[日本語] English
万見
- PDB-6by7: Folding DNA into a lipid-conjugated nano-barrel for controlled re... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6by7
タイトルFolding DNA into a lipid-conjugated nano-barrel for controlled reconstitution of membrane proteins
要素
  • (DNA (26-MER)) x 5
  • (DNA (32-MER)) x 19
  • (DNA (37-MER)) x 5
  • (DNA (38-MER)) x 2
  • (DNA (40-MER)) x 20
  • (DNA (46-MER)) x 3
  • (DNA (47-MER)) x 3
  • (DNA (48-MER)) x 27
  • (DNA (52-MER)) x 3
  • (DNA (55-MER)) x 3
  • (DNA (56-MER)) x 6
  • (DNA (58-MER)) x 2
  • DNA (27-MER)
  • DNA (29-MER)
  • DNA (35-MER)
  • DNA (36-MER)
  • DNA (4346-MER)
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*AP*CP*GP*GP*CP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*GP*AP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*GP*CP*CP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*AP*TP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*AP*TP*AP*AP*CP*GP*CP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*TP*CP*CP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*CP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*GP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*AP*CP*AP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*CP*CP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*TP*A)-3')
  • DNA (51-MER)
  • DNA (59-MER)
キーワードDNA / DNA nano-barrel DNA origami DNA assembly
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / DNA (> 1000)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Dong, Y. / Chen, S. / Zhang, S. / Sodroski, J. / Yang, Z. / Liu, D. / Mao, Y.
資金援助 中国, 米国, 7件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)11774012 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91530321 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI93256 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI24982 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI100645 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI24755 米国
引用ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2018
タイトル: Folding DNA into a Lipid-Conjugated Nanobarrel for Controlled Reconstitution of Membrane Proteins.
著者: Yuanchen Dong / Shuobing Chen / Shijian Zhang / Joseph Sodroski / Zhongqiang Yang / Dongsheng Liu / Youdong Mao /
要旨: Building upon DNA origami technology, we introduce a method to reconstitute a single membrane protein into a self-assembled DNA nanobarrel that scaffolds a nanodisc-like lipid environment. Compared ...Building upon DNA origami technology, we introduce a method to reconstitute a single membrane protein into a self-assembled DNA nanobarrel that scaffolds a nanodisc-like lipid environment. Compared with the membrane-scaffolding-protein nanodisc technique, our approach gives rise to defined stoichiometry, controlled sizes, as well as enhanced stability and homogeneity in membrane protein reconstitution. We further demonstrate potential applications of the DNA nanobarrels in the structural analysis of membrane proteins.
履歴
登録2017年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7304
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1A: DNA (52-MER)
1B: DNA (55-MER)
