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- PDB-6brt: F-box protein CTH with hydrolase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6brt
タイトルF-box protein CTH with hydrolase
要素D3-CTH-D14-D-ring
キーワードLIGASE / Ubiquitin ligase / F-box
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to strigolactone / strigolactone biosynthetic process / secondary shoot formation / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Strigolactone esterase D14 family / Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(5R)-5-hydroxy-3-methylfuran-2(5H)-one / AB hydrolase-1 domain-containing protein / AB hydrolase-1 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza glumipatula (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.393 Å
データ登録者Shabek, N. / Zheng, N. / Mao, H. / Hinds, T.R. / Ticchiarelli, F. / Leyser, O.
引用ジャーナル: Nature / : 2018
タイトル: Structural plasticity of D3-D14 ubiquitin ligase in strigolactone signalling.
著者: Shabek, N. / Ticchiarelli, F. / Mao, H. / Hinds, T.R. / Leyser, O. / Zheng, N.
履歴
登録2017年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年12月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D3-CTH-D14-D-ring
B: D3-CTH-D14-D-ring
C: D3-CTH-D14-D-ring
D: D3-CTH-D14-D-ring
E: D3-CTH-D14-D-ring
F: D3-CTH-D14-D-ring
G: D3-CTH-D14-D-ring
H: D3-CTH-D14-D-ring
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,2569
ポリマ-250,1428
非ポリマー1141
9,872548
1
A: D3-CTH-D14-D-ring
E: D3-CTH-D14-D-ring
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6503
ポリマ-62,5362
非ポリマー1141
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: D3-CTH-D14-D-ring
G: D3-CTH-D14-D-ring


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5362
ポリマ-62,5362
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: D3-CTH-D14-D-ring
D: D3-CTH-D14-D-ring


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5362
ポリマ-62,5362
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
F: D3-CTH-D14-D-ring
H: D3-CTH-D14-D-ring


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5362
ポリマ-62,5362
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)183.843, 183.843, 153.662
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

#1: タンパク質
D3-CTH-D14-D-ring


分子量: 31267.793 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza glumipatula (植物) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): k-12 / 参照: UniProt: A0A0D9Z3L0, UniProt: A0A0D9Z3K8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-H3M / (5R)-5-hydroxy-3-methylfuran-2(5H)-one / (R)-3-メチル-5-ヒドロキシフラン-2(5H)-オン


分子量: 114.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C5H6O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 548 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.15 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.02 M amino acid mixture (Glu, Ala, Gly, Lys, and Ser); imidazole; 0.1 M MES monohydrate, pH 6.5, 40% glycerol, 20% PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.393→44.158 Å / Num. obs: 115751 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 26.31 Å2 / Rsym value: 0.172 / Net I/σ(I): 60.1
反射 シェル解像度: 2.393→2.479 Å / Rsym value: 0.699

