[日本語] English
万見
- PDB-6bui: Crystal structure of a membrane protein, crystal form III -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bui
タイトルCrystal structure of a membrane protein, crystal form III
要素Integral membrane protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lipoteichoic acid biosynthetic process / acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
D-alanyl transfer protein DltB / Alginate O-acetyltransferase AlgI/D-alanyl transfer protein DltB / : / Membrane bound O-acyl transferase, MBOAT / MBOAT, membrane-bound O-acyltransferase family
類似検索 - ドメイン・相同性
Teichoic acid D-alanyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Ma, D. / Wang, Z. / Xu, W.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of a membrane-bound O-acyltransferase.
著者: Ma, D. / Wang, Z. / Merrikh, C.N. / Lang, K.S. / Lu, P. / Li, X. / Merrikh, H. / Rao, Z. / Xu, W.
履歴
登録2017年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.formula_weight
改定 1.22018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Integral membrane protein
A: Integral membrane protein
B: Integral membrane protein
D: Integral membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,7694
ポリマ－200,7694
非ポリマー00
水00
1
C: Integral membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1921
ポリマ－50,1921
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Integral membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1921
ポリマ－50,1921
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Integral membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1921
ポリマ－50,1921
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Integral membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1921
ポリマ－50,1921
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)140.182, 242.062, 96.235
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21A
12C
22B
13C
23D
14A
24B
15A
25D
16B
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 414 / Label seq-ID: 1 - 414

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11CA
21AB
12CA
22BC
13CA
23DD
14AB
24BC
15AB
25DD
16BC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Integral membrane protein / D-alanyl-lipoteichoic acid biosynthesis protein DltB


分子量: 50192.363 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
遺伝子: dltB, stu0762 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5M4V4

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.64 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100mM HEPES pH7.5, 200mM sodium citrate tribasic dihydrate, 3% (w/v) 1,5-diaminopentane dihydrochloride, 27% (w/v) PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.27→121.31 Å / Num. obs: 47040 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 3.3→3.4 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4083 / CC1/2: 0.563 / Rsym value: 1.203 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BUG

6bug


解像度: 3.27→121.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 81.579 / SU ML: 0.561 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.548
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3003 2434 4.9 %RANDOM
Rwork0.2802 ---
obs0.2812 47040 96.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 327.69 Å2 / Biso mean: 151.657 Å2 / Biso min: 79.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.5 Å20 Å20 Å2
2--0.23 Å20 Å2
3----13.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.27→121.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13792 0 0 0 13792
残基数----1656
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0214224
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.41.94819244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.58851652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.79122.436624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.443152468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5041572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.22080
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02110604
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11C293420.04
12A293420.04
21C293660.04
22B293660.04
31C292120.04
32D292120.04
41A293340.03
42B293340.03
51A292060.04
52D292060.04
61B292300.04
62D292300.04
LS精密化 シェル解像度: 3.275→3.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 167 -
Rwork0.398 3060 -
all-3227 -
obs--86.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.91070.25140.08560.9380.33490.72080.07180.1887-0.12120.17260.02280.0543-0.05530.1805-0.09460.15280.0292-0.08520.1827-0.04430.6407-41.837513.1026-17.7277
21.2589-0.8317-0.21481.57160.07690.1119-0.06320.15680.17350.05990.0597-0.08890.13530.00140.00350.26390.14860.02770.257-0.01550.5085-47.233-38.1532-27.8656
30.4925-0.28870.36550.59410.06571.36960.0651-0.0026-0.1468-0.2157-0.0071-0.0381-0.4120.1497-0.05810.51540.17780.15120.26590.02180.4356-29.7899-55.7189-67.7556
40.17720.28820.28550.6422-0.07012.77810.15240.144-0.09770.56290.47950.0364-0.6953-0.7374-0.63190.84740.61940.43910.59010.25410.477417.9175-25.8744-76.0978
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C1 - 414
2X-RAY DIFFRACTION2A1 - 414
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 414
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 414

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る