PDB-6bq2: Crystal structure of Medicago truncatula Thermospermine Synthase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bq2

タイトル

Crystal structure of Medicago truncatula Thermospermine Synthase (MtTSPS)

要素

Thermospermine synthase ACAULIS protein

キーワード

TRANSFERASE / polyamine biosynthesis / tetraamine / thermospermine / spermidine / aminopropyl transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

thermospermine synthase activity / spermidine synthase / spermidine synthase activity / polyamine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Sekula, B. / Dauter, Z.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of thermospermine synthase fromMedicago truncatulaand substrate discriminatory features of plant aminopropyltransferases.
著者: Sekula, B. / Dauter, Z.

履歴

登録	2017年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2018年5月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.3	2022年3月23日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bq2.cif.gz	248.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bq2.ent.gz	198.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6bq2_validation.pdf.gz	443.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bq2_full_validation.pdf.gz	445.3 KB	表示
XML形式データ	6bq2_validation.xml.gz	24.5 KB	表示
CIF形式データ	6bq2_validation.cif.gz	35.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/6bq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/6bq2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6bq3C 6bq4C 6bq5C 6bq6C 6bq7C 1inlS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bq6-1 6bq7-1 6bq3-1 6bq4-1 2cmh-1 5epc-d 5vg7-d 1iy9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thermospermine synthase ACAULIS protein

B: Thermospermine synthase ACAULIS protein

ヘテロ分子

74.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thermospermine synthase ACAULIS protein

B: Thermospermine synthase ACAULIS protein

ヘテロ分子

A: Thermospermine synthase ACAULIS protein

B: Thermospermine synthase ACAULIS protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, gel filtration
149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.530, 80.530, 164.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-668- HOH

#1: タンパク質	Thermospermine synthase ACAULIS protein 分子量: 37279.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) 組織: Leaves / 遺伝子: 11439099, MTR_5g006140 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G7K2D1
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.17 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10% PEG3350, 0.1 M Magnesium Chloride and 0.1 M MES buffer; cryo 33% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月18日
放射	モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→46.81 Å / Num. obs: 62270 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.4 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 20.9
反射シェル	解像度: 1.68→1.78 Å / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 1.058 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 9765 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
XDS	May 1, 2016	データ削減
XSCALE	Nov 1, 2016	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1INL

1inl

解像度: 1.68→46.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 5.253 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.105 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21671	1059	1.7 %	RANDOM
R_work	0.17557	-	-	-
obs	0.17626	61210	99.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.349 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.17 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.68→46.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4651	0	6	302	4959

