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万見
- PDB-6c8h: Crystal structure of Transient Receptor Potential (TRP) channel T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c8h
タイトルCrystal structure of Transient Receptor Potential (TRP) channel TRPV4 in the presence of gadolinium
要素Transient receptor potential cation channel, subfamily V, member 4
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ion channal
機能・相同性
機能・相同性情報


TRP channels / osmosensory signaling pathway / plasma membrane => GO:0005886 / calcium ion import across plasma membrane / actin filament organization / calcium channel activity / cilium / monoatomic ion channel activity
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4 / Domain of unknown function DUF3447 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily ...Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4 / Domain of unknown function DUF3447 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
GADOLINIUM ATOM / Transient receptor potential cation channel, subfamily V, member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Deng, Z. / Paknejad, N. / Maksaev, G. / Sala-Rabanal, M. / Nichols, C.G. / Hite, R.K. / Yuan, P.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM and X-ray structures of TRPV4 reveal insight into ion permeation and gating mechanisms.
著者: Zengqin Deng / Navid Paknejad / Grigory Maksaev / Monica Sala-Rabanal / Colin G Nichols / Richard K Hite / Peng Yuan /
要旨: The transient receptor potential (TRP) channel TRPV4 participates in multiple biological processes, and numerous TRPV4 mutations underlie several distinct and devastating diseases. Here we present ...The transient receptor potential (TRP) channel TRPV4 participates in multiple biological processes, and numerous TRPV4 mutations underlie several distinct and devastating diseases. Here we present the cryo-EM structure of Xenopus tropicalis TRPV4 at 3.8-Å resolution. The ion-conduction pore contains an intracellular gate formed by the inner helices, but lacks any extracellular gate in the selectivity filter, as observed in other TRPV channels. Anomalous X-ray diffraction analyses identify a single ion-binding site in the selectivity filter, thus explaining TRPV4 nonselectivity. Structural comparisons with other TRP channels and distantly related voltage-gated cation channels reveal an unprecedented, unique packing interface between the voltage-sensor-like domain and the pore domain, suggesting distinct gating mechanisms. Moreover, our structure begins to provide mechanistic insights to the large set of pathogenic mutations, offering potential opportunities for drug development.
履歴
登録2018年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_detector.type
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transient receptor potential cation channel, subfamily V, member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,2262
ポリマ－77,0691
非ポリマー1571
水00
1
A: Transient receptor potential cation channel, subfamily V, member 4
ヘテロ分子

A: Transient receptor potential cation channel, subfamily V, member 4
ヘテロ分子

A: Transient receptor potential cation channel, subfamily V, member 4
ヘテロ分子

A: Transient receptor potential cation channel, subfamily V, member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)308,9048
ポリマ－308,2754
非ポリマー6294
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_435-x-1,-y-2,z1
crystal symmetry operation3_345-y-3/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_535y+1/2,-x-3/2,z1
Buried area19170 Å2
ΔGint-235 kcal/mol
Surface area111930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.824, 164.824, 101.476
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1001-

GD

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要素

#1: タンパク質 Transient receptor potential cation channel, subfamily V, member 4


分子量: 77068.680 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 133-797 / 変異: N516Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)
遺伝子: trpv4 / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: F7BWY7
#2: 化合物 ChemComp-GD / GADOLINIUM ATOM / ガドリニウム


分子量: 157.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50 mM MES pH6.0, 100 mM NaCl, 5.5% PEG4000, and 10% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.7106 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7106 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6.5→50 Å / Num. obs: 3026 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.8 % / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 6.5→6.73 Å / Num. unique obs: 296 / Rpim(I) all: 0.53

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BBJ

6bbj


解像度: 6.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.814 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.806 / SU B: 0.021 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 3.501 / ESU R Free: 3.498 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.37301 293 10.1 %RANDOM
Rwork0.37339 ---
obs0.37335 2594 95.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 100.004 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 6.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4871 0 1 0 4872
LS精密化 シェル解像度: 6.5→6.65 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.46 24 -
Rwork0.433 167 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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