[日本語] English
万見
- PDB-6bwo: LarC2, the C-terminal domain of a cyclometallase involved in the ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bwo
タイトルLarC2, the C-terminal domain of a cyclometallase involved in the synthesis of the NPN cofactor of lactate racemase, apo form
要素Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide nickel insertion protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Lar / nickel transferase / LarC / hexamer / trimer / CTP / nickel / lactate / lactate racemization / lactate racemase
機能・相同性pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide nickel chelatase / Nickel insertion protein / Nickel insertion protein / nickel cation binding / protein maturation / lyase activity / Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide nickel insertion protein
機能・相同性情報
生物種Lactobacillus plantarum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Fellner, M. / Desguin, B. / Hausinger, R.P. / Hu, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1516126 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Biosynthesis of the nickel-pincer nucleotide cofactor of lactate racemase requires a CTP-dependent cyclometallase.
著者: Desguin, B. / Fellner, M. / Riant, O. / Hu, J. / Hausinger, R.P. / Hols, P. / Soumillion, P.
履歴
登録2017年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id
改定 1.22018年8月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.62024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide nickel insertion protein
B: Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide nickel insertion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6382
ポリマ－33,6382
非ポリマー00
水1,76598
1
A: Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide nickel insertion protein
B: Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide nickel insertion protein

A: Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide nickel insertion protein
B: Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide nickel insertion protein

A: Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide nickel insertion protein
B: Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide nickel insertion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,9156
ポリマ－100,9156
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z+1/2,-x+1/2,-y1
crystal symmetry operation12_554-y+1/2,-z,x-1/21
Buried area24400 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area31340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.900, 96.900, 96.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-538-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21(chain B and ((resid 272 through 273 and (name N...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR

Dom-IDComponent-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNchain AAA272 - 4151 - 144
21ALAALA(chain B and ((resid 272 through 273 and (name N...BB272 - 2731 - 2
22GLNGLN(chain B and ((resid 272 through 273 and (name N...BB272 - 4151 - 144
23GLNGLN(chain B and ((resid 272 through 273 and (name N...BB272 - 4151 - 144
24GLNGLN(chain B and ((resid 272 through 273 and (name N...BB272 - 4151 - 144
25GLNGLN(chain B and ((resid 272 through 273 and (name N...BB272 - 4151 - 144

-
要素

#1: タンパク質 Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide nickel insertion protein / P2TMN nickel insertion protein / Lactate racemase accessory protein LarC / Lactate racemase ...P2TMN nickel insertion protein / Lactate racemase accessory protein LarC / Lactate racemase activation protein LarC / Lactate racemase maturation protein LarC / Lactate racemization operon protein LarC / Nickel-pincer cofactor biosynthesis protein LarC


分子量: 16819.143 Da / 分子数: 2 / 断片: LarC2 domain of LarC / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア)
プラスミド: pET-22b_pGIR051 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: F9UST1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.43 % / Mosaicity: 0.14 °
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.13 ul ~13 mg/ml LarC (100 mM Tris-HCl pH 7.5, 300 mM NaCl) mixed with 0.13 ul of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 100 ul of 0.15 M DL-Malic acid, 20% w/v Polyethylene ...詳細: 0.13 ul ~13 mg/ml LarC (100 mM Tris-HCl pH 7.5, 300 mM NaCl) mixed with 0.13 ul of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 100 ul of 0.15 M DL-Malic acid, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350. Crystal grew within a week. The crystal was soaked for 1 minute in 25% Polyethylene glycol 400, 75% reservoir solution.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.127 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: l,-k,h / Fraction: 0.49
反射解像度: 2.03→43.33 Å / Num. obs: 19861 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 124437
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.03-2.086.20.90814400.5530.3950.99297.8
9.07-43.335.80.0392490.9980.0170.04397

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.79 Å39.56 Å
Translation4.79 Å39.56 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS2.99データ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
PHENIX1.12-2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in house SAD model

