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- PDB-6c63: Crystal Structure of the Mango-II Fluorescent Aptamer Bound to TO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c63
タイトルCrystal Structure of the Mango-II Fluorescent Aptamer Bound to TO1-Biotin
要素
  • RNA (32-MER)
  • RNA (36-MER)
キーワードRNA / fluorescent / aptamer / G-quadruplex
機能・相同性Chem-EKJ / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.90002801531 Å
データ登録者Trachman, R.J. / Ferre-D'Amare, A.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Crystal Structures of the Mango-II RNA Aptamer Reveal Heterogeneous Fluorophore Binding and Guide Engineering of Variants with Improved Selectivity and Brightness.
著者: Trachman 3rd., R.J. / Abdolahzadeh, A. / Andreoni, A. / Cojocaru, R. / Knutson, J.R. / Ryckelynck, M. / Unrau, P.J. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2018年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (36-MER)
B: RNA (36-MER)
C: RNA (32-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,04314
ポリマ－34,5083
非ポリマー1,53511
水00
1
A: RNA (36-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4615
ポリマ－11,9361
非ポリマー5254
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA (36-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4224
ポリマ－11,9361
非ポリマー4863
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: RNA (32-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1605
ポリマ－10,6361
非ポリマー5254
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.831, 182.412, 107.494
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-104-

K

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要素

#1: RNA鎖 RNA (36-MER)


分子量: 11936.274 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA was prepared by in vitro transcription / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: RNA鎖 RNA (32-MER)


分子量: 10635.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA was prepared by in vitro transcription / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-EKJ / 4-[(3-{2-[(2-methoxyethyl)amino]-2-oxoethyl}-1,3-benzothiazol-3-ium-2-yl)methyl]-1-methylquinolin-1-ium


分子量: 407.529 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25N3O2S
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.94 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 2.45 M Ammonium Formate, 14.5% glycerol, 6.5% D-Sorbitol
PH範囲: 7.0-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.495 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.495 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→91.206 Å / Num. obs: 15464 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 74.48313766 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 2.9→2.99 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Num. unique obs: 1257 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5V3F

5v3f


解像度: 2.90002801531→91.206 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / SU ML: 0.30161926081 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34361859768 / 位相誤差: 24.2447936435
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229552478319 1530 9.89394723228 %10%
Rwork0.185091842879 ---
obs0.189598873662 15464 99.6455957214 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 76.7561539806 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.90002801531→91.206 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2281 95 0 2376
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006540424548172666
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.370248044884152
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541752524783518
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00741684630867111
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.57805569971256
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.99360.2528368600441370.2281005510361257X-RAY DIFFRACTION100
2.9936-3.10060.3489663191921450.2271568363731293X-RAY DIFFRACTION100
3.1006-3.22480.2946370156141390.1956096909161252X-RAY DIFFRACTION99.7847919656
3.2248-3.37160.2336281455381450.1828454930861267X-RAY DIFFRACTION99.366643209
3.3716-3.54930.2670507796981390.1840007534231246X-RAY DIFFRACTION99.3543758967
3.5493-3.77170.2467863331811380.1960387284131257X-RAY DIFFRACTION98.7960339943
3.7717-4.06290.1999845346661390.1843078116221295X-RAY DIFFRACTION99.9303135889
4.0629-4.47180.2550181022291350.1900187644881254X-RAY DIFFRACTION99.7844827586
4.4718-5.11880.233075291431360.1824976613871272X-RAY DIFFRACTION99.8581560284
5.1188-6.44890.1758370634941400.155541233311258X-RAY DIFFRACTION99.5726495726
6.4489-91.25110.2184033673281370.1912686137641283X-RAY DIFFRACTION99.7891777934

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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