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万見
- PDB-6c3x: Wild type structure of SiRHP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c3x
タイトルWild type structure of SiRHP
要素Sulfite reductase [NADPH] hemoprotein beta-component
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / redox / iron-sulfur cluster / Fe4-S4 cluster / siroheme / iron
機能・相同性
機能・相同性情報


assimilatory sulfite reductase (NADPH) / sulfite reductase (NADPH) activity / sulfite reductase (ferredoxin) activity / sulfite reductase complex (NADPH) / sulfite reductase activity / sulfate assimilation / hydrogen sulfide biosynthetic process / cysteine biosynthetic process / NADP binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...assimilatory sulfite reductase (NADPH) / sulfite reductase (NADPH) activity / sulfite reductase (ferredoxin) activity / sulfite reductase complex (NADPH) / sulfite reductase activity / sulfate assimilation / hydrogen sulfide biosynthetic process / cysteine biosynthetic process / NADP binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sulphite reductase (NADPH) hemoprotein, beta subunit / Sulfite Reductase Hemoprotein;Domain 2 / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain containing protein / Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 2 / Nitrite/sulphite reductase iron-sulphur/sirohaem-binding site / Nitrite and sulfite reductases iron-sulfur/siroheme-binding site. / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain / Nitrite/sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain superfamily / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain ...Sulphite reductase (NADPH) hemoprotein, beta subunit / Sulfite Reductase Hemoprotein;Domain 2 / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain containing protein / Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 2 / Nitrite/sulphite reductase iron-sulphur/sirohaem-binding site / Nitrite and sulfite reductases iron-sulfur/siroheme-binding site. / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain / Nitrite/sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain superfamily / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like half domain / Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 1 / Sulfite Reductase Hemoprotein, domain 1 / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain-like superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / SIROHEME / Sulfite reductase [NADPH] hemoprotein beta-component
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.542 Å
データ登録者Stroupe, M.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1149763 米国
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2018
タイトル: The role of extended Fe4S4cluster ligands in mediating sulfite reductase hemoprotein activity.
著者: Cepeda, M.R. / McGarry, L. / Pennington, J.M. / Krzystek, J. / Stroupe, M.E.
履歴
登録2018年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 2.02023年12月27日Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfite reductase [NADPH] hemoprotein beta-component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4175
ポリマ－64,0151
非ポリマー1,4024
水10,359575
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.794, 77.317, 87.586
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Sulfite reductase [NADPH] hemoprotein beta-component / SiRHP


分子量: 64015.000 Da / 分子数: 1 / 変異: F437A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: cysI, b2763, JW2733 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P17846, assimilatory sulfite reductase (NADPH)

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非ポリマー , 5種, 579分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物 ChemComp-SRM / SIROHEME


分子量: 916.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H44FeN4O16
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.8 / 詳細: 65 mM potassium phosphate, 20% PEG 8000, 1 mM EDTA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→36 Å / Num. obs: 69151 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.2 % / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 3.7 % / Num. unique obs: 6536 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AOP

1aop


解像度: 1.542→35.367 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1709 2000 2.89 %
Rwork0.1524 --
obs0.1529 69107 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.542→35.367 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3643 0 77 575 4295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093976
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5185426
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.6314077
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065585
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007711
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5416-1.58020.21091310.18634367X-RAY DIFFRACTION92
1.5802-1.62290.20821420.16974761X-RAY DIFFRACTION100
1.6229-1.67060.19451420.16214761X-RAY DIFFRACTION100
1.6706-1.72460.19091420.16274768X-RAY DIFFRACTION100
1.7246-1.78620.16461420.15994776X-RAY DIFFRACTION100
1.7862-1.85770.17571430.15184796X-RAY DIFFRACTION100
1.8577-1.94230.17381420.14574762X-RAY DIFFRACTION100
1.9423-2.04460.14631420.15164801X-RAY DIFFRACTION100
2.0446-2.17270.15361430.14864787X-RAY DIFFRACTION100
2.1727-2.34050.16791440.15094838X-RAY DIFFRACTION100
2.3405-2.57590.19181450.15884846X-RAY DIFFRACTION100
2.5759-2.94850.1781440.164850X-RAY DIFFRACTION100
2.9485-3.71420.15791450.14394893X-RAY DIFFRACTION100
3.7142-35.3760.16461530.14395101X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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