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- PDB-6c87: Crystal structure of rab gdp dissociation inhibitor alpha from Na... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c87
タイトルCrystal structure of rab gdp dissociation inhibitor alpha from Naegleria fowleri
要素Rab GDP dissociation inhibitor alpha
キーワードPROTEIN TRANSPORT / SSGCID / Structural Genomics / Naegleria fowleri / rab gdp dissociation inhibitor alpha / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


Rab GDP-dissociation inhibitor activity / small GTPase-mediated signal transduction / vesicle-mediated transport / protein transport / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rab GDI protein / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 2 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 2 / GDP dissociation inhibitor / GDP dissociation inhibitor / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich ...Rab GDI protein / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 2 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 2 / GDP dissociation inhibitor / GDP dissociation inhibitor / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rab GDP dissociation inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of rab gdp dissociation inhibitor alpha from Naegleria fowleri
著者: Abendroth, J. / Davies, D.R. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月21日Group: Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_starting_model
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rab GDP dissociation inhibitor alpha
B: Rab GDP dissociation inhibitor alpha
C: Rab GDP dissociation inhibitor alpha
D: Rab GDP dissociation inhibitor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,9776
ポリマ－204,7854
非ポリマー1922
水7,080393
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.340, 103.120, 195.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 60 or (resid 61...
21(chain B and (resid 1 through 3 or (resid 4...
31(chain C and (resid 1 through 52 or (resid 53...
41(chain D and (resid 1 through 52 or (resid 53...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETALAALA(chain A and (resid 1 through 60 or (resid 61...AA1 - 609 - 68
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 1 through 60 or (resid 61...AA6169
13METMETGLNGLN(chain A and (resid 1 through 60 or (resid 61...AA1 - 4429 - 450
14METMETGLNGLN(chain A and (resid 1 through 60 or (resid 61...AA1 - 4429 - 450
15METMETGLNGLN(chain A and (resid 1 through 60 or (resid 61...AA1 - 4429 - 450
16METMETGLNGLN(chain A and (resid 1 through 60 or (resid 61...AA1 - 4429 - 450
21METMETGLUGLU(chain B and (resid 1 through 3 or (resid 4...BB1 - 39 - 11
22GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 1 through 3 or (resid 4...BB412
23METMETSO4SO4(chain B and (resid 1 through 3 or (resid 4...BB - F1 - 5009
24METMETSO4SO4(chain B and (resid 1 through 3 or (resid 4...BB - F1 - 5009
25METMETSO4SO4(chain B and (resid 1 through 3 or (resid 4...BB - F1 - 5009
26METMETSO4SO4(chain B and (resid 1 through 3 or (resid 4...BB - F1 - 5009
31METMETPHEPHE(chain C and (resid 1 through 52 or (resid 53...CC1 - 529 - 60
32GLUGLUGLUGLU(chain C and (resid 1 through 52 or (resid 53...CC5361
33METMETPROPRO(chain C and (resid 1 through 52 or (resid 53...CC1 - 4419 - 449
34METMETPROPRO(chain C and (resid 1 through 52 or (resid 53...CC1 - 4419 - 449
35METMETPROPRO(chain C and (resid 1 through 52 or (resid 53...CC1 - 4419 - 449
36METMETPROPRO(chain C and (resid 1 through 52 or (resid 53...CC1 - 4419 - 449
41METMETPHEPHE(chain D and (resid 1 through 52 or (resid 53...DD1 - 529 - 60
42GLUGLUGLUGLU(chain D and (resid 1 through 52 or (resid 53...DD5361
43METMETPROPRO(chain D and (resid 1 through 52 or (resid 53...DD1 - 4419 - 449
44METMETPROPRO(chain D and (resid 1 through 52 or (resid 53...DD1 - 4419 - 449
45METMETPROPRO(chain D and (resid 1 through 52 or (resid 53...DD1 - 4419 - 449
46METMETPROPRO(chain D and (resid 1 through 52 or (resid 53...DD1 - 4419 - 449

