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- PDB-6bqc: Cyclopropane fatty acid synthase from E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bqc
タイトルCyclopropane fatty acid synthase from E. coli
要素Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase / fatty acid synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase / lipid modification / cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase activity / bicarbonate binding / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / fatty acid biosynthetic process / methylation / protein homodimerization activity / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mycolic acid cyclopropane synthase / : / Mycolic acid cyclopropane synthetase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / Chem-LOP / Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase / Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.073 Å
データ登録者Hari, S.B. / Grant, R.A. / Sauer, R.T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI-016892 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM116241 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Structural and Functional Analysis of E. coli Cyclopropane Fatty Acid Synthase.
著者: Hari, S.B. / Grant, R.A. / Sauer, R.T.
履歴
登録2017年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,36610
ポリマ－44,0001
非ポリマー1,3679
水3,387188
1
A: Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase
ヘテロ分子

A: Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,73320
ポリマ－88,0002
非ポリマー2,73318
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.425, 102.981, 157.031
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase / Cyclopropane fatty acid synthase


分子量: 43999.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cfa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A9H8, UniProt: P0A9H7*PLUS, cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase
#2: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#3: 化合物 ChemComp-LOP / (1R)-2-{[(R)-(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(DODECANOYLOXY)METHYL]ETHYL (9Z)-OCTADEC-9-ENOATE / LAURYL OLEYL PHOSPHATIDYL ETHANOLAMINE


分子量: 661.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H68NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.5 mg/ml protein (in 50 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 10% glycerol, 50 mM L-glutamate and 50 mM L-arginine) was mixed with equal volume of well solution consisting of 0.1 M Bis-tris pH 5.5, ...詳細: 2.5 mg/ml protein (in 50 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 10% glycerol, 50 mM L-glutamate and 50 mM L-arginine) was mixed with equal volume of well solution consisting of 0.1 M Bis-tris pH 5.5, 0.1 M ammonium acetate (untitrated) and 2.5% PEG-3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→50 Å / Num. obs: 36965 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 36.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 0.891 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.07-2.112.80.7316190.5840.4570.8690.54387
2.11-2.143.60.68917410.6380.3820.7930.56594.4
2.14-2.194.20.58217900.790.2980.6580.60697.5
2.19-2.234.90.50118510.8680.2350.5550.62499.4
2.23-2.285.60.48418630.8840.2150.5310.65999.9
2.28-2.336.30.44318300.9310.1840.4810.652100
2.33-2.396.90.41318690.9460.1630.4450.64399.9
2.39-2.457.60.40718680.9540.1530.4360.66999.9
2.45-2.538.10.37918560.9630.1360.4040.6499.9
2.53-2.618.30.33818430.9690.1210.360.69599.9
2.61-2.78.50.318790.9720.1060.3190.69499.9
2.7-2.8110.30.25418540.9860.0820.2670.72999.9
2.81-2.9410.50.19818750.9910.0640.2090.77899.9
2.94-3.0910.10.15918590.9930.0520.1670.85599.7
3.09-3.299.60.12118800.9940.0410.1280.9599.5
3.29-3.548.90.0918730.9950.0320.0961.06198.7
3.54-3.97.40.0718260.9970.0270.0751.23797.6
3.9-4.468.70.05818830.9980.020.0611.24198.1
4.46-5.629.10.05418850.9980.0190.0571.29598.3
5.62-49.98.90.05820210.9880.0220.0621.5999.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KPH chain C (poly Ala)

1kph


解像度: 2.073→48.927 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.69
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2052 1887 5.11 %
Rwork0.1702 --
obs0.1719 36923 98.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 111.04 Å2 / Biso mean: 43.4532 Å2 / Biso min: 21.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.073→48.927 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2822 0 203 188 3213
Biso mean--63.47 44.74 -
残基数----348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062972
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7973998
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067405
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005514
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6361103
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0726-2.12860.36021220.30712430255289
2.1286-2.19130.26741370.24982616275397
2.1913-2.2620.26031550.213226892844100
2.262-2.34290.22831480.197727002848100
2.3429-2.43670.2081460.186227142860100
2.4367-2.54750.23581670.170826672834100
2.5475-2.68180.19041370.170327332870100
2.6818-2.84990.22041480.171227052853100
2.8499-3.06990.21481530.169727382891100
3.0699-3.37870.19561420.1612728287099
3.3787-3.86750.18871540.15252683283798
3.8675-4.87190.18271260.13652756288298
4.8719-48.9410.18531520.18112877302999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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