PDB-6bq6: Crystal structure of Medicago truncatula Thermospermine Synthase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bq6

タイトル

Crystal structure of Medicago truncatula Thermospermine Synthase (MtTSPS) in complex with thermospermine

要素

Thermospermine synthase

キーワード

TRANSFERASE / polyamine biosynthesis / tetraamine / thermospermine / spermidine / aminopropyl transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

thermospermine synthase activity / spermidine synthase / spermidine synthase activity / polyamine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Sekula, B. / Dauter, Z.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of thermospermine synthase fromMedicago truncatulaand substrate discriminatory features of plant aminopropyltransferases.
著者: Sekula, B. / Dauter, Z.

履歴

登録	2017年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2018年5月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.3	2022年3月23日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bq6.cif.gz	251 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bq6.ent.gz	201.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bq6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6bq6_validation.pdf.gz	441.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bq6_full_validation.pdf.gz	442.3 KB	表示
XML形式データ	6bq6_validation.xml.gz	25.5 KB	表示
CIF形式データ	6bq6_validation.cif.gz	36.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/6bq6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/6bq6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6bq2SC 6bq3C 6bq4C 6bq5C 6bq7C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bq2-1 6bq4-1 6bq7-1 6bq5-1 2cmh-1 6bq3-1 1ofp-d 1iy9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thermospermine synthase

B: Thermospermine synthase

ヘテロ分子

75 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thermospermine synthase

B: Thermospermine synthase

ヘテロ分子

A: Thermospermine synthase

B: Thermospermine synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, gel filtration
150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.293, 80.293, 163.245
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-681- HOH

#1: タンパク質	Thermospermine synthase 分子量: 37279.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) 組織: Leaves / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G7K2D1
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-TER / N-(3-AMINO-PROPYL)-N-(5-AMINOPROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / THERMOSPERMINE / PA(334) / サ-モスペルミン分子量: 202.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₆N₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.29 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10% PEG3350, 0.1 M Magnesium Chloride, 0.1 M Bis-Tris propane buffer cryo 33% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月6日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→46.61 Å / Num. obs: 65012 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.8 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 23.5
反射シェル	解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 12.8 % / R_merge(I) obs: 1.287 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 10267 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
XDS	May 1, 2016	データ削減
XSCALE	Nov 1, 2016	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6BQ2

6bq2

解像度: 1.65→46.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 5.201 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23027	1041	1.6 %	RANDOM
R_work	0.17211	-	-	-
obs	0.17303	63970	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.913 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.12 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.65→46.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4663	0	30	341	5034

