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- PDB-6c6y: Crystal structure of Middle-East Respiratory Syndrome (MERS) coro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c6y
タイトルCrystal structure of Middle-East Respiratory Syndrome (MERS) coronavirus neutralizing antibody JC57-14 isolated from a vaccinated rhesus macaque in complex with MERS Receptor Binding Domain
要素
  • JC57-14 Heavy chain
  • JC57-14 Light chain
  • Spike glycoprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / neutralizing / vaccine
機能・相同性
機能・相同性情報


endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
ubp-family deubiquitinating enzyme fold - #30 / Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain / ubp-family deubiquitinating enzyme fold / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Single Sheet / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily ...ubp-family deubiquitinating enzyme fold - #30 / Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain / ubp-family deubiquitinating enzyme fold / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Single Sheet / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
Betacoronavirus England 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Joyce, M.G. / Mascola, J.R. / Graham, B.S. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2018
タイトル: Importance of Neutralizing Monoclonal Antibodies Targeting Multiple Antigenic Sites on the Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus Spike Glycoprotein To Avoid Neutralization Escape.
著者: Wang, L. / Shi, W. / Chappell, J.D. / Joyce, M.G. / Zhang, Y. / Kanekiyo, M. / Becker, M.M. / van Doremalen, N. / Fischer, R. / Wang, N. / Corbett, K.S. / Choe, M. / Mason, R.D. / Van Galen, ...著者: Wang, L. / Shi, W. / Chappell, J.D. / Joyce, M.G. / Zhang, Y. / Kanekiyo, M. / Becker, M.M. / van Doremalen, N. / Fischer, R. / Wang, N. / Corbett, K.S. / Choe, M. / Mason, R.D. / Van Galen, J.G. / Zhou, T. / Saunders, K.O. / Tatti, K.M. / Haynes, L.M. / Kwong, P.D. / Modjarrad, K. / Kong, W.P. / McLellan, J.S. / Denison, M.R. / Munster, V.J. / Mascola, J.R. / Graham, B.S.
履歴
登録2018年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: JC57-14 Heavy chain
B: JC57-14 Light chain
H: JC57-14 Heavy chain
L: JC57-14 Light chain
R: Spike glycoprotein
S: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,3157
ポリマ－139,2196
非ポリマー961
水00
1
A: JC57-14 Heavy chain
B: JC57-14 Light chain
S: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7064
ポリマ－69,6103
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: JC57-14 Heavy chain
L: JC57-14 Light chain
R: Spike glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6103
ポリマ－69,6103
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.580, 148.070, 259.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111(CHAIN B AND (RESID 2 THROUGH 104 OR RESID 107...
211(CHAIN L AND (RESID 2 THROUGH 104 OR RESID 107...

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要素

#1: 抗体 JC57-14 Heavy chain


分子量: 23074.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 JC57-14 Light chain


分子量: 23570.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 22963.977 Da / 分子数: 2 / Fragment: Receptor Binding Domain residues 381-588 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Betacoronavirus England 1 (ウイルス)
遺伝子: S, 3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: K9N5Q8
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 90 mM CHES pH 9.5, 18% PEG 8,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 21926 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 9.96
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZPT

