PDB-6c7a: Conformational Changes in a Class A Beta lactamase that Prime it ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c7a

タイトル

Conformational Changes in a Class A Beta lactamase that Prime it for Catalysis

要素

Beta-lactamase Toho-1

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.05 Å

データ登録者

Coates, L. / Langan, P.S. / Vandavasi, V.G. / Cooper, S.J. / Weiss, K.L. / Ginell, S.L. / Parks, J.M.

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2018
タイトル: Substrate Binding Induces Conformational Changes in a Class A Beta-lactamase That Prime It for Catalysis
著者: Langan, P.S. / Vandavasi, V.G. / Cooper, S.J. / Weiss, K.L. / Ginell, S.L. / Parks, J.M. / Coates, L.

履歴

登録	2018年1月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月23日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn / pdbx_refine / Item: _diffrn.ambient_temp
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6c7a.cif.gz	129.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6c7a.ent.gz	99.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c7a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6c7a_validation.pdf.gz	439.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6c7a_full_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示
XML形式データ	6c7a_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	6c7a_validation.cif.gz	30.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/6c7a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/6c7a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6c78C 6c79C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4c3q-d 3zny-d 2zq7-d 5toy-1 1ym1-1 4ua6-1 4bd0-d 7k2x-4 2xqz-d 3kx8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase Toho-1

ヘテロ分子

28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.825, 71.825, 96.534
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-538- HOH
2	1	A-714- HOH
3	1	A-753- HOH
4	1	A-894- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactamase Toho-1 分子量: 28045.688 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 32-291 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bla / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47066, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 6.1 詳細: 10 mg/ml protein in a solution containing 2.0 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium citrate (pH 6.1)

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.05→48.27 Å / Num. obs: 134116 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.2 % / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.02 / Net I/av σ(I): 5.8 / Net I/σ(I): 5.8
反射シェル	解像度: 1.05→1.11 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2 / R_pim(I) all: 0.149 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
SHELXL	精密化
XDS	データ削減
SCALA	データスケーリング

精密化

解像度: 1.05→48.27 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.15	-	-
R_work	0.12	-	-
obs	-	134116	99.9 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.05→48.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1968	0	45	498	2511

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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