解像度: 2.03→39.559 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.37 / 位相誤差: 19.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1935 3823 10.12 %
Rwork0.1395 --
obs0.1519 18884 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 89.91 Å2 / Biso mean: 34.9423 Å2 / Biso min: 15.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.03→39.559 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2280 0 0 98 2378
Biso mean---38.41 -
残基数----288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092320
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9113155
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054373
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006404
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.7081399
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1350X-RAY DIFFRACTION6.711TORSIONAL
12B1350X-RAY DIFFRACTION6.711TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0302-2.06520.26781820.2521714189690
2.0652-2.10280.27911930.23711735192889
2.1028-2.14320.29531780.23381690186890
2.1432-2.1870.27671890.22121677186689
2.187-2.23450.26491820.21931703188589
2.2345-2.28650.24821860.21151663184989
2.2865-2.34360.23111850.19311689187490
2.3436-2.4070.26441970.19721740193790
2.407-2.47780.2521890.19121685187490
2.4778-2.55780.21621840.18181712189690
2.5578-2.64910.21062000.17791715191590
2.6491-2.75520.23711960.17031716191290
2.7552-2.88050.17931880.14791686187490
2.8805-3.03230.19411950.14541719191490
3.0323-3.22210.21591920.13741715190790
3.2221-3.47070.18271900.12131687187790
3.4707-3.81960.17971970.11251696189388
3.8196-4.37130.17991770.10531612178986
4.3713-5.50370.14981920.0941717190990
5.5037-34.26420.19132010.13971694189589
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4021-1.0340.39740.8703-1.0795.8345-0.0955-0.0357-0.07830.12430.08830.1181-0.0666-0.16230.01320.1658-0.03240.02830.1190.0080.212934.30730.3441-0.3949
21.28640.27960.48140.56-0.69532.94890.0378-0.2086-0.07490.09120.02660.09780.0867-0.1261-0.08780.1730.01510.05140.1720.01250.197338.2255-3.67684.1217
36.4493-2.7002-0.21413.80611.20292.75220.133-0.229-0.01620.48440.00250.13610.1061-0.2611-0.13430.3687-0.04030.03010.35660.01430.223539.010522.49718.6695
48.75712.81761.11089.38540.17845.7525-0.00440.1920.48840.07760.18720.3353-0.01620.2933-0.20290.23260.03630.03670.35730.01590.235228.839828.540511.9834
53.6009-1.707-0.2252.8957-1.05363.3741-0.12850.2378-0.0801-0.02450.09360.0524-0.2354-0.17520.02290.22240.00750.04190.1906-0.01420.189725.53323.0972-11.8826
66.5207-0.74730.48920.6886-0.2020.9941-0.0755-0.1355-0.02970.050.0780.1438-0.0385-0.06810.00820.223-0.0056-0.00380.1562-0.00890.171828.643320.5614-6.2518
72.14512.10240.91572.51371.33181.91930.04140.00230.22720.04370.00450.3336-0.2081-0.087-0.03660.20780.03080.02950.18450.01940.253420.842826.3517-11.8579
82.65620.9181.45474.3645-3.73177.0902-0.2833-0.0122-0.09870.22190.10890.2393-0.17-0.35330.12980.20880.05010.04620.2755-0.03080.26728.235-0.674-11.7402
96.64260.18321.12189.03311.24224.7706-0.01780.22130.03470.15760.0588-0.43970.36650.1462-0.00370.18170.010.0340.28170.03750.198814.3298-6.5889-0.9519
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 272 through 316 )A272 - 316
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 317 through 357 )A317 - 357
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 358 through 387 )A358 - 387
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 388 through 415 )A388 - 415
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 272 through 287 )B272 - 287
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 288 through 327 )B288 - 327
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 328 through 357 )B328 - 357
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 358 through 387 )B358 - 387
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 388 through 415 )B388 - 415

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る