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.393→44.158 Å / FOM work R set: 0.7001 / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 1990 1.72 %
Rwork0.2473 113562 -
obs0.2483 115552 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 157.76 Å2 / Biso mean: 32.1 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.393→44.158 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16607 0 8 551 17166
Biso mean--38.63 24.12 -
残基数----2161
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00916981
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08923146
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452690
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043000
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3546013
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3926-2.45250.35541390.29717948808798
2.4525-2.51880.3161460.279181378283100
2.5188-2.59290.3671380.278280398177100
2.5929-2.67660.34541430.272481028245100
2.6766-2.77220.35621440.277680948238100
2.7722-2.88320.31391410.273481298270100
2.8832-3.01440.34551430.268680958238100
3.0144-3.17320.32021420.266281108252100
3.1732-3.3720.3461440.258881288272100
3.372-3.63220.33031420.245481128254100
3.6322-3.99750.28261450.242581428287100
3.9975-4.57550.24241420.213581288270100
4.5755-5.76260.30181410.221781868327100
5.7626-44.16520.23761400.21278212835299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9488-0.66950.05470.42570.20180.4687-0.19490.4034-0.090.11130.0654-0.9842-0.58550.93730.13370.1986-0.1009-0.07480.58130.02620.6027146.3471167.140424.1303
21.33190.3878-0.22292.2519-0.73692.56340.01260.0658-0.1310.0903-0.11070.01710.02910.28480.07710.12620.0409-0.00860.0595-0.00930.1077128.6079160.312726.5176
31.7507-0.70160.44441.7561-0.21971.2294-0.14430.63880.2283-0.4278-0.032-0.4762-0.14420.74180.05530.04050.07670.14550.24090.11640.1803134.7537165.347812.928
41.1682-0.8868-0.56931.5143-0.35180.5774-0.13060.1804-0.123-0.09920.04930.03970.0571-0.14870.07730.138-0.00710.03030.1292-0.02010.084119.5416158.562911.6177
51.5723-0.228-0.84940.65410.78311.8047-0.06710.3399-0.3306-0.0747-0.11330.06910.188-0.09750.06080.26850.02010.06050.10330.02090.169122.1827146.400920.3989
63.2244-4.02050.51085.3049-0.95360.3143-0.35860.0870.92950.21130.2286-0.0316-0.6273-0.26580.00190.8160.03150.06730.4002-0.050.6459116.1529133.785213.6104
70.47230.7958-0.52161.91540.26352.0104-0.15040.1015-0.0361-0.16710.15020.0158-0.0212-0.3095-0.01690.36610.016-0.04720.2154-0.02640.2784120.2937111.57369.5153
83.06531.14731.43931.86320.30653.2254-0.10750.12120.33570.15790.02640.1762-0.222-0.1544-0.01340.3840.11150.0550.23830.05790.3048121.6144114.088911.153
93.4861-1.21830.71041.228-0.84471.2464-0.2092-0.0735-0.01520.31580.09050.1015-0.3170.08670.10660.38080.05940.00120.2463-0.07840.3679121.8904119.384423.9879
102.4842-0.29290.51332.2218-0.42712.3235-0.0929-0.109-0.12410.2733-0.09980.11250.2471-0.01260.13530.43750.08080.07820.2522-0.05110.3484113.989105.800325.3537
111.5921-0.01350.21970.74241.12571.57030.0196-0.365-0.00620.55540.20020.06590.66870.2319-0.07320.54070.1647-0.09260.3253-0.0260.3172134.193597.110627.5707
121.86510.20760.04110.0740.38710.8929-0.139-0.101-0.23630.33910.1507-0.0460.27460.179-0.05750.40410.0451-0.01630.26040.00110.3445127.247103.740823.3738
131.64710.4246-1.09780.8141.15132.4825-0.19580.0182-0.26370.2848-0.00330.00820.4592-0.26680.20140.4641-0.06320.03720.3139-0.01890.3677111.592299.206916.3288
141.03090.4965-0.22412.08960.15532.33040.02190.09560.0617-0.0926-0.06840.2049-0.1982-0.53740.04930.252-0.0226-0.01350.4635-0.07640.3074167.3494193.457210.5126
151.74480.3150.16250.621-0.30491.41060.0438-0.39930.49330.1996-0.21480.19810.0127-0.16270.15480.30180.0356-0.01180.6107-0.13010.4531165.9199195.708719.8785
162.3163-0.14540.82260.31850.61371.1745-0.0307-0.0038-0.16180.1381-0.02490.1-0.0019-0.28380.01950.308-0.04680.01030.445-0.05120.354172.7594181.094425.0351
170.87420.8420.04091.22620.26171.86450.0503-0.1241-0.14660.0055-0.06760.37350.0479-0.3044-0.04490.2486-0.05720.00710.6337-0.05850.3947157.6275179.836118.379
181.1199-0.73250.14171.7214-0.0321.63560.06680.10440.2956-0.0534-0.12650.0485-0.2109-0.07230.08190.311-0.01690.03330.37870.01960.3579175.7661197.7315-4.0962
192.14660.55810.30381.51950.49870.72880.1160.0384-0.2039-0.2401-0.1266-0.2128-0.21020.1068-0.03680.3287-0.0178-0.0010.36640.03090.2835182.1412187.5689-11.4035
201.5480.0275-0.95381.1357-0.61461.5584-0.10550.12830.0397-0.2652-0.0536-0.2468-0.00070.24280.14850.3143-0.01270.01330.41920.07110.3284190.5726190.7907-8.6738
211.7658-0.45010.03851.5112-0.112.4890.12650.03560.14270.0168-0.08090.0112-0.11470.28130.00220.0455-0.0170.03490.09450.00830.1032127.9528172.453135.8607
221.3449-0.4332-0.30242.3838-0.41521.44640.0062-0.4290.05490.1521-0.0748-0.0262-0.11330.23380.03460.0824-0.0641-0.0620.11-0.05020.1503126.0774176.922549.7214
231.3267-0.69570.75652.1597-1.8041.78280.0576-0.0210.1149-0.17790.01440.0750.0450.0669-0.06740.1034-0.0182-0.01610.0801-0.01410.1223113.2888162.218548.7951
240.81270.22740.70251.00430.4022.93660.1397-0.06740.247-0.0209-0.09350.078-0.0972-0.21280.02920.0983-0.01460.01510.0884-0.0440.1878115.1876183.615543.6614
252.51530.24241.14621.7532-0.34383.16850.13260.3444-0.2350.12340.09660.35950.1259-0.0019-0.12890.27320.05670.0470.3023-0.06260.356997.604383.5882-13.4403