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要素

#1: タンパク質
Rab GDP dissociation inhibitor alpha


分子量: 51196.320 Da / 分子数: 4 / 断片: NafoA.19251.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
株: ATCC 30863 / 遺伝子: NF0049320 / プラスミド: NafoA.01385.a.B1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2R2JFX6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Rigaku Reagents JCSG+ screen E1: 1000 mM Sodium citrate tribasic, 100mM Na cacodylate / HCl pH 6.5 : NafoA.01385.a.B1 at 21.13mg/ml: cryo: 20% EG: tray 295598 E1: puck meu4-5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→47.95 Å / Num. obs: 61169 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.228 % / Biso Wilson estimate: 45.51 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 1.033 / Net I/σ(I): 19.54
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.6-2.676.3070.5453.4244710.890.594100
2.67-2.746.3150.4464.1543530.9180.486100
2.74-2.826.3020.3685.1142340.9450.40199.9
2.82-2.916.3120.3036.1641410.9590.331100
2.91-36.3040.2537.3240030.9720.276100
3-3.116.2950.1969.1838640.9840.214100
3.11-3.226.2760.15111.8637750.9890.165100
3.22-3.366.2910.11715.2136000.9930.12899.9
3.36-3.516.2720.08919.2434520.9960.09799.9
3.51-3.686.2370.07222.8333160.9970.07899.8
3.68-3.886.2560.05827.331600.9980.063100
3.88-4.116.2180.04931.3730040.9980.05399.6
4.11-4.396.2180.04236.5228040.9990.04699.8
4.39-4.756.1720.03839.3126370.9990.04199.7
4.75-5.26.1620.03838.6524330.9990.04299.6
5.2-5.816.1380.03936.9822070.9990.04399.5
5.81-6.716.0650.03936.5219700.9990.04399.6
6.71-8.225.9650.03143.316710.9990.03499.4
8.22-11.635.8440.02450.1613220.9990.02699
11.63-47.955.1580.02546.947520.9990.02895.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MoRDa位相決定
SIMBAD位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3cpi chain G as per Morda, target identified with SIMBAD

