X-RAY DIFFRACTION100
2.668-2.76330.25261450.20862692X-RAY DIFFRACTION100
2.7633-2.8740.26581660.20092692X-RAY DIFFRACTION100
2.874-3.00470.21211390.20772708X-RAY DIFFRACTION100
3.0047-3.16310.24951470.20422726X-RAY DIFFRACTION100
3.1631-3.36120.26341440.19212728X-RAY DIFFRACTION100
3.3612-3.62060.23161530.1892731X-RAY DIFFRACTION100
3.6206-3.98480.21211570.16922732X-RAY DIFFRACTION100
3.9848-4.56090.17461380.15232777X-RAY DIFFRACTION100
4.5609-5.74430.16731530.15562793X-RAY DIFFRACTION100
5.7443-44.22550.16491440.16662938X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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