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	4891
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4626
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.681	1.954	6626
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.997	3	10700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.932	5	599
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.598	24.693	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.674	15	847
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.82	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	729
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5509
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1101
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.48	2.24	2384
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.479	2.239	2383
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.403	3.35	2987
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.403	3.352	2988
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.888	2.521	2507
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.887	2.522	2508
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.102	3.66	3639
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.524	18.653	5643
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.523	18.658	5644
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.649→1.692 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	74	-
R_work	0.288	4527	-
obs	-	-	98.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2196	-1.4566	-0.7487	1.5357	-0.0477	0.4251	-0.1365	0.0357	0.0501	-0.0751	0.0606	0.0112	0.1379	-0.0195	0.0759	0.0593	0.015	0.0422	0.0505	0.0201	0.1232	23.2488	16.3786	6.6195
2	1.2834	0.7608	0.0985	3.0467	-1.5737	1.0388	0.0359	0.0904	0.0289	-0.1762	0.0106	0.1091	0.1513	0.032	-0.0465	0.126	0.0023	0.0478	0.0122	-0.0013	0.0305	25.6187	5.6836	11.2138
3	0.0042	-0.0357	0.0416	0.883	-0.5553	0.7399	0.0002	-0.0001	-0.0051	-0.1007	-0.0908	-0.1054	0.0731	0.0454	0.0906	0.0586	0.023	0.0291	0.016	0.0272	0.0775	25.7198	-0.2304	28.7057
4	1.227	-0.5268	0.8572	1.0147	-0.0967	0.7039	0.1415	-0.0468	-0.1558	-0.1287	-0.083	0.177	0.1084	-0.0685	-0.0585	0.1103	-0.0131	-0.0122	0.0236	0.0104	0.1059	10.1024	-1.7575	30.3207
5	0.2724	-0.0952	0.19	0.9458	-0.2608	0.1748	0.0068	0.0116	-0.0083	0.0292	0.0212	0.1194	0.0033	0.005	-0.028	0.045	0.0005	0.0119	0.0202	0.0076	0.0685	13.7692	12.0073	33.7629
6	0.413	-0.3811	1.1164	2.8241	-0.6934	3.0644	-0.0879	0.0108	0.093	0.234	-0.1183	-0.4574	-0.2161	0.0163	0.2062	0.0303	-0.0047	-0.0323	0.0147	0.0405	0.1293	32.1903	11.4118	37.9645
7	0.734	-0.2714	0.4537	0.6441	-0.0521	0.3077	0.0241	0.0226	-0.0008	0.1575	-0.0626	0.1309	0.043	0	0.0385	0.0671	-0.009	0.0184	0.0191	-0.0089	0.0828	9.6913	18.8982	32.9366
8	1.8863	-1.5253	-0.2487	1.6839	-0.2233	0.4414	-0.15	-0.0434	0.0554	0.0649	0.0623	-0.1264	0.0478	-0.0388	0.0877	0.0761	0.0418	-0.0475	0.0361	-0.0439	0.0653	16.9121	27.1266	5.1624
9	1.7951	2.3225	-0.2948	4.2317	-0.2682	0.4122	0.0289	0.067	-0.0533	-0.0263	-0.0455	-0.0256	-0.0121	0.0125	0.0165	0.0701	0.0167	-0.025	0.0239	-0.0056	0.016	15.3957	37.6428	7.2722
10	0.1633	0.2033	0.2434	0.7742	0.1521	0.4088	-0.0016	-0.0161	0.0292	0.0001	-0.0263	0.0823	0.0019	-0.0288	0.0279	0.0479	0.0126	0.0121	0.0346	-0.0061	0.0555	13.1081	45.8943	24.1231
11	0.4049	0.3046	0.0577	0.8281	-0.0484	0.5098	-0.0494	0.0296	0.0621	-0.0624	0.0066	-0.033	-0.0779	-0.0073	0.0428	0.0476	0.0068	0.0107	0.0083	0.0067	0.0613	18.6937	50.9727	20.451
12	0.3019	0.1858	-0.0722	0.9097	0.1161	0.1024	0.0307	-0.0257	-0.0381	0.0534	-0.0496	-0.1744	0.0039	-0.021	0.0189	0.0419	-0.0097	-0.0077	0.0232	0.0041	0.0727	26.2089	39.9354	30.2183
13	0.5477	0.1793	-0.2026	2.2655	-0.0965	0.0758	0.1198	-0.0462	-0.0416	0.2709	-0.1358	0.2416	-0.0431	0.0207	0.016	0.0924	-0.0132	0.0537	0.0253	-0.0093	0.0667	9.5951	35.6529	34.9311
14	1.1405	1.7212	-0.5767	5.1076	-1.0318	0.3051	-0.0445	-0.0318	-0.0298	0.1044	0.0243	-0.333	0.0156	0.0124	0.0202	0.0291	0.0082	-0.0208	0.0197	0.0017	0.1203	34.9056	31.6066	29.996

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	24 - 46
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	47 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	77 - 167
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	168 - 205
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	206 - 275
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	276 - 287
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	288 - 314
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	24 - 47
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	48 - 76
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	77 - 140
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	141 - 189
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	190 - 274
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	275 - 297
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	298 - 315

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新型コロナ情報

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