262.6476-0.323-0.68043.71911.80864.78250.2425-0.09790.0794-0.1940.12970.18230.2015-0.2659-0.25030.32290.0659-0.03240.27350.00790.3356100.953578.1669-19.7106
271.86430.68680.54821.2480.01070.9208-0.0201-0.2670.12150.4496-0.06590.4805-0.2066-0.40650.09960.4505-0.0280.15940.3956-0.08940.485796.629886.7046-2.5746
282.89420.09850.61922.0371-0.21661.9487-0.2329-0.2187-0.16770.2565-0.26710.0036-0.10720.21380.26720.4105-0.03730.070.52510.02780.3699102.776672.1111-0.3201
291.13270.7891-0.23852.16660.35822.73460.1198-0.3294-0.01880.3682-0.07050.1678-0.00050.3534-0.0820.38960.00420.00180.4066-0.08150.3242120.948684.14210.189
301.27350.8968-0.29572.6971-0.32281.0320.1114-0.1662-0.09250.31960.1276-0.1271-0.25270.1091-0.14450.3393-0.0273-0.0150.416-0.02140.3235110.38582.9886-1.2312
311.37570.264-1.62881.8357-0.77272.790.2001-0.3291-0.34010.285-0.09320.09490.20950.3607-0.11450.36690.01790.00260.38140.01460.4037107.365466.7793-9.351
324.5677-0.65560.8811.713-0.63664.2757-0.1890.14790.87860.1383-0.1834-0.1266-0.33370.08910.22910.43810.0254-0.02040.2360.00450.3373129.9929122.23321.2582
331.4364-0.45330.14411.77670.12971.9314-0.02450.07830.2537-0.1361-0.0371-0.0408-0.3283-0.06760.05040.45130.00440.03810.28340.01740.3165133.0814118.8197-6.4077
342.63840.58620.47681.8818-0.216-0.0590.0490.2715-0.2954-0.1754-0.0712-0.2038-0.05170.1283-0.04590.37060.04170.03050.3266-0.02170.3065134.4188102.7199-14.9475
350.8679-0.2739-0.42621.1741-0.35091.9774-0.0813-0.07920.0052-0.2843-0.0344-0.51860.03120.35220.07070.38750.02380.00950.33480.03620.4149147.9811111.0352-4.6401
362.09380.5241-0.24141.50570.01542.02830.01790.0870.1944-0.0911-0.04350.15630.1451-0.13330.0580.32450.09280.00420.30770.00710.3301100.352391.872-29.634
371.4741-0.15340.17212.65680.29210.6665-0.07790.11620.12880.00440.0128-0.2358-0.20090.01720.03320.34730.0808-0.01330.3164-0.00370.2873112.484392.7403-36.9733
380.4599-0.06380.12021.483-0.60140.8535-0.01280.03660.162-0.1595-0.0907-0.1407-0.16970.12760.06750.3330.0221-0.01730.2883-0.01540.3309113.6485100.4824-34.2815
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -16 through 16 )A-16 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 60 )A17 - 60
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 61 through 90 )A61 - 90
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 91 through 205 )A91 - 205
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 206 through 268 )A206 - 268
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid -16 through 9 )B-16 - 9
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 10 through 41 )B10 - 41
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 42 through 60 )B42 - 60
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 61 through 90 )B61 - 90
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 91 through 137 )B91 - 137
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 138 through 164 )B138 - 164
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 165 through 205 )B165 - 205
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 206 through 268 )B206 - 268
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 4 through 41 )C4 - 41
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 42 through 109 )C42 - 109
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 110 through 196 )C110 - 196
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 197 through 268 )C197 - 268
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 4 through 85 )D4 - 85
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 86 through 183 )D86 - 183
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 184 through 268 )D184 - 268
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 3 through 60 )E3 - 60
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 61 through 137 )E61 - 137
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 138 through 195 )E138 - 195
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 196 through 268 )E196 - 268
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 4 through 31 )F4 - 31
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 32 through 51 )F32 - 51
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 52 through 90 )F52 - 90
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 91 through 137 )F91 - 137
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 138 through 168 )F138 - 168
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 169 through 205 )F169 - 205
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 206 through 268 )F206 - 268
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'G' and (resid 4 through 25 )G4 - 25
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 26 through 120 )G26 - 120
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 121 through 205 )G121 - 205
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid 206 through 268 )G206 - 268
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'H' and (resid 4 through 85 )H4 - 85
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'H' and (resid 86 through 181 )H86 - 181
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'H' and (resid 182 through 268 )H182 - 268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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