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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bzq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of halogenase PltM in complex with FAD | ||||||
![]() | Halogenase PltM | ||||||
![]() | FLAVOPROTEIN / Halogenase / Chlorinase / Brominase / Iodinase | ||||||
機能・相同性 | ![]() alkylhalidase / monooxygenase activity / hydrolase activity / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pang, A.H. / Garneau-Tsodikova, S. / Tsodikov, O.V. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Unusual substrate and halide versatility of phenolic halogenase PltM. 著者: Mori, S. / Pang, A.H. / Thamban Chandrika, N. / Garneau-Tsodikova, S. / Tsodikov, O.V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 398.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 323.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 67.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 91.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58349.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal sequence is a cloning tag 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: pltM, PFL_2784 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Tris pH 8, 0.2 M NaBr, 0.1 M CaCl2 and 14% PEG 8000, frozen in same with the exception of using 16% PEG 8000 and 1 mM FAD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 54483 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.81 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Num. unique obs: 3369 / % possible all: 97.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6BZN 解像度: 2.75→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 16.764 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.416 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.39 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.75→35 Å
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拘束条件 |
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