4zpt


解像度: 3.32→42.44 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 971 5.09 %
Rwork0.232 --
obs0.234 19078 80.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 87.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.32→42.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9698 0 5 0 9703
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029948
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57713576
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1865974
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421553
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051727
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプ
11B1839X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12L1839X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3169-3.49170.37250.2995424X-RAY DIFFRACTION13
3.4917-3.71040.3136930.30071705X-RAY DIFFRACTION54
3.7104-3.99670.31431630.26513045X-RAY DIFFRACTION96
3.9967-4.39850.26941700.23143175X-RAY DIFFRACTION100
4.3985-5.03410.2421720.19623223X-RAY DIFFRACTION100
5.0341-6.3390.27611660.23553215X-RAY DIFFRACTION100
6.339-42.44630.2381820.22213320X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8884-0.51580.87621.78360.33760.6098-0.08440.09581.1563-0.16050.24430.3511-0.8001-0.91160.32320.95690.455-0.28550.85160.1411.007852.94223.6772212.7812
21.8495-0.49790.5541.7355-0.07510.8389-0.14520.08010.5485-0.338-0.01220.5497-0.1742-0.13710.09770.51810.3419-0.24291.06070.11180.779250.3548213.7911207.6672
31.14830.028-0.38810.24270.39660.8326-0.02950.11810.7194-0.05370.12580.2657-0.3492-0.48280.26150.75240.5772-0.19961.03840.09370.89350.3352219.9837214.9068
41.97281.7158-0.56781.5075-0.33421.82120.3162-0.35390.10830.42810.055-0.07060.0070.31360.15220.76780.29060.00130.539-0.20230.619560.059208.0626255.3165
51.8054-1.12760.52160.9431-0.53520.33540.04590.16720.3126-0.0381-0.13870.0675-0.357-0.3334-0.54931.03360.520.00220.8512-0.20580.713857.5292216.4454244.3632
61.0735-0.4203-0.58011.19170.5910.71450.2070.13570.1586-0.1107-0.0808-0.0935-0.2315-0.26830.77620.59960.4155-0.08450.7138-0.2940.57961.0329214.0484246.3771
71.8105-1.1453-1.02132.34130.71230.73690.24780.32280.1915-0.1941-0.23850.0632-0.3461-0.31680.04961.18780.476-0.01290.8974-0.34150.79255.6681222.3238250.0221
81.1051-0.3524-0.02731.1535-0.17841.6017-0.05380.0234-0.0042-0.09950.06130.21590.0973-0.2203-0.29680.28030.1075-0.18090.32290.14650.400167.1736198.7712216.2195
91.06360.7746-1.07521.5269-1.07392.3313-0.3706-0.01740.3235-0.12740.16730.09560.0724-0.2507-0.1880.32060.1838-0.10790.45250.03630.514568.8416205.1577208.1631
108.3749-0.02414.74052.5294-0.43196.3891-0.03710.09790.6652-0.04880.0213-0.232-0.3854-0.04980.09510.33130.0779-0.16190.3256-0.0690.412471.431206.5494217.183
110.67030.2627-0.47591.5778-0.99210.78180.07870.40210.0178-0.13450.23430.4050.3598-0.41430.07170.3670.0976-0.04060.37960.00420.267964.4884202.3805219.0933
126.0084-1.3707-1.86112.1576-0.23135.2543-0.1423-0.71420.39260.90130.00231.3875-0.8047-0.849-0.22670.87830.26310.1470.8954-0.30321.081355.2084205.2406250.7586
133.5015-1.8126-2.25751.6381-0.55645.77110.07340.272-0.1440.0028-0.20961.5359-0.5806-1.3454-0.10660.67150.1559-0.0210.7053-0.36621.152256.7021199.7928242.193
142.849-0.46353.51741.1769-0.34544.3896-0.6033-1.1189-0.46950.99890.19481.4614-0.1611-1.22330.84820.90880.2460.47420.7642-0.04271.548651.3591194.8134253.1185
155.6561-2.14310.99642.49941.90693.269-0.119-1.1186-0.11260.86140.23451.01790.3092-0.2980.19030.94050.04330.31920.3883-0.06810.715860.0717194.1605252.3175
163.6239-0.1218-0.45845.28580.32282.7492-0.17020.7932-0.0753-0.2122-0.24380.4238-0.0302-0.90670.04750.40920.22760.0770.5420.00210.340343.616163.7152251.3395
170.72610.7929-0.53721.1007-1.1061.3802-0.29360.6382-0.1198-0.11410.5890.0817-0.0751-0.93330.08760.31950.1287-0.01870.7624-0.08980.302847.6124165.8273238.0174
185.7649-0.01662.49314.4094-1.53193.1123-0.35640.8055-1.833-1.37970.50.28210.952-0.5893-0.16440.9648-0.29330.22460.9757-0.30411.427655.0652165.8093217.3051
193.0191-1.4073-1.60193.9061-0.38483.29860.27530.07340.37980.2001-0.2175-0.2499-0.5650.20080.10830.4754-0.0690.04330.27210.09520.377367.5022177.4697249.2402
202.68740.5437-0.08612.0603-0.88543.5110.42030.08290.00270.0048-0.4347-0.2902-0.34480.16050.33340.42440.02680.0380.17530.05240.248165.6398170.0343256.3356
210.97130.6819-0.0970.815-0.86343.8576-0.1144-0.03580.21570.1103-0.0237-0.11590.19320.59130.28060.45920.12410.04370.24970.01160.375865.6183172.4974246.4275
223.06910.73241.41090.17880.28161.6866-0.15380.4953-0.1197-0.3057-0.02610.60290.1953-0.4284-0.41570.7922-0.1696-0.42210.5573-0.11120.752354.6147178.0655210.2965
231.4950.92750.44291.10650.49312.09660.17920.0745-0.0074-0.3136-0.15890.6598-0.06350.1084-0.63550.5667-0.0591-0.21780.2794-0.12810.461757.4498178.548218.2436
242.6859-1.6325-0.63752.27380.65431.4228-0.3725-0.34140.02790.18880.21840.0925-0.2863-0.72690.1120.6046-0.0330.0550.5834-0.16590.18662.7241185.3065225.662
