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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6c8d | |||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | RNA-dGMP complex with Mg ion | |||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | RNA (5'-R(*![]() RNA / deoxyguanosine | 機能・相同性 | 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Zhang, W. / Szostak, J.W. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Crystallographic observation of nonenzymatic RNA primer extension. 著者: Zhang, W. / Walton, T. / Li, L. / Szostak, J.W. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 35 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 23.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 4512.804 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-DGP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.69 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.040 M Sodium cacodylate trihydrate pH 7.0, 0.012 M Spermine tetrahydrochloride, 0.080 M Sodium chloride, 0.020 M Magnesium chloride PH範囲: 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 99 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 9264 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.9 % / CC1/2: 0.964 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.153 / Χ2: 1.172 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.92→1.99 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.722 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / Num. unique obs: 925 / CC1/2: 0.879 / Rpim(I) all: 0.271 / Rrim(I) all: 0.772 / Χ2: 0.882 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5DHC 解像度: 1.92→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 4.361 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.165 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.07 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.92→50 Å
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拘束条件 |
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