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- PDB-6c4q: 1.16 Angstrom Resolution Crystal Structure of Acyl Carrier Protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c4q
タイトル1.16 Angstrom Resolution Crystal Structure of Acyl Carrier Protein Domain (residues 1-100) of Polyketide Synthase Pks13 from Mycobacterium tuberculosis
要素Polyketide synthase Pks13
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Acyl Carrier Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. ...: / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyketide synthase Pks13
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.16 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Kiryukhina, O. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.16 Angstrom Resolution Crystal Structure of Acyl Carrier Protein Domain (residues 1-100) of Polyketide Synthase Pks13 from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Kiryukhina, O. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2018年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyketide synthase Pks13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3373
ポリマ－11,1571
非ポリマー1802
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Polyketide synthase Pks13
ヘテロ分子

A: Polyketide synthase Pks13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6746
ポリマ－22,3142
非ポリマー3604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area2560 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area9240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.889, 51.889, 74.427
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Polyketide synthase Pks13


分子量: 11156.786 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-100 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pks13, Rv3800c / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: I6X8D2
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: Protein: 10.4 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3; Screen: AmSO4 (H8) 3.0M Ammonium sulfate, 1% (w/v) MPD. Cryo: Screen + 25% Ethylene Glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月17日 / 詳細: C(111)
放射モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.16→30 Å / Num. obs: 35889 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 10.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.096 / Rsym value: 0.092 / Χ2: 2.131 / Net I/σ(I): 37.4
反射 シェル解像度: 1.16→1.18 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.808 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 1749 / CC1/2: 0.798 / Rpim(I) all: 0.276 / Rrim(I) all: 0.855 / Rsym value: 0.808 / Χ2: 1.003 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.16→26.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 0.783 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.027 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14456 1793 5 %RANDOM
Rwork0.12952 ---
obs0.13029 34027 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 16.387 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.16→26.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数634 0 12 124 770
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.019733
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02708
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3922.0111005
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84731642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2165100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.06924.48329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.87715109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.316156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2117
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0250.021844
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0210.02138
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1312.649379
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1312.675378
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.578486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.577487
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.835354
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.834354
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.121520
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.892891
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.605861
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr11.5233654
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free13.793131
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.7461668
LS精密化 シェル解像度: 1.16→1.19 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 142 -
Rwork0.201 2423 -
obs--99.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.7393-6.2589-3.313711.3472-3.624410.3031-0.3865-0.37420.66330.03910.1668-1.1632-0.50210.64030.21980.131-0.0430.00350.1036-0.0550.15316.36821.89269.5442
20.737-0.03230.27910.15540.13290.2822-0.01920.02610.0097-0.01560.00760.0012-0.02110.00270.01160.0175-0.0010.00060.0198-0.00050.0014-5.855126.05238.0316
30.00980.02770.01630.09670.07430.13310.0010.0042-0.00010.0053-0.0040-0.0061-0.00590.0030.016-0.0005-0.00010.01990.00010.0002-10.713919.986714.429
43.89930.227-0.90641.53531.24691.32220.0014-0.1387-0.07230.1103-0.0148-0.00990.09830.03250.01340.0260.0093-0.00010.02660.00880.00360.635219.346819.8928
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2A17 - 40
3X-RAY DIFFRACTION3A41 - 88
4X-RAY DIFFRACTION4A89 - 95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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