1C: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*AP*CP*GP*GP*CP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*C)-3')
1D: DNA (59-MER)
1E: DNA (51-MER)
1F: DNA (46-MER)
1G: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*TP*T)-3')
1H: DNA (48-MER)
1I: DNA (47-MER)
1J: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*AP*TP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*A)-3')
1K: DNA (46-MER)
1L: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*AP*G)-3')
1M: DNA (32-MER)
1O: DNA (40-MER)
1P: DNA (46-MER)
1Q: DNA (37-MER)
1R: DNA (48-MER)
1S: DNA (37-MER)
1T: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*C)-3')
1U: DNA (40-MER)
1V: DNA (26-MER)
1W: DNA (40-MER)
1X: DNA (48-MER)
1Y: DNA (27-MER)
1Z: DNA (26-MER)
1a: DNA (47-MER)
1b: DNA (32-MER)
1c: DNA (40-MER)
1d: DNA (40-MER)
1e: DNA (26-MER)
1f: DNA (40-MER)
1g: DNA (48-MER)
1h: DNA (48-MER)
1i: DNA (48-MER)
1j: DNA (32-MER)
1k: DNA (40-MER)
1l: DNA (48-MER)
1m: DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*T)-3')
1n: DNA (56-MER)
1o: DNA (40-MER)
1p: DNA (40-MER)
1q: DNA (48-MER)
1r: DNA (32-MER)
1s: DNA (32-MER)
1t: DNA (32-MER)
1u: DNA (48-MER)
1v: DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*CP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*A)-3')
1w: DNA (40-MER)
1x: DNA (5'-D(P*GP*AP*CP*AP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*CP*CP*AP*G)-3')
2N: DNA (48-MER)
2A: DNA (40-MER)
2B: DNA (48-MER)
2C: DNA (40-MER)
2D: DNA (29-MER)
2E: DNA (5'-D(P*CP*AP*TP*AP*AP*CP*GP*CP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*TP*T)-3')
2F: DNA (32-MER)
2G: DNA (26-MER)
2H: DNA (40-MER)
2I: DNA (40-MER)
2J: DNA (58-MER)
2K: DNA (52-MER)
2L: DNA (40-MER)
2M: DNA (48-MER)
2O: DNA (48-MER)
2P: DNA (32-MER)
2Q: DNA (58-MER)
2R: DNA (56-MER)
2S: DNA (52-MER)
2T: DNA (37-MER)
2U: DNA (48-MER)
2V: DNA (48-MER)
2W: DNA (32-MER)
2X: DNA (32-MER)
2Y: DNA (48-MER)
2Z: DNA (48-MER)
2a: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*TP*A)-3')
2b: DNA (32-MER)
2c: DNA (32-MER)
2d: DNA (40-MER)
2e: DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*GP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*A)-3')
2f: DNA (32-MER)
2g: DNA (40-MER)
2h: DNA (32-MER)
2i: DNA (32-MER)
2j: DNA (47-MER)
2k: DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*TP*CP*CP*GP*C)-3')
2l: DNA (40-MER)
2m: DNA (48-MER)
2n: DNA (48-MER)
2o: DNA (48-MER)
2p: DNA (56-MER)
2q: DNA (56-MER)
2r: DNA (32-MER)
2s: DNA (48-MER)
2t: DNA (37-MER)
2u: DNA (55-MER)
2v: DNA (48-MER)
2w: DNA (38-MER)
2x: DNA (32-MER)
3N: DNA (4346-MER)
3A: DNA (40-MER)
3B: DNA (40-MER)
3C: DNA (48-MER)
3D: DNA (48-MER)
3E: DNA (48-MER)
3F: DNA (56-MER)
3G: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*CP*CP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*C)-3')
3H: DNA (56-MER)
3I: DNA (36-MER)
3J: DNA (35-MER)
3S: DNA (32-MER)
3K: DNA (48-MER)
3L: DNA (37-MER)
3M: DNA (55-MER)
3O: DNA (48-MER)
3P: DNA (38-MER)
3Q: DNA (26-MER)
3R: DNA (32-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,715,216118
ポリマ－2,715,216118
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
DNA鎖 , 118種, 118分子 1A1B1C1D1E1F1G1H1I1J1K1L1M1O1P1Q1R1S1T1U1V1W1X1Y1Z1a1b1c1d1e...

