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- PDB-6c5r: Crystal structure of the soluble domain of the mitochondrial calc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c5r
タイトルCrystal structure of the soluble domain of the mitochondrial calcium uniporter
要素calcium uniporter
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


uniporter activity / uniplex complex / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium import into the mitochondrion / calcium channel activity / protein homotetramerization / mitochondrial inner membrane / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Calcium uniporter protein, C-terminal / MCU family / Mitochondrial calcium uniporter
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium uniporter protein, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Metarhizium acridum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.09608311048 Å
データ登録者Fan, C. / Fan, M. / Fastman, N. / Zhang, J. / Feng, L.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: X-ray and cryo-EM structures of the mitochondrial calcium uniporter.
著者: Chao Fan / Minrui Fan / Benjamin J Orlando / Nathan M Fastman / Jinru Zhang / Yan Xu / Melissa G Chambers / Xiaofang Xu / Kay Perry / Maofu Liao / Liang Feng /
要旨: Mitochondrial calcium uptake is critical for regulating ATP production, intracellular calcium signalling, and cell death. This uptake is mediated by a highly selective calcium channel called the ...Mitochondrial calcium uptake is critical for regulating ATP production, intracellular calcium signalling, and cell death. This uptake is mediated by a highly selective calcium channel called the mitochondrial calcium uniporter (MCU). Here, we determined the structures of the pore-forming MCU proteins from two fungi by X-ray crystallography and single-particle cryo-electron microscopy. The stoichiometry, overall architecture, and individual subunit structure differed markedly from those described in the recent nuclear magnetic resonance structure of Caenorhabditis elegans MCU. We observed a dimer-of-dimer architecture across species and chemical environments, which was corroborated by biochemical experiments. Structural analyses and functional characterization uncovered the roles of key residues in the pore. These results reveal a new ion channel architecture, provide insights into calcium coordination, selectivity and conduction, and establish a structural framework for understanding the mechanism of mitochondrial calcium uniporter function.
履歴
登録2018年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年4月24日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: calcium uniporter
B: calcium uniporter
D: calcium uniporter
F: calcium uniporter
H: calcium uniporter
C: calcium uniporter
E: calcium uniporter
G: calcium uniporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,1418
ポリマ－194,1418
非ポリマー00
水00
1
A: calcium uniporter
B: calcium uniporter
H: calcium uniporter
G: calcium uniporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,0714
ポリマ－97,0714
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9750 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area34970 Å2
手法PISA
2
D: calcium uniporter
F: calcium uniporter
C: calcium uniporter
E: calcium uniporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,0714
ポリマ－97,0714
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11170 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area36600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)261.785, 119.921, 88.005
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.887, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
calcium uniporter


分子量: 24267.676 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Metarhizium acridum (strain CQMa 102) (菌類)
株: CQMa 102 / 遺伝子: MAC_01752 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: E9DVV4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M glycine, pH 9.3, 15.5% PEG 4000, and 0.6 M NaNO3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.09608311048→50 Å / Num. obs: 47337 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 97.3071351599 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 3.1→3.17 Å / Num. unique obs: 3153

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.refine1.11.1_2575精密化
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 3.09608311048→42.105090976 Å / SU ML: 0.448428869909 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33787117744 / 位相誤差: 34.267652959
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306400346901 2006 4.24155283968 %
Rwork0.261899995368 45288 -
obs0.263784373481 47294 99.4553445629 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 99.0706387757 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.09608311048→42.105090976 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9966 0 0 0 9966
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033520155158510173
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66007774019413759
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04289025374541534
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005115498047411751
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.635566565716180
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0961-3.17350.3953846292591430.3818206508493032X-RAY DIFFRACTION93.8238770686
3.1735-3.25930.3499480953911390.3713265727013253X-RAY DIFFRACTION99.8822143698
3.2593-3.35510.4032021108081460.3620978899143239X-RAY DIFFRACTION99.9409506938
3.3551-3.46340.366416433031300.3280184269293208X-RAY DIFFRACTION99.9700509134
3.4634-3.58710.3452816646521560.3086010586823227X-RAY DIFFRACTION99.9704491726
3.5871-3.73060.3212794686751410.3063175789483237X-RAY DIFFRACTION99.9408284024
3.7306-3.90030.3258588170111400.2920212236083254X-RAY DIFFRACTION99.8822836963
3.9003-4.10580.3319214628111480.2724020895573249X-RAY DIFFRACTION100
4.1058-4.36280.2772355728911440.2379419643643249X-RAY DIFFRACTION99.9705362404
4.3628-4.69920.3283572945581440.2333675766013221X-RAY DIFFRACTION100
4.6992-5.17130.2953898640891440.2295983914183279X-RAY DIFFRACTION99.9416058394
5.1713-5.91790.2944844893511410.2373268443493261X-RAY DIFFRACTION99.8532433226
5.9179-7.44920.3020323368081460.2568805939313262X-RAY DIFFRACTION99.7950219619
7.4492-42.1090.2579193646691440.2335058670913317X-RAY DIFFRACTION99.4540229885

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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