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- PDB-6c1c: FGFR1 kinase complex with inhibitor SN37116 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c1c
タイトルFGFR1 kinase complex with inhibitor SN37116
要素Fibroblast growth factor receptor 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / diphosphate metabolic process / regulation of phosphate transport / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / vitamin D3 metabolic process ...Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / diphosphate metabolic process / regulation of phosphate transport / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / vitamin D3 metabolic process / cementum mineralization / positive regulation of MAPKKK cascade by fibroblast growth factor receptor signaling pathway / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / receptor-receptor interaction / response to sodium phosphate / auditory receptor cell development / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development / ventricular zone neuroblast division / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / chordate embryonic development / positive regulation of parathyroid hormone secretion / mesenchymal cell proliferation / paraxial mesoderm development / regulation of postsynaptic density assembly / FGFR1b ligand binding and activation / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / branching involved in salivary gland morphogenesis / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / positive regulation of phospholipase activity / lung-associated mesenchyme development / cell projection assembly / outer ear morphogenesis / embryonic limb morphogenesis / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / skeletal system morphogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / middle ear morphogenesis / ureteric bud development / cardiac muscle cell proliferation / inner ear morphogenesis / phosphatidylinositol-mediated signaling / PI-3K cascade:FGFR1 / midbrain development / positive regulation of stem cell proliferation / Formation of paraxial mesoderm / fibroblast growth factor binding / regulation of cell differentiation / PI3K Cascade / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / epithelial to mesenchymal transition / chondrocyte differentiation / SHC-mediated cascade:FGFR1 / calcium ion homeostasis / cell maturation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR1 in disease / NCAM signaling for neurite out-growth / positive regulation of MAP kinase activity / positive regulation of neuron differentiation / SH2 domain binding / Signal transduction by L1 / stem cell proliferation / skeletal system development / positive regulation of cell differentiation / stem cell differentiation / sensory perception of sound / Negative regulation of FGFR1 signaling / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of neuron projection development / neuron migration / neuron projection development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / MAPK cascade / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / heparin binding
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Immunoglobulin-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YY6 / Fibroblast growth factor receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Yosaatmadja, Y. / Smaill, J.B. / Squire, C.J.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Health Research Council (HRC) ニュージーランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Understanding the structural requirements for covalent inhibition of FGFR1-3
著者: Yosaatmadja, Y. / Squire, C.J. / Patterson, A.V. / Smaill, J.B.
履歴
登録2018年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor receptor 1
B: Fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0685
ポリマ－70,7072
非ポリマー1,3613
水97354
1
A: Fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9862
ポリマ－35,3541
非ポリマー6331
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0823
ポリマ－35,3541
非ポリマー7292
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)213.293, 52.035, 66.045
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor receptor 1 / FGFR-1 / Basic fibroblast growth factor receptor 1 / bFGF-R-1 / Fms-like tyrosine kinase 2 / FLT-2 ...FGFR-1 / Basic fibroblast growth factor receptor 1 / bFGF-R-1 / Fms-like tyrosine kinase 2 / FLT-2 / N-sam / Proto-oncogene c-Fgr


分子量: 35353.613 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 457-763 / 変異: C486A, C582S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR1, BFGFR, CEK, FGFBR, FLG, FLT2, HBGFR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11362, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-YY6 / 7-(cyclohexylamino)-3-(2,6-dichloro-3,5-dimethoxyphenyl)-1-{(3S)-1-[(2E)-4-(dimethylamino)but-2-enoyl]pyrrolidin-3-yl}-3,4-dihydropyrimido[4,5-d]pyrimidin-2(1H)-one


分子量: 632.581 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H39Cl2N7O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% MPEG 5000, 0.1 M sodium cacodylate pH 7.5, 0.2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→19.51 Å / Num. obs: 37994 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.15→2.22 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 3287 / Num. unique obs: 3287 / CC1/2: 0.764 / Rpim(I) all: 0.494 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WUN

4wun


解像度: 2.15→19.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 7.118 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.206 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1889 5 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.228 36092 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 42.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.44 Å20 Å2-0.42 Å2
2--1.43 Å20 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→19.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4155 0 91 54 4300
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.024398
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024167
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3442.0035979
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8683.0069592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7315546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.75524.368174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.00915724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9011525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2669
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214888
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02913
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3424.3392193
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3424.3382192
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.696.482733
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6896.4812734
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3384.4492205
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3344.442202
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.7336.5983240
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.25533.314860
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.24833.314848
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 157 -
Rwork0.311 2648 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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