#1: DNA鎖 DNA (52-MER)


分子量: 16252.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (55-MER)


分子量: 17104.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*AP*CP*GP*GP*CP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*C)-3')


分子量: 4916.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (59-MER)


分子量: 18351.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 DNA (51-MER)


分子量: 15813.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: DNA鎖 DNA (46-MER)


分子量: 14285.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#7: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*TP*T)-3')


分子量: 4849.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#8: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 14657.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#9: DNA鎖 DNA (47-MER)


分子量: 14615.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#10: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*GP*AP*GP*AP*TP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*A)-3')


分子量: 7413.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#11: DNA鎖 DNA (46-MER)


分子量: 14231.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#12: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*AP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*AP*G)-3')


分子量: 4989.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#13: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 9733.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#14: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 12172.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#15: DNA鎖 DNA (46-MER)


分子量: 14264.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#16: DNA鎖 DNA (37-MER)


分子量: 11315.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#17: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 14715.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#18: DNA鎖 DNA (37-MER)


分子量: 11477.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#19: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*C)-3')


分子量: 4803.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#20: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 12405.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#21: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7880.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#22: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 12479.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#23: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 14788.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#24: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8218.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#25: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7996.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#26: DNA鎖 DNA (47-MER)


分子量: 14509.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#27: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 9986.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#28: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 12342.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#29: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 12409.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#30: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7900.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#31: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 12135.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#32: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 14771.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#33: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 14928.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#34: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 14838.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#35: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 9907.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#36: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 12445.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#37: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 14773.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#38: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*T)-3')


分子量: 4945.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#39: DNA鎖 DNA (56-MER)


分子量: 17281.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#40: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 12362.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#41: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 12283.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#42: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 14777.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#43: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 9852.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#44: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 9784.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#45: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 9818.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#46: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 14806.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#47: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*CP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*A)-3')


分子量: 4819.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#48: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 12192.841 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#49: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*AP*CP*AP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*CP*CP*AP*G)-3')


分子量: 4948.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#50: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 11091.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#51: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 9988.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#52: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 14684.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#53: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 7965.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#54: DNA鎖 DNA (29-MER)


分子量: 9809.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#55: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*AP*TP*AP*AP*CP*GP*CP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*TP*T)-3')


分子量: 12293.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#56: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 14877.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#57: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 12357.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#58: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 12160.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#59: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 4937.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#60: DNA鎖 DNA (58-MER)


分子量: 9007.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#61: DNA鎖 DNA (52-MER)


分子量: 7435.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#62: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 9832.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#63: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 7347.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#64: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 8009.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#65: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 12364.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#66: DNA鎖 DNA (58-MER)


分子量: 12319.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#67: DNA鎖 DNA (56-MER)


分子量: 12368.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#68: DNA鎖 DNA (52-MER)


分子量: 17934.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#69: DNA鎖 DNA (37-MER)


分子量: 7433.815 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#70: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 15962.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#71: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 12291.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#72: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 14855.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#73: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 14691.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#74: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 9875.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#75: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 12324.960 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#76: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*TP*A)-3')


分子量: 17768.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#77: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 17303.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#78: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 13770.925 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#79: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 16155.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#80: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*GP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*A)-3')


分子量: 11523.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#81: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 14698.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#82: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 14644.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#83: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 17385.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#84: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 9924.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#85: DNA鎖 DNA (47-MER)


分子量: 4913.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#86: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*TP*CP*CP*GP*C)-3')


分子量: 9818.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#87: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 14749.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#88: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 14807.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#89: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 4896.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#90: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 9853.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#91: DNA鎖 DNA (56-MER)


分子量: 9889.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#92: DNA鎖 DNA (56-MER)


分子量: 12166.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#93: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 7313.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#94: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 9853.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#95: DNA鎖 DNA (37-MER)


分子量: 12388.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#96: DNA鎖 DNA (55-MER)


分子量: 9826.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#97: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 9836.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#98: DNA鎖 DNA (38-MER)


分子量: 14612.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#99: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 4828.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#100: DNA鎖 DNA (4346-MER)


分子量: 1340942.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#101: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 12622.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#102: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 12315.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#103: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 14785.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#104: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 15025.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#105: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 14902.565 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#106: DNA鎖 DNA (56-MER)


分子量: 17068.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#107: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*GP*CP*CP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*C)-3')


分子量: 4913.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#108: DNA鎖 DNA (56-MER)


分子量: 17208.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#109: DNA鎖 DNA (36-MER)


分子量: 11087.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#110: DNA鎖 DNA (35-MER)


分子量: 10756.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#111: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 9864.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#112: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 14853.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#113: DNA鎖 DNA (37-MER)


分子量: 11450.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#114: DNA鎖 DNA (55-MER)


分子量: 16991.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#115: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 14817.581 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#116: DNA鎖 DNA (38-MER)


分子量: 11806.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#117: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 8088.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#118: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 10016.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: DNA nano-barrel / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#100 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 23500 X / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 180 K / 最低温度: 180 K
撮影電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 30

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 108931 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る