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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6c63 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Mango-II Fluorescent Aptamer Bound to TO1-Biotin | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA / fluorescent / aptamer / G-quadruplex | ||||||
機能・相同性 | Chem-EKJ / : / RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.90002801531 Å | ||||||
データ登録者 | Trachman, R.J. / Ferre-D'Amare, A.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018 タイトル: Crystal Structures of the Mango-II RNA Aptamer Reveal Heterogeneous Fluorophore Binding and Guide Engineering of Variants with Improved Selectivity and Brightness. 著者: Trachman 3rd., R.J. / Abdolahzadeh, A. / Andreoni, A. / Cojocaru, R. / Knutson, J.R. / Ryckelynck, M. / Unrau, P.J. / Ferre-D'Amare, A.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6c63.cif.gz | 90.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6c63.ent.gz | 56.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6c63.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/6c63 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/6c63 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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3 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 11936.274 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA was prepared by in vitro transcription / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: RNA鎖 | | 分子量: 10635.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA was prepared by in vitro transcription / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-K / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.94 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 2.45 M Ammonium Formate, 14.5% glycerol, 6.5% D-Sorbitol PH範囲: 7.0-7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.495 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.495 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→91.206 Å / Num. obs: 15464 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 74.48313766 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 4.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→2.99 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Num. unique obs: 1257 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5V3F 解像度: 2.90002801531→91.206 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / SU ML: 0.30161926081 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34361859768 / 位相誤差: 24.2447936435
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 76.7561539806 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.90002801531→91.206 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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