255.5753-1.8282-0.17255.3838-0.8583.7739-0.0402-0.13-0.91780.10580.10220.97480.1109-1.18020.16350.6346-0.17030.32680.7524-0.18690.612257.0194180.5891222.837
263.3141-1.3244-0.52412.18190.40932.83140.06110.43620.0509-0.7932-0.20641.0903-0.3935-0.86510.92510.7356-0.2135-0.36341.13020.00750.639755.5371189.4918213.4672
273.34220.744-1.11172.4031-0.04350.389-0.21311.0825-0.2061-1.0498-0.16740.40280.1186-0.2026-0.53510.78840.0616-0.0460.5719-0.03510.203264.5041187.0813214.0575
281.228-0.89660.94710.7606-0.37681.724-0.1298-0.19130.6877-0.0271-0.0835-0.4341-0.97030.6349-4.10611.0097-0.59860.27860.6896-0.33270.646261.4794182.7535282.9763
299.2786-0.5435-1.66430.2274-0.14240.5928-0.0734-0.09982.01770.18180.1374-0.5302-1.8970.97690.24481.8141-1.03030.05222.6995-0.29941.252473.1342180.7254294.615
302.17330.2384-0.37851.92721.19023.25410.1581-0.4684-0.04440.0654-0.1519-0.0217-0.00690.3728-0.18650.4509-0.14740.1030.21-0.11460.181857.7086165.8393278.5781
310.2382-0.26990.19922.61921.01320.83080.3395-0.01051.3369-1.0975-0.0251-1.384-1.53941.3162-0.49421.9149-0.09450.85052.3893-0.3922.535278.3067185.7749287.875
325.37090.8456-1.58045.6959-3.63497.27740.0173-0.8575-1.1696-0.616-0.2389-0.25611.63680.0336-0.98730.8482-0.2047-0.33530.86420.39160.718462.5729190.994187.8065
331.91190.2552-3.25351.1117-1.4756.5446-0.4823-0.8295-1.1780.1411-0.2534-0.09320.91850.25930.93350.9772-0.4269-0.06740.80580.30940.674656.7306190.6627175.6239
340.04590.0060.01142.353-2.78913.32810.27061.7039-0.7679-1.59710.26930.76812.4729-0.20660.19181.84820.1718-0.02921.58740.28491.1772.1617185.1149172.9845
351.8984-0.57060.77430.9748-0.45021.6014-0.1639-0.04960.51670.22690.12950.0664-0.1195-0.81950.35940.4729-0.1206-0.17570.81450.32920.306463.5416208.4291185.0665
362.46380.891-1.38181.93130.54741.45651.8045-2.27031.14580.8674-1.09741.44981.137-1.0101-0.48422.1807-0.93960.20981.84390.55532.882774.593180.3227180.873
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 38 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 39 THROUGH 62 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 63 THROUGH 118 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 119 THROUGH 133 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 134 THROUGH 156 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 157 THROUGH 199 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 200 THROUGH 213 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 1 THROUGH 18 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 19 THROUGH 75 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 76 THROUGH 90 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESID 91 THROUGH 113 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'B' AND (RESID 114 THROUGH 139 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'B' AND (RESID 140 THROUGH 186 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'B' AND (RESID 187 THROUGH 197 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'B' AND (RESID 198 THROUGH 214 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'H' AND (RESID 1 THROUGH 71 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'H' AND (RESID 72 THROUGH 142 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'H' AND (RESID 143 THROUGH 213 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'L' AND (RESID 1 THROUGH 18 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'L' AND (RESID 19 THROUGH 75 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'L' AND (RESID 76 THROUGH 113 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN 'L' AND (RESID 114 THROUGH 126 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN 'L' AND (RESID 127 THROUGH 139 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN 'L' AND (RESID 140 THROUGH 150 )
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN 'L' AND (RESID 151 THROUGH 186 )
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN 'L' AND (RESID 187 THROUGH 197 )
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN 'L' AND (RESID 198 THROUGH 214 )
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN 'R' AND (RESID 381 THROUGH 425 )
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN 'R' AND (RESID 426 THROUGH 439 )
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN 'R' AND (RESID 440 THROUGH 576 )
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN 'R' AND (RESID 577 THROUGH 588 )
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN 'S' AND (RESID 381 THROUGH 410 )
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN 'S' AND (RESID 411 THROUGH 426 )
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN 'S' AND (RESID 427 THROUGH 439 )
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN 'S' AND (RESID 440 THROUGH 576 )
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN 'S' AND (RESID 577 THROUGH 588 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る