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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6c65 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Mango-II-A22U Fluorescent Aptamer Bound to TO1-Biotin | ||||||
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![]() | RNA / Fluorescent / Aptamer / G-Quadruplex | ||||||
機能・相同性 | Chem-EKJ / : / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Trachman, R.J. / Ferre-D'Amare, A.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of the Mango-II RNA Aptamer Reveal Heterogeneous Fluorophore Binding and Guide Engineering of Variants with Improved Selectivity and Brightness. 著者: Trachman 3rd., R.J. / Abdolahzadeh, A. / Andreoni, A. / Cojocaru, R. / Knutson, J.R. / Ryckelynck, M. / Unrau, P.J. / Ferre-D'Amare, A.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 57.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 11913.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA was in vitro transcribed / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: RNA鎖 | | 分子量: 11608.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA was in vitro transcribed / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-K / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.12 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 10mM NiCl2, 2.3M Ammonium Formate, 12% glycerol PH範囲: 7.0-7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.722 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→46.3812063611 Å / Num. obs: 9216 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 58.2741228221 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 3.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.956 / Num. unique obs: 1254 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.7768970597 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8000516274→46.3812063611 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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