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- PDB-6bt4: Crystal structure of the SLH domain of Sap from Bacillus anthraci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bt4
タイトルCrystal structure of the SLH domain of Sap from Bacillus anthracis in complex with a pyruvylated SCWP unit
要素S-layer protein sap
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / S-layer homology domain / Secondary cell wall polysaccharide / cell wall / anthrax / S-layer
機能・相同性
機能・相同性情報


S-layer / extracellular region
類似検索 - 分子機能
SbsA, Ig-like domain / Bacterial Ig-like domain / : / S-layer homology domain / S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain 2 / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain, group 2
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KPM / S-layer protein sap
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.306 Å
データ登録者Sychantha, D. / Chapman, R.N. / Bamford, N.C. / Boons, G.J. / Howell, P.L. / Clarke, A.J.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)TGC 114045 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP 43998 カナダ
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Molecular Basis for the Attachment of S-Layer Proteins to the Cell Wall of Bacillus anthracis.
著者: Sychantha, D. / Chapman, R.N. / Bamford, N.C. / Boons, G.J. / Howell, P.L. / Clarke, A.J.
履歴
登録2017年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-layer protein sap
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8694
ポリマ－22,1821
非ポリマー6873
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.560, 76.560, 97.379
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

HOH

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要素

#1: タンパク質 S-layer protein sap / Surface array protein / Surface layer protein


分子量: 22182.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: sap, BA_0885, GBAA_0885, BAS0841 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49051
#2: 化合物 ChemComp-KPM / 2-(acetylamino)-4-O-{2-(acetylamino)-4,6-O-[(1S)-1-carboxyethylidene]-2-deoxy-beta-D-mannopyranosyl}-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


分子量: 494.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C19H30N2O13 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.76 % / 解説: bipyrimidal
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 2.0 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9996 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9996 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.32 Å / Num. obs: 13241 / % possible obs: 99.41 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05345 / Net I/σ(I): 21.29
反射 シェル解像度: 2.3→2.39 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 3.95 / Num. unique obs: 1272 / % possible all: 97.92

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
XDSdata processing
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PYW

3pyw


解像度: 2.306→47.316 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.65
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2182 1326 10.02 %
Rwork0.1848 --
obs0.1881 13236 99.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.306→47.316 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1261 0 44 31 1336
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081330
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0951804
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.528497
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04205
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004225
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3063-2.39860.29171440.23151282X-RAY DIFFRACTION98
2.3986-2.50780.26011420.19511280X-RAY DIFFRACTION100
2.5078-2.640.23031470.19661321X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.80530.24741430.20421299X-RAY DIFFRACTION100
2.8053-3.02190.26371470.23191315X-RAY DIFFRACTION100
3.0219-3.3260.26311450.21641322X-RAY DIFFRACTION100
3.326-3.8070.20271480.16321320X-RAY DIFFRACTION100
3.807-4.79570.18131500.15271352X-RAY DIFFRACTION99
4.7957-47.32580.20461600.18581419X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.7375-5.3554.98495.0664-4.86384.72650.0672-0.81741.38010.8491-0.1662-0.7656-0.5630.55460.26610.46170.03090.00950.6025-0.09290.52256.1674-9.5433-5.8486
29.12772.73992.36437.2245-0.83260.98990.4358-1.39730.38430.7197-0.27660.1197-0.04-0.1182-0.15270.490.01020.14370.63790.0110.3942-5.1374-16.2212-8.9443
34.04265.86521.03129.4289-0.4874.46890.9957-1.72161.05760.3556-1.25241.6686-0.4987-0.20270.10710.45230.02780.13550.7003-0.01370.9474-19.7234-9.2742-11.741
45.9028-1.02110.3687.60261.25334.5326-0.03220.27540.253-0.09920.09750.26960.1007-0.3525-0.07420.26470.00210.07060.35540.10310.3976-15.7707-20.562-15.522
56.4199-0.0278-2.76786.1162-0.06427.5032-0.1290.13670.0529-0.28680.13920.5353-0.0199-0.40710.00810.2936-0.0146-0.01150.34440.04260.2987-0.5097-14.0923-27.1873
62.0725-0.75350.3166.31722.36292.4367-0.2760.2275-0.5797-0.3687-0.09480.51030.3984-0.2810.39710.48750.02010.11130.4720.00330.52082.145-22.1421-29.6051
75.5135-1.8163-4.66029.70931.55843.9917-0.1797-0.4218-0.7308-0.5304-0.3663-0.72350.60980.84430.56270.41270.10320.02620.48710.03470.49716.4247-22.2333-20.8339
88.47592.6671-1.16744.0903-5.99619.93-0.0811-0.03020.1679-0.00120.18970.01180.17560.1215-0.14650.35390.03630.10040.35460.00240.35931.4246-9.7638-15.5742
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 38 through 52 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 53 through 82 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 83 through 92 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 93 through 130 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 131 through 156 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 157 through 174 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 175 through 192 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 193 through 209 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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