PDB-6bq7: Crystal structure of Medicago truncatula Thermospermine Synthase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bq7

タイトル

Crystal structure of Medicago truncatula Thermospermine Synthase (MtTSPS) in complex with spermidine

要素

Thermospermine synthase

キーワード

TRANSFERASE / polyamine biosynthesis / tetraamine / thermospermine / spermidine / aminopropyl transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

thermospermine synthase activity / spermidine synthase / spermidine synthase activity / polyamine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Sekula, B. / Dauter, Z.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of thermospermine synthase fromMedicago truncatulaand substrate discriminatory features of plant aminopropyltransferases.
著者: Sekula, B. / Dauter, Z.

履歴

登録	2017年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2018年5月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.3	2022年3月23日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bq7.cif.gz	251.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bq7.ent.gz	203.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bq7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6bq7_validation.pdf.gz	447.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bq7_full_validation.pdf.gz	454.3 KB	表示
XML形式データ	6bq7_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	6bq7_validation.cif.gz	32.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/6bq7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/6bq7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6bq2SC 6bq3C 6bq4C 6bq5C 6bq6C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bq4-1 6bq2-1 6bq5-1 6bq3-1 6bq6-1 2cmh-1 1uir-1 5epc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thermospermine synthase

B: Thermospermine synthase

ヘテロ分子

74.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thermospermine synthase

B: Thermospermine synthase

ヘテロ分子

A: Thermospermine synthase

B: Thermospermine synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, gel filtration
150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.962, 79.962, 163.532
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Thermospermine synthase 分子量: 37279.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) 組織: Leaves / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G7K2D1
#2: 化合物	ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン分子量: 145.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₉N₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 29.84 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10% PEG3350, 0.1 M Magnesium Chloride, 0.1 M Bis-Tris propane buffer cryo 33% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月6日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→39.24 Å / Num. obs: 39529 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.5 % / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 207
反射シェル	解像度: 1.95→2.07 Å / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.779 / Mean I/σ(I) obs: 2.23 / Num. unique obs: 6238 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS	May 1, 2016	データ削減
XDS	Nov 1, 2016	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6BQ2

6bq2

解像度: 1.95→39.24 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.86

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2437	1026	2.6 %
R_work	0.1876	-	-
obs	0.1891	39438	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→39.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4663	0	20	113	4796

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4813
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.915	6517
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.87	3998
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	720
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	832

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9488-2.0515	0.324	142	0.3062	5354	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0515-2.18	0.3312	145	0.2712	5399	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.3483	0.2921	144	0.2494	5390	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3483-2.5846	0.2934	146	0.2349	5449	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5846-2.9585	0.2837	146	0.2233	5469	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9585-3.727	0.2453	148	0.1893	5546	X-RAY DIFFRACTION	100
3.727-39.2512	0.2068	155	0.1488	5805	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4935	1.3113	-0.3272	6.4926	-0.2157	3.215	0.0726	0.3477	0.1936	-0.7042	-0.092	0.1709	0.0286	-0.3625	0.0053	0.4094	0.0645	0.0174	0.4499	0.0359	0.3648	23.6985	7.7788	5.5859
2	1.8555	0.5345	0.1906	3.7595	0.1788	5.1967	0.0401	-0.0143	-0.3427	0.1791	0.0598	-0.1644	0.684	-0.1665	-0.1049	0.335	-0.0112	-0.0409	0.3289	0.0077	0.3649	25.9395	-8.0922	22.2027
3	7.1025	1.8248	-1.8271	7.3581	0.2049	3.714	-0.1243	0.5212	-0.1844	-0.6916	-0.011	1.3124	0.3672	-1.6999	-0.0841	0.5523	-0.1106	-0.1488	0.9302	0.0206	0.5644	7.5969	-6.6129	21.2527
4	1.3375	-0.1378	0.2631	4.5685	-0.4371	3.8705	-0.0208	-0.2299	-0.0824	0.4979	0.0761	0.2823	0.0991	-0.7405	-0.0597	0.3347	0.0104	0.0261	0.5497	0.0139	0.3061	16.6633	2.9849	31.4912
5	1.7731	-0.4294	0.8107	3.0333	-0.3097	3.3056	-0.4201	-0.2391	0.1311	0.5804	0.4323	0.0514	-0.7702	-0.4607	-0.0069	0.6498	0.307	-0.0302	0.5582	-0.0675	0.4179	14.8301	32.9026	20.8529
6	2.0449	0.1651	1.421	3.3883	-0.1078	2.7453	-0.298	0.0192	0.4855	0.4581	0.1737	-0.4415	-1.1343	-0.3785	0.0038	1.091	0.3638	-0.1077	0.577	-0.0947	0.6197	20.4966	43.1266	26.3676
7	1.1319	-0.16	0.677	4.6982	0.2452	1.9248	-0.3825	-0.4664	0.0854	1.0084	0.3334	-0.6736	-0.8243	-0.6817	-0.0721	0.8004	0.3288	-0.1864	0.5321	-0.1295	0.4173	24.7954	28.8277	34.7055
8	0.6069	-0.3866	0.2335	4.5739	0.5874	4.2338	-0.2632	-0.1055	0.6251	0.8268	0.3908	-0.5416	-0.5973	-0.7042	-0.1411	0.6027	0.2224	-0.1094	0.4701	-0.0089	0.5186	24.0151	22.7655	33.3877

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 70 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 71 through 178 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 179 through 199 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 200 through 315 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 24 through 131 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 132 through 199 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 200 through 279 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 280 through 314 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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