3cpi


解像度: 2.6→47.95 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.47
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2225 1937 3.17 %0
Rwork0.1719 ---
obs0.1734 61129 99.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 143.28 Å2 / Biso mean: 52.4132 Å2 / Biso min: 1.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→47.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13406 0 10 396 13812
Biso mean--103.74 42.52 -
残基数----1765
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7934X-RAY DIFFRACTION8.734TORSIONAL
12B7934X-RAY DIFFRACTION8.734TORSIONAL
13C7934X-RAY DIFFRACTION8.734TORSIONAL
14D7934X-RAY DIFFRACTION8.734TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.66510.33491310.24341744305100
2.6651-2.73710.28021340.217541724306100
2.7371-2.81760.27581630.204441534316100
2.8176-2.90860.24751620.193641794341100
2.9086-3.01250.26121500.241704320100
3.0125-3.13310.24831340.210342364370100
3.1331-3.27570.30131270.204241814308100
3.2757-3.44830.25271410.190942254366100
3.4483-3.66430.23511400.175741974337100
3.6643-3.94710.2221400.164442374377100
3.9471-4.34410.20181430.145142294372100
4.3441-4.97210.16811420.132442544396100
4.9721-6.26210.24051200.159943214441100
6.2621-47.95790.14041100.15754464457498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.92990.6677-0.05682.8536-0.03461.48980.033-0.09210.3375-0.0265-0.09350.0427-0.2435-0.01920.05860.2262-0.00580.0310.25520.02250.2947-13.193876.6022112.3254
22.54070.280.83941.85380.46541.2531-0.22530.15980.4596-0.411-0.01170.2113-0.3-0.21790.15870.4020.0763-0.02560.37810.06210.372749.122371.7926124.9934
32.0040.39630.46951.38480.40451.15780.06660.11760.0607-0.17530.0633-0.184-0.02550.076-0.02720.33740.0510.06250.33320.00580.380862.352962.3728133.414
41.908-0.15521.00271.9832-0.18833.1067-0.04110.3229-0.0858-0.0442-0.04230.04770.05720.27060.01640.32950.01210.02340.2735-0.04410.366650.114850.7695131.5992
52.7433-0.5136-0.93612.0219-0.71083.1824-0.04350.085-0.6092-0.16840.11090.51870.5598-1.1094-0.21080.6124-0.2512-0.04770.69080.0810.606737.064137.2548147.6626
65.09310.1702-1.833.0822-0.59915.54430.33140.4294-0.11460.03110.13480.44420.0934-1.051-0.27610.4049-0.0616-0.01250.51860.10030.429438.708645.7157139.6884
72.5556-0.02140.23941.59080.13942.55620.08280.38660.1176-0.5166-0.243-0.0373-0.0170.11950.08350.44290.09010.00660.38370.01780.288352.401558.2158123.9107
81.5709-1.83890.0732.1354-0.15210.0721-0.1040.15110.8011-0.70710.07740.2443-1.0457-0.3570.19120.92710.1618-0.01040.71230.08590.799439.717982.2416121.0279
91.6288-0.35360.26921.8668-0.1251.9385-0.09140.00210.16530.09070.05490.2081-0.1006-0.25970.00670.32870.07590.03750.30850.01530.303348.620262.2015138.3766
104.2866-1.094-1.76071.19750.33771.7026-0.04990.5191-0.4215-0.2376-0.12380.06110.2013-0.02860.20650.39590.0579-0.01070.3514-0.03280.3097-7.261132.2648127.7395
112.1598-0.4316-1.84992.64221.13892.47690.3707-0.19840.7031-0.04870.1225-0.7108-0.34030.6335-0.43560.4471-0.06640.06780.4127-0.04660.61714.250960.7091139.7293
122.1431-0.7799-0.54472.15780.57891.3315-0.06420.02750.0662-0.01650.0728-0.21040.13650.2014-0.00760.30720.0702-0.02470.29990.00090.2354-1.77339.564135.834
131.74220.66911.88533.40911.07912.13410.06061.5240.4491-0.6346-0.1712-0.52220.1564-0.11350.00280.43710.06770.08760.67360.11980.434411.557440.9773122.8541
142.48181.0065-0.49692.1732-0.39881.81330.0933-0.2212-0.47340.2697-0.0776-0.30570.49330.09540.00830.4715-0.0574-0.07040.2669-0.010.335164.827929.772116.7432
151.9882-0.2178-0.04471.6319-0.61861.85910.0653-0.03930.1176-0.0510.14480.46960.2852-0.9071-0.21090.3837-0.1796-0.00570.61420.04140.424942.76940.1131108.1112
162.36560.4482-0.06881.9311-0.10112.02960.00990.0592-0.43560.0066-0.01830.00810.8085-0.17160.01120.6196-0.1372-0.03320.3238-0.03580.329160.709125.7995109.9173
172.68151.52581.49913.24261.10262.22360.0187-0.41350.46920.056-0.25780.6267-0.2917-0.32680.29330.3017-0.00560.06620.3221-0.0320.4258-20.489476.4515119.0811
182.44171.51831.86184.0791.69034.00740.2417-0.1416-0.14550.3594-0.2593-0.17240.4467-0.0955-0.19950.21210.0336-0.01980.29260.06870.3012-7.011363.8797114.7108
193.84020.0537-0.81552.0675-0.56091.9193-0.0041-0.1014-0.3173-0.417-0.2328-0.81870.20281.01850.14950.42560.06470.17640.64280.08160.69439.262563.0775101.5969
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 222 through 441 )D222 - 441
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1 through 56 )A1 - 56
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 57 through 85 )A57 - 85
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 86 through 119 )A86 - 119
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 120 through 188 )A120 - 188
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 189 through 221 )A189 - 221
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 222 through 246 )A222 - 246
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 247 through 279 )A247 - 279
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 280 through 442 )A280 - 442
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1 through 85 )B1 - 85
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 86 through 188 )B86 - 188
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 189 through 413 )B189 - 413
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 414 through 441 )B414 - 441
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 1 through 119 )C1 - 119
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 120 through 246 )C120 - 246
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 247 through 441 )C247 - 441
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 1 through 85 )D1 - 85
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 86 through 119 )D86 - 119
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 120 through 221 )D120 - 221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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