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	4798
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4507
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.634	1.952	6492
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.284	3	10426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.712	5	584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.859	24.714	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.588	15	839
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.269	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	716
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5371
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.293	2.185	2333
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.292	2.184	2332
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.134	3.267	2915
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.134	3.268	2916
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.778	2.47	2465
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.777	2.47	2465
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.945	3.588	3577
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.378	18.246	5530
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.378	18.253	5531
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.679→1.723 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	74	-
R_work	0.284	4287	-
obs	-	-	96.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0834	-1.458	0.3229	1.5517	-0.2183	0.1329	-0.1969	-0.1797	0.1543	-0.133	0.1268	0.0854	0.0577	0.0573	0.0701	0.0807	0.0335	0.0042	0.0966	0.0489	0.0765	23.4118	16.1845	6.8019
2	2.0394	1.5692	-0.4609	3.5953	-1.545	0.6989	-0.1109	0.2201	-0.0618	-0.1676	0.1394	0.0259	0.077	-0.0395	-0.0285	0.1008	-0.0195	0.0177	0.0867	0.0144	0.0257	25.9223	5.4768	11.297
3	0.0172	-0.0716	-0.0043	1.0447	-0.4637	0.8293	0.0135	-0.0068	-0.0225	-0.0692	-0.0601	-0.0645	0.0675	0.0451	0.0466	0.0779	0.0195	0.0145	0.0317	0.0326	0.096	25.8142	-0.2196	29.0246
4	1.6573	-0.2768	0.9647	1.9236	-0.1461	0.5663	0.1819	-0.0966	-0.151	-0.1964	-0.1027	0.327	0.1309	-0.0565	-0.0792	0.1556	-0.0273	-0.007	0.0367	0.025	0.163	10.3868	-2.2798	31.5919
5	0.2204	-0.3614	0.1119	1.3731	-0.2585	0.0691	0.0142	0.0106	-0.0303	0.0522	0.0232	0.2598	0.006	0.0154	-0.0374	0.0543	0.0046	0.0175	0.0503	0.0189	0.1015	13.8093	12.1223	34.0541
6	0.5175	-0.1116	1.4003	1.7807	-0.1548	3.8036	-0.0847	0.0201	0.0655	0.2239	-0.0554	-0.383	-0.1935	0.0436	0.1401	0.0591	-0.0072	-0.0397	0.0439	0.0403	0.1121	32.3118	11.5408	38.244
7	0.7759	-0.5534	0.3741	1.1258	0.0762	0.3445	-0.0927	-0.0198	-0.0898	0.2464	0.0104	0.279	0.0197	-0.015	0.0823	0.0769	0.0048	0.048	0.0582	0.0139	0.1165	9.3787	18.212	32.8938
8	5.0291	-3.1017	-0.1709	2.4202	-0.1452	0.16	-0.2419	-0.0731	-0.065	-0.0178	0.1453	-0.0818	0.0396	-0.0721	0.0966	0.1518	0.0135	-0.0144	0.0538	-0.0487	0.0701	16.7659	27.1784	5.2129
9	2.3867	2.4677	-0.0001	3.5601	0.0016	0.4022	-0.0001	0.1389	0.0003	-0.0465	0.0076	-0.0033	0.0207	0.0359	-0.0075	0.0899	0.0157	-0.0219	0.0627	0.0012	0.0197	15.2444	37.7435	7.3626
10	0.1351	0.1793	0.207	1.0011	0.0285	0.4773	-0.0078	-0.0056	0.0354	0.0127	-0.0099	0.0366	-0.0076	-0.0621	0.0177	0.0749	0.0227	0.0056	0.0684	0.0013	0.0605	13.0827	46.0581	24.2752
11	0.7004	0.1669	0.3633	1.1246	-0.2057	0.4437	-0.0524	0.0372	0.1332	-0.0775	-0.0122	-0.1119	-0.0335	-0.0611	0.0646	0.0676	0.0125	0.0091	0.0468	0.0217	0.079	18.4973	51.0835	20.5796
12	0.4288	0.0442	-0.0647	1.2361	-0.0947	0.048	0.0261	-0.0426	-0.0313	0.0765	-0.0794	-0.3067	-0.0026	-0.0291	0.0533	0.0605	-0.0083	-0.0145	0.0648	-0.0034	0.1046	26.1817	40.143	30.4283
13	0.8111	0.0493	-0.2783	2.1953	-0.1934	0.1111	0.0303	-0.0295	-0.0602	0.2998	-0.0511	0.1827	-0.0219	0.0176	0.0209	0.1001	0.0058	0.0565	0.0629	-0.0111	0.0442	9.5259	35.8312	35.0762
14	1.2167	1.8537	-0.8676	6.5849	-1.4093	0.6236	-0.0631	-0.0712	-0.0053	0.12	0.0259	-0.4918	0.0525	0.0496	0.0372	0.0321	0.0085	-0.0151	0.0383	0.0227	0.1551	34.8616	31.8025	30.1268

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	24 - 46
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	47 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	77 - 167
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	168 - 205
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	206 - 275
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	276 - 287
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	288 - 315
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	24 - 47
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	48 - 76
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	77 - 140
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	141 - 189
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	190 - 274
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	275 - 297
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	298 - 315

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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