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- PDB-6bqu: Human GR (418-507) in complex with monomeric DNA binding site -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bqu
タイトルHuman GR (418-507) in complex with monomeric DNA binding site
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*CP*TP*AP*GP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*T)-3')
  • Glucocorticoid receptor
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Glucocorticoid receptor Monomeric binding site / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / glucocorticoid metabolic process / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation / maternal behavior ...Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / glucocorticoid metabolic process / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation / maternal behavior / astrocyte differentiation / cellular response to glucocorticoid stimulus / motor behavior / adrenal gland development / cellular response to steroid hormone stimulus / regulation of gluconeogenesis / estrogen response element binding / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / core promoter sequence-specific DNA binding / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / steroid binding / TBP-class protein binding / cellular response to dexamethasone stimulus / synaptic transmission, glutamatergic / chromosome segregation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / Hsp90 protein binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of miRNA transcription / Nuclear Receptor transcription pathway / spindle / positive regulation of neuron apoptotic process / nuclear receptor activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / chromatin organization / gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Potential therapeutics for SARS / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / mitochondrial matrix / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / synapse / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / apoptotic process / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Glucocorticoid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Pufall, M.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CAREER grant 1552862 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)K99/R00 CA149088 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: General and sequence-specific roles for DNA in glucocorticoid receptor DNA-binding stoichiometry
著者: Pufall, M.A.
履歴
登録2017年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Glucocorticoid receptor
C: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*CP*TP*AP*GP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*GP*C)-3')
A: Glucocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2058
ポリマ－25,9434
非ポリマー2624
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area12650 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)38.231, 88.235, 103.905
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glucocorticoid receptor / GR / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 1


分子量: 8074.493 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR3C1, GRL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: P04150
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*T)-3')


分子量: 4897.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*CP*TP*AP*GP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*GP*C)-3')


分子量: 4897.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.005 M Magnesium sulfate heptahydrate, 0.05 M MES monohydrate, pH 6.0, 5 percent w/v, Polyethylene glycol 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→51.952 Å / Num. obs: 12750 / % possible obs: 99.66 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 40.405 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06019 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.75 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.8355 / Num. unique all: 1246 / Num. unique obs: 3122 / CC1/2: 0.821 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3G99

3g99


解像度: 2.5→51.952 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2487 591 4.64 %
Rwork0.2134 --
obs0.215 12724 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→51.952 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1103 656 4 10 1773
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051853
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6872621
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.692999
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043285
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003227
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.75160.36491400.30242982X-RAY DIFFRACTION100
2.7516-3.14970.32611380.28382992X-RAY DIFFRACTION100
3.1497-3.96810.24361400.22412995X-RAY DIFFRACTION99
3.9681-51.96370.21791730.17333164X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.0169-1.07661.27798.45255.07286.8748-0.4913-1.0243-1.37980.77270.20430.60331.1717-0.64720.43170.7397-0.07460.07140.49170.05070.7633-53.9302-77.9767205.1607
26.1706-4.1856-3.4094.31994.67596.62180.24930.52280.04340.0189-0.1154-0.4908-0.01560.1061-0.24620.67380.0387-0.03440.6299-0.00170.6196-44.0975-68.4282211.0752
36.2901-2.46470.30883.5721-1.86192.6836-0.30140.88520.0071-0.84090.0076-0.0197-0.050.68430.27870.6239-0.07270.02710.5556-0.01560.5561-51.507-71.2534200.5143
40.83980.31210.37377.0853-1.27328.28350.1597-0.5298-0.03491.18770.36490.31690.4219-0.6621-0.37950.81340.0978-0.0570.67120.11050.6199-46.3864-73.8918234.1086
53.73460.57612.06727.4264-4.32678.2216-0.10.01080.05520.0370.20970.08250.0396-0.3933-0.15660.49140.0723-0.02490.4338-0.01270.5183-43.5038-69.6692220.4227
62.8178-0.4564-1.9694.95792.51323.77960.3163-0.04010.20580.5607-0.5433-0.7259-0.70390.77010.24050.6567-0.0225-0.05950.51830.06750.5219-39.3015-68.8222231.4862
77.04-4.2797-1.02994.40663.22864.3021.7356-0.4006-1.9122-0.11170.1113-1.36113.1186-0.7481-1.89142.16360.225-0.39211.0375-0.16730.9867-42.2983-93.3268213.4659
82.4521-2.0320.18185.3017-5.67919.40620.1343-0.2959-0.3905-0.13240.39020.20540.5602-0.7609-0.64210.8784-0.1122-0.12720.65290.11170.7388-46.6983-85.8712236.3192
98.09783.6691-0.53249.0381-5.32964.56170.4259-1.63051.61682.60032.3303-1.1164-1.35370.2283-1.60141.31730.11740.110.9497-0.17020.931-43.7141-81.0262255.7455
104.8988-5.2815-3.30257.59452.43814.33280.32520.275-0.14870.51181.45451.13921.4428-3.6397-1.71711.33760.0485-0.03211.47010.4270.8131-52.0495-81.767251.2602
111.9553-1.44092.74896.6859-1.31373.86080.80880.2667-0.4639-0.57120.42840.15041.5007-0.4996-1.09020.99-0.0909-0.15550.8060.05520.758-45.6219-86.9788226.1189
122.2873-2.7044-2.12543.99330.78736.0188-0.06080.4297-0.5292-0.96180.8737-1.44920.63150.9593-0.83530.6901-0.07820.09280.6763-0.19830.8126-42.0588-76.6362196.3865
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 439 through 455 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 456 through 473 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 474 through 489 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 419 through 450 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 451 through 473 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 474 through 490 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 0 through 4 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 5 through 14 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 15 through 15 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 1 through 5 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 6 through 16 